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基因概览

LXL04_009765

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 132862069-132866107 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1614 bp · LXL04_009765|LXL04_009765|OH1004|cDNA

ATGCCTAAAAGAAAACCACCGGCGCCCATCAGCACCACGTCGTCGCACCACTTCCAGCGCTCACTCCGGCGATTACCTATAATACAACCACCGGCGCCCATCGCAGCAGCAAGGAACACTTCAGCAGCCCTCGATAGTCGACATACAGATTGGTTACGGTCCTCCCCGGTTGATATCCAATTCAAACACATTACCGCTGCAGTTGAGGAGGAGGCTCGAGAGAAGTTGGCTGCAATAGAAACTGGTTTCTATGTTTCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1614 bp · LXL04_009765|LXL04_009765|OH1004|CDS

ATGCCTAAAAGAAAACCACCGGCGCCCATCAGCACCACGTCGTCGCACCACTTCCAGCGCTCACTCCGGCGATTACCTATAATACAACCACCGGCGCCCATCGCAGCAGCAAGGAACACTTCAGCAGCCCTCGATAGTCGACATACAGATTGGTTACGGTCCTCCCCGGTTGATATCCAATTCAAACACATTACCGCTGCAGTTGAGGAGGAGGCTCGAGAGAAGTTGGCTGCAATAGAAACTGGTTTCTATGTTTCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

537 aa · LXL04_009765|LXL04_009765|OH1004|PROTEIN

MPKRKPPAPISTTSSHHFQRSLRRLPIIQPPAPIAAARNTSAALDSRHTDWLRSSPVDIQFKHITAAVEEEAREKLAAIETGFYVSIKCLKFRNHGFKPKPKSYGLNPRTHETMKPPHETVKPNPLQTHWVGNRSSGFTGWVYPKPIQTLPMLTPTFYQLISKFIICSSEAAYLAAGSVLDVAAKVAKGELNSAFAIVRPPGHHAEQNEPMGFCLFNNELGINKILIVDWDVHHGNPIAHAMTATLSCWGSFWHVRISVF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009765`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009765

位置 Chr02:132862069-132866107 (+)

描述 Similar to HDA18: Histone deacetylase 18

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61070`	催化核心组蛋白H2A、H2B、H3和H4的N端赖氨酸残基去乙酰化。	Histone acetylation affects expression of cellular patterning genes in the Arabidopsis root epidermis.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0503143102 HDA18 affects cell fate in Arabidopsis root epidermis via histone acetylation at four kinase genes.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.107045
`At5g61060`	负责核心组蛋白（H2A、H2B、H3 和 H4）N 端赖氨酸残基的去乙酰化（可能）。	Regulation of flowering time by the histone deacetylase HDA5 in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12868

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009765 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0010592 positive regulation of lamellipodium assembly 生物过程

GO:0010882 regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling 生物过程

GO:0010944 negative regulation of transcription by competitive promoter binding 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G61060

ath:AT5G61070

gga:374207

mmu:208727

rno:363287

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.375

排名 1 · LXL04_009765 · OH-1004

细胞质0.353

排名 2 · LXL04_009765 · OH-1004

线粒体0.180

排名 3 · LXL04_009765 · OH-1004

内质网0.104

排名 4 · LXL04_009765 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 5 · LXL04_009765 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00850.25Hist_deacetyl168-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009765	`PF00850.25`	Hist_deacetyl	168	243	1e-22	81.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LRK8`	拟南芥	Histone deacetylase 18	65.854%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8RX28`	拟南芥	Histone deacetylase 5	67.073%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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