LXL04_010117 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010117

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 140425729-140427042 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1314 bp · LXL04_010117|LXL04_010117|OH1004|cDNA

ATGTCTTCCGCCGCTTACAGCCGTCTCCACGGCATCTTCAAGAGCAGTACCGCCACCGGCACAGTTGCACCCACCTCGGCCTCCACCTCCACCTCGGCCGCTAGCACCACCATCACCACTACGAAGAAAATAGTAAAGGAAAAGATAAAGAGGCCCAAAAAAACCCCCGCCGTGCCCACAGCGCCCGCCGCAGCTGTCACCACCATCATCGCGCGACCCAAGAATGAAAACCTGGCCTTTCAGCCATTACCCATGACACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1314 bp · LXL04_010117|LXL04_010117|OH1004|CDS

ATGTCTTCCGCCGCTTACAGCCGTCTCCACGGCATCTTCAAGAGCAGTACCGCCACCGGCACAGTTGCACCCACCTCGGCCTCCACCTCCACCTCGGCCGCTAGCACCACCATCACCACTACGAAGAAAATAGTAAAGGAAAAGATAAAGAGGCCCAAAAAAACCCCCGCCGTGCCCACAGCGCCCGCCGCAGCTGTCACCACCATCATCGCGCGACCCAAGAATGAAAACCTGGCCTTTCAGCCATTACCCATGACACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

437 aa · LXL04_010117|LXL04_010117|OH1004|PROTEIN

MSSAAYSRLHGIFKSSTATGTVAPTSASTSTSAASTTITTTKKIVKEKIKRPKKTPAVPTAPAAAVTTIIARPKNENLAFQPLPMTQLTTSLGNLKSFIEQFKRASNLGPFRYSHKYYDDVVSHLARHKQHSYITEILEHQKRYETDMSKEPFVARLINLYGKSRMYDNARKLFDEMPERNCPRTVLSANALLTACVNSNRFNEMPELVKELREEFSIDPDDVSYNIVIKAFCETDAIDSALLVANEMEKSGFKCNLYTY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010117`
TK1151 ID	TkA03G499310
OH-1004 ID	LXL04_010117
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010117

位置 Chr02:140425729-140427042 (-)

描述 Similar to At1g55890: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g55890, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55890`	小核糖体亚单位蛋白 mS78 (rPPR3a)。	暂无已核实直接文献
`At3g13150`	含五肽重复序列的蛋白 At3g13150。	暂无已核实直接文献
`At3g13160`	小核糖体亚基蛋白 mS79 (rPPR3b)。	暂无已核实直接文献
`At1g61870`	可能通过与多核糖体的关联参与翻译。	暂无已核实直接文献
`At4g36680`	小核糖体亚基蛋白mL103（rPPR7）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010117 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55890

ath:AT1G61870

ath:AT3G13150

ath:AT3G13160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.836

排名 1 · LXL04_010117 · OH-1004

质体0.100

排名 2 · LXL04_010117 · OH-1004

细胞核0.049

排名 3 · LXL04_010117 · OH-1004

细胞质0.033

排名 4 · LXL04_010117 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_010117 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N122-281 aa

PF17177.11PPR_long136-271 aa

PF13041.13PPR_2157-198 aa

PF01535.27PPR157-182 aa

PF13041.13PPR_2185-233 aa

PF12854.14PPR_1218-249 aa

PF13041.13PPR_2220-268 aa

PF29070.1MSC6_N229-315 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010117	`PF29070.1`	MSC6_N	122	281	1e-13	51.9
LXL04_010117	`PF17177.11`	PPR_long	136	271	4.5e-12	46.5
LXL04_010117	`PF13041.13`	PPR_2	157	198	2.1e-67	223.7
LXL04_010117	`PF01535.27`	PPR	157	182	1.1e-36	123.2
LXL04_010117	`PF13041.13`	PPR_2	185	233	2.1e-67	223.7
LXL04_010117	`PF12854.14`	PPR_1	218	249	1.5e-30	105.4
LXL04_010117	`PF13041.13`	PPR_2	220	268	2.1e-67	223.7
LXL04_010117	`PF29070.1`	MSC6_N	229	315	1e-13	51.9
LXL04_010117	`PF13812.13`	PPR_3	244	297	3e-28	98.4
LXL04_010117	`PF23276.3`	TPR_24	244	352	8.2e-14	52.4
LXL04_010117	`PF13041.13`	PPR_2	258	302	2.1e-67	223.7
LXL04_010117	`PF01535.27`	PPR	258	287	1.1e-36	123.2
LXL04_010117	`PF17177.11`	PPR_long	272	377	4.5e-12	46.5
LXL04_010117	`PF12854.14`	PPR_1	286	319	1.5e-30	105.4
LXL04_010117	`PF13041.13`	PPR_2	290	339	2.1e-67	223.7
LXL04_010117	`PF13812.13`	PPR_3	314	369	3e-28	98.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LG23`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS78 (rPPR3a)	39.633%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LK58`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13150	37.819%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LK57`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS79 (rPPR3b)	40.642%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LE47`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS86 (rPPR1)	33.841%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M065`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mL103 (rPPR7)	31.210%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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