LXL04_009820 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009820

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 134121597-134122822 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

399 bp · LXL04_009820|LXL04_009820|OH1004|cDNA

ATGTCACCGGCGATCGGAACATCAAGCAGGATCCGCCACATTGTTAGAGTCCGACAGATGCTATGTCGTTGGCGCAGAAGAGCCACCTCTTCATCACCATCTTCTCGAAGATTGTTGTCAAGCGATGTGCCGGCGGGACATATCGCGATCTGCGTTGGCAGCAATTGCCGGAGGTTTATCGTGAGAGCTACGTACCTGAACCACCCCGTGTTCCAGAGGCTTCTAGCGGAAGCTGAAGAAGAATACGGCTTTTATAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

399 bp · LXL04_009820|LXL04_009820|OH1004|CDS

ATGTCACCGGCGATCGGAACATCAAGCAGGATCCGCCACATTGTTAGAGTCCGACAGATGCTATGTCGTTGGCGCAGAAGAGCCACCTCTTCATCACCATCTTCTCGAAGATTGTTGTCAAGCGATGTGCCGGCGGGACATATCGCGATCTGCGTTGGCAGCAATTGCCGGAGGTTTATCGTGAGAGCTACGTACCTGAACCACCCCGTGTTCCAGAGGCTTCTAGCGGAAGCTGAAGAAGAATACGGCTTTTATAACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

132 aa · LXL04_009820|LXL04_009820|OH1004|PROTEIN

MSPAIGTSSRIRHIVRVRQMLCRWRRRATSSSPSSRRLLSSDVPAGHIAICVGSNCRRFIVRATYLNHPVFQRLLAEAEEEYGFYNKGPLTIPCEESEFEEILRLVSRPELDTAAELRISVGREFETALRHI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009820`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009820

位置 Chr02:134121597-134122822 (+)

描述 Similar to ARG7: Indole-3-acetic acid-induced protein ARG7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g46690`	可能在顶端钩发育中发挥作用（参考文献7）。	暂无已核实直接文献
`At1g79130`	介导生长素信号与质膜H⁺-ATP酶（AHA1、AHA2）之间的联系；通过抑制PP2C-D类磷酸酶，促进H⁺-ATP酶C端自抑制结构域的磷酸化及酶的活化，从而使质外体酸化，促进溶质和水吸收以及细胞扩张。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009820 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:1900140 regulation of seedling development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79130

ath:AT2G46690

gmx:100775873

gmx:100817568

gmx:106798973

gmx:113001050

gmx:113001959

gmx:113001961

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.505

排名 1 · LXL04_009820 · OH-1004

细胞核0.391

排名 2 · LXL04_009820 · OH-1004

细胞膜0.223

排名 3 · LXL04_009820 · OH-1004

内质网0.056

排名 4 · LXL04_009820 · OH-1004

质体0.037

排名 5 · LXL04_009820 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02519.21Auxin_inducible16-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009820	`PF02519.21`	Auxin_inducible	16	108	4.9e-29	101.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUZ3`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR32	51.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O64538`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR40	40.449%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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