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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_009987
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 137334844-137344462 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4989 bp · LXL04_009987|LXL04_009987|OH1004|cDNA

ATGGCGACGCTAGCAGATATCGGTCTGTCGGCAGCCATTAATATCATCACTGCTTTTATTTTCCTGATAGCTTTCGCTATCCTTCGACTTCAACCTTTCAACGATCGAGTATACTTTCCAAAATGGTATCTCAAGGGTTTACGATCAAGCCCTGCAACTTCCGGTGCTTTTGTAAGCAAGTTCATCAATCTGGATTATCGATCCTATTTAAAATTCCTTAATTGGATGCCGGATGCCCTAAAAATGCCCGAGCCTGAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

4989 bp · LXL04_009987|LXL04_009987|OH1004|CDS

ATGGCGACGCTAGCAGATATCGGTCTGTCGGCAGCCATTAATATCATCACTGCTTTTATTTTCCTGATAGCTTTCGCTATCCTTCGACTTCAACCTTTCAACGATCGAGTATACTTTCCAAAATGGTATCTCAAGGGTTTACGATCAAGCCCTGCAACTTCCGGTGCTTTTGTAAGCAAGTTCATCAATCTGGATTATCGATCCTATTTAAAATTCCTTAATTGGATGCCGGATGCCCTAAAAATGCCCGAGCCTGAGCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1662 aa · LXL04_009987|LXL04_009987|OH1004|PROTEIN

MATLADIGLSAAINIITAFIFLIAFAILRLQPFNDRVYFPKWYLKGLRSSPATSGAFVSKFINLDYRSYLKFLNWMPDALKMPEPELIDHAGLDSAVYLRIYLLGLKIFIPILVLTWAILVPVNWTNDTLDKLKGEATYIMAYVVTFWTCFALKREYETIANMRLHFLQSEKRRPDQFTVLVNNVPPDADESVSEAVEHFFLVNHPDNYLTHQVVLNANKLAKLVGEKKTKQNWLVYYQNKYERNQEKRPVMKTGFLGLW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_009987
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_009987
位置Chr02:137334844-137344462 (-)
描述Similar to EMB2369: Leucine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g04350 在双步反应中催化氨基酸特异性附着到其对应的 tRNA 上：氨基酸（AA）首先由 ATP 激活形成 AA-AMP，然后转移到 tRNA 的受体端。 暂无已核实直接文献
At4g22120 作为渗透敏感的钙渗透性阳离子通道。
OSCA/TMEM63 are an Evolutionarily Conserved Family of Mechanically Activated Ion Channels.2018 · DOI: 10.7554/elife.41844
Structure-guided mutagenesis of OSCAs reveals differential activation to mechanical stimuli.2024 · DOI: 10.7554/elife.93147
At4g04340 可能作为高渗透压门控的非选择性阳离子通道，允许 Ca²⁺ 通过。
OSCA1 mediates osmotic-stress-evoked Ca2+ increases vital for osmosensing in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/nature13593
OSCA/TMEM63 are an Evolutionarily Conserved Family of Mechanically Activated Ion Channels.2018 · DOI: 10.7554/elife.41844
At3g21620 作为一种渗透敏感的钙可通透阳离子通道。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009987 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006429 leucyl-tRNA aminoacylation 生物过程
GO:0006812 monoatomic cation transport 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0051262 protein tetramerization 生物过程
GO:0071474 cellular hyperosmotic response 生物过程
GO:0090279 regulation of calcium ion import 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G21620
ath:AT4G04340
ath:AT4G04350
ath:AT4G22120
sru:SRU_0933
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.452
排名 1 · LXL04_009987 · OH-1004
质体0.138
排名 2 · LXL04_009987 · OH-1004
细胞膜0.135
排名 3 · LXL04_009987 · OH-1004
细胞质0.096
排名 4 · LXL04_009987 · OH-1004
线粒体0.092
排名 5 · LXL04_009987 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13967.12RSN1_TM8-147 aa
PF14703.13PHM7_cyt177-339 aa
PF02714.21RSN1_7TM350-622 aa
PF00133.29tRNA-synt_1781-998 aa
PF09334.18tRNA-synt_1g811-943 aa
PF13603.13tRNA-synt_1_2993-1185 aa
PF00133.29tRNA-synt_11180-1361 aa
PF00133.29tRNA-synt_11417-1447 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_009987PF13967.12RSN1_TM81473e-2692.7
LXL04_009987PF14703.13PHM7_cyt1773398.2e-44150.6
LXL04_009987PF02714.21RSN1_7TM3506221.2e-86291.3
LXL04_009987PF00133.29tRNA-synt_17819984.8e-45154.8
LXL04_009987PF09334.18tRNA-synt_1g8119432.9e-2486.3
LXL04_009987PF13603.13tRNA-synt_1_299311853.6e-59200.1
LXL04_009987PF00133.29tRNA-synt_1118013614.8e-45154.8
LXL04_009987PF00133.29tRNA-synt_1141714474.8e-45154.8
LXL04_009987PF08264.20Anticodon_1150316091.1e-1558.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XEA0拟南芥Leucine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial76.269%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q5XEZ5拟南芥Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.273.719%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9XEA1拟南芥Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.173.203%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LVE4拟南芥Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.570.628%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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