LXL04_009684 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009684

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 131185446-131190057 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1800 bp · LXL04_009684|LXL04_009684|OH1004|cDNA

ATGATGATCAACAAGTCACTTTTCTTGACTTACCTTTACTTATTGATCTACATTTTGCTTTCATCTGGAGTTATTCTGTACAACAAGTGGGTTCTCTCTCCAAAGTACTTCAATTTTCCCTTTCCTATCACTCTCACCATGATCCACATGGGCTTTTCAGGAGCTGTAGCTTTCTTACTTGTTCGTGTTTTTAAGGTTGTTACTCCAGTTAAAATGACATTTGAAATATATGCAACATGTGTAGTTCCCATCAGTGCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1800 bp · LXL04_009684|LXL04_009684|OH1004|CDS

ATGATGATCAACAAGTCACTTTTCTTGACTTACCTTTACTTATTGATCTACATTTTGCTTTCATCTGGAGTTATTCTGTACAACAAGTGGGTTCTCTCTCCAAAGTACTTCAATTTTCCCTTTCCTATCACTCTCACCATGATCCACATGGGCTTTTCAGGAGCTGTAGCTTTCTTACTTGTTCGTGTTTTTAAGGTTGTTACTCCAGTTAAAATGACATTTGAAATATATGCAACATGTGTAGTTCCCATCAGTGCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

599 aa · LXL04_009684|LXL04_009684|OH1004|PROTEIN

MMINKSLFLTYLYLLIYILLSSGVILYNKWVLSPKYFNFPFPITLTMIHMGFSGAVAFLLVRVFKVVTPVKMTFEIYATCVVPISAFFASSLWFGNTAYLHISVAFIQMLKALMPVATLIMAVLCGTDKLRWDVLLNMLLVSVGVVISSYGEIHFNVIGTLYQVTGIFAEALRLVLTQVLLQKKGLTLNPITSLYYIAPCSFAFLFIPWYLLEKSNMEVSQIQFNYWIFFSNALCALALNLSIFLVIGRTGAVTIRVAGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009684`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009684

位置 Chr02:131185446-131190057 (+)

描述 Similar to At3g17430: Probable sugar phosphate/phosphate translocator At3g17430

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g17430`	可能的糖磷酸/磷酸转运蛋白 At3g17430。	暂无已核实直接文献
`At1g48230`	可能的糖磷酸/磷酸转运蛋白 At1g48230。	暂无已核实直接文献
`At5g25400`	可能的糖磷酸/磷酸转运蛋白 At5g25400。	暂无已核实直接文献
`At1g53660`	可能的糖磷酸/磷酸转运蛋白 At1g53660。	暂无已核实直接文献
`At5g11230`	推测为糖磷酸盐/磷酸盐转运蛋白 At5g11230。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009684 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015780 nucleotide-sugar transmembrane transport 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0015297 antiporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48230

ath:AT1G53660

ath:AT3G17430

ath:AT5G11230

ath:AT5G25400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.648

排名 1 · LXL04_009684 · OH-1004

高尔基体0.148

排名 2 · LXL04_009684 · OH-1004

细胞核0.085

排名 3 · LXL04_009684 · OH-1004

细胞质0.081

排名 4 · LXL04_009684 · OH-1004

细胞膜0.077

排名 5 · LXL04_009684 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03151.23TPT12-298 aa

PF00348.23polyprenyl_synt337-411 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009684	`PF03151.23`	TPT	12	298	1e-23	84.9
LXL04_009684	`PF00348.23`	polyprenyl_synt	337	411	9.6e-06	25.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LRP2`	拟南芥	Probable sugar phosphate/phosphate translocator At3g17430	85.758%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LNH5`	拟南芥	Probable sugar phosphate/phosphate translocator At1g48230	83.183%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3E6T0`	拟南芥	Probable sugar phosphate/phosphate translocator At5g25400	47.840%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C8M1`	拟南芥	Probable sugar phosphate/phosphate translocator At1g53660	50.637%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LFN3`	拟南芥	Probable sugar phosphate/phosphate translocator At5g11230	49.074%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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