LXL04_009665 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009665

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 130905293-130911959 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2487 bp · LXL04_009665|LXL04_009665|OH1004|cDNA

ATGGTGGTGTCAATGATGACCAGTACCGTACCTTTTTGTCCTATTTGTGGTTTGGAAGATGAGCAATTGGGGCACTTGTTCGGCCAATGTGAAGTTGCAGCTAGGACGTGGAGTGTGATTTTTAGGTGGCTTGGTATTCAAGTGGAGGGTGTATTTGAGCCTAAAAGAAATGATGTTGTTCATGAAGCTAAGCTGATCAGGAAAGACATGATTGTCGACTCTATTCGTgtgttttctttttcttggttTAGTAGTCGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2487 bp · LXL04_009665|LXL04_009665|OH1004|CDS

ATGGTGGTGTCAATGATGACCAGTACCGTACCTTTTTGTCCTATTTGTGGTTTGGAAGATGAGCAATTGGGGCACTTGTTCGGCCAATGTGAAGTTGCAGCTAGGACGTGGAGTGTGATTTTTAGGTGGCTTGGTATTCAAGTGGAGGGTGTATTTGAGCCTAAAAGAAATGATGTTGTTCATGAAGCTAAGCTGATCAGGAAAGACATGATTGTCGACTCTATTCGTGTGTTTTCTTTTTCTTGGTTTAGTAGTCGCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

828 aa · LXL04_009665|LXL04_009665|OH1004|PROTEIN

MVVSMMTSTVPFCPICGLEDEQLGHLFGQCEVAARTWSVIFRWLGIQVEGVFEPKRNDVVHEAKLIRKDMIVDSIRVFSFSWFSSRQNKPVIRPLHLLRRDSGHFIFSGEIPASSPVESAQSGLATATCCTCRVSSSTSDIVIDVNETRKIDNSIGYDLSPEIEHKLPPIITKSAIARPSSRNTQTSHSGKKVKEANKIPARKSLSGVKIRPSSPKLAVSKMIGQKSAQRKKETKAKFEQFWIEKKRQKLQQPDKILLFK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009665`
TK1151 ID	TkA03G461180
OH-1004 ID	LXL04_009665
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	74.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.844 / OH-1004 31.522 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_009665`
位置	Chr02:130905293-130911959 (-)
描述	Similar to Mettl6: tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_009665` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006400 tRNA modification 生物过程 GO:0030488 tRNA methylation 生物过程 GO:0106217 tRNA C3-cytosine methylation 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0043527 tRNA methyltransferase complex 细胞组分 GO:0019899 enzyme binding 分子功能 GO:0052735 tRNA (cytidine-3-)-methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:131965 mmu:67011 pon:100171853 rno:290564 spo:2541032 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.490

排名 1 · LXL04_009665 · OH-1004

细胞核0.489

排名 2 · LXL04_009665 · OH-1004

线粒体0.074

排名 3 · LXL04_009665 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 4 · LXL04_009665 · OH-1004

内质网0.046

排名 5 · LXL04_009665 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13489.13Methyltransf_23368-535 aa

PF05175.21MTS374-453 aa

PF13847.13Methyltransf_31378-507 aa

PF00891.25Methyltransf_2380-491 aa

PF13649.13Methyltransf_25381-481 aa

PF08242.19Methyltransf_12382-482 aa

PF08241.19Methyltransf_11382-485 aa

PF10294.16Methyltransf_16621-773 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009665	`PF13489.13`	Methyltransf_23	368	535	2.3e-18	67.2
LXL04_009665	`PF05175.21`	MTS	374	453	2.4e-10	41.0
LXL04_009665	`PF13847.13`	Methyltransf_31	378	507	5.9e-17	62.5
LXL04_009665	`PF00891.25`	Methyltransf_2	380	491	7.2e-06	26.2
LXL04_009665	`PF13649.13`	Methyltransf_25	381	481	6e-18	66.1
LXL04_009665	`PF08242.19`	Methyltransf_12	382	482	4.3e-21	76.2
LXL04_009665	`PF08241.19`	Methyltransf_11	382	485	7.8e-15	56.0
LXL04_009665	`PF10294.16`	Methyltransf_16	621	773	3.6e-21	76.4
LXL04_009665	`PF06325.20`	PrmA	643	772	1.2e-07	32.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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