LXL04_010071 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010071

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 139359417-139360643 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1227 bp · LXL04_010071|LXL04_010071|OH1004|cDNA

ATGGCTTCCATCACCAAGCTTCGATTACTAAACTCATGTAATCGTCAAAAGCTGTATTCCATATATCAAATTCAAGATCGACATTTTTCATCAATTCTAAACCCTGATTCCTCCACTCCCCTCTCCAGTAAAGAGAAATCACGAGCCGCTCTTTCTCTCCTCAAATTCGAGAAAAACCCAGAACGAATTATTGAAATCTGCCGGGCTGCTTCACTGACGCCGGATTCTCATCTCGACCGCGTTGCCTTTTCGACCGCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1227 bp · LXL04_010071|LXL04_010071|OH1004|CDS

ATGGCTTCCATCACCAAGCTTCGATTACTAAACTCATGTAATCGTCAAAAGCTGTATTCCATATATCAAATTCAAGATCGACATTTTTCATCAATTCTAAACCCTGATTCCTCCACTCCCCTCTCCAGTAAAGAGAAATCACGAGCCGCTCTTTCTCTCCTCAAATTCGAGAAAAACCCAGAACGAATTATTGAAATCTGCCGGGCTGCTTCACTGACGCCGGATTCTCATCTCGACCGCGTTGCCTTTTCGACCGCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

408 aa · LXL04_010071|LXL04_010071|OH1004|PROTEIN

MASITKLRLLNSCNRQKLYSIYQIQDRHFSSILNPDSSTPLSSKEKSRAALSLLKFEKNPERIIEICRAASLTPDSHLDRVAFSTAISKLTELNYFEGIRNFIDELFKTRPDLNTEKFICNAITYYGQAGLLTNAFQLFDKMPQLGAVQNAKSLNALLFSCMLAKKYDEAKRVYLDFPPKYGIKPNLDTYNTMIKSFCESGSSSSCYSVTAEMMRKKCKPNATTFGTMIAGFYKEEKFEDVGKVLEMMKKHEVPITLGIY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010071`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010071

位置 Chr02:139359417-139360643 (+)

描述 Similar to PPR336: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g61870, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g61870`	可能通过与多核糖体的关联参与翻译。	暂无已核实直接文献
`At1g11630`	含五重复肽重复蛋白 At1g11630，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g55890`	小核糖体亚单位蛋白 mS78 (rPPR3a)。	暂无已核实直接文献
`At3g13160`	小核糖体亚基蛋白 mS79 (rPPR3b)。	暂无已核实直接文献
`At4g36680`	小核糖体亚基蛋白mL103（rPPR7）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010071 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11630

ath:AT1G55890

ath:AT1G61870

ath:AT3G13160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.883

排名 1 · LXL04_010071 · OH-1004

质体0.066

排名 2 · LXL04_010071 · OH-1004

细胞核0.050

排名 3 · LXL04_010071 · OH-1004

细胞质0.035

排名 4 · LXL04_010071 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_010071 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N82-201 aa

PF17177.11PPR_long131-218 aa

PF13812.13PPR_3138-197 aa

PF13041.13PPR_2152-198 aa

PF29070.1MSC6_N165-246 aa

PF12854.14PPR_1182-201 aa

PF13041.13PPR_2185-234 aa

PF01535.27PPR189-218 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010071	`PF29070.1`	MSC6_N	82	201	3.3e-21	76.5
LXL04_010071	`PF17177.11`	PPR_long	131	218	4.4e-13	49.8
LXL04_010071	`PF13812.13`	PPR_3	138	197	7.9e-24	84.2
LXL04_010071	`PF13041.13`	PPR_2	152	198	5.9e-41	139.1
LXL04_010071	`PF29070.1`	MSC6_N	165	246	3.3e-21	76.5
LXL04_010071	`PF12854.14`	PPR_1	182	201	2.8e-39	133.2
LXL04_010071	`PF13041.13`	PPR_2	185	234	5.9e-41	139.1
LXL04_010071	`PF01535.27`	PPR	189	218	3.1e-34	115.5
LXL04_010071	`PF29070.1`	MSC6_N	206	352	3.3e-21	76.5
LXL04_010071	`PF13041.13`	PPR_2	259	296	5.9e-41	139.1
LXL04_010071	`PF29070.1`	MSC6_N	264	385	3.3e-21	76.5
LXL04_010071	`PF13812.13`	PPR_3	280	330	7.9e-24	84.2
LXL04_010071	`PF12854.14`	PPR_1	286	318	2.8e-39	133.2
LXL04_010071	`PF13041.13`	PPR_2	290	339	5.9e-41	139.1
LXL04_010071	`PF01535.27`	PPR	293	323	3.1e-34	115.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LE47`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS86 (rPPR1)	56.724%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SAB4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11630, mitochondrial	53.439%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LG23`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS78 (rPPR3a)	28.177%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LK57`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS79 (rPPR3b)	28.065%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M065`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mL103 (rPPR7)	29.948%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情