LXL04_009609 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009609

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 129645266-129646472 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

824 bp · LXL04_009609|LXL04_009609|OH1004|cDNA

ATGATGTCGGAATCACAGTCAGGATGCGGGATGAACGGTGGCGATGATGGCTCCGGTGAGATCATGTTGTTCGGAGTCAGAGTGAAGGTTGATCCGATGAGGAAGAGTGTGAGTATGAACGATCTGTCACAGTATGTACAGGTACAACCTGCTACTCATGATTCGTCTAACAATAGTGCTAACCTTGATGGCTCCACCGCGATTGCTGCCGATAACGGTTACGCCTCCGCTGATGATGCTGTCCGCAACCAATCCAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

816 bp · LXL04_009609|LXL04_009609|OH1004|CDS

ATGATGTCGGAATCACAGTCAGGATGCGGGATGAACGGTGGCGATGATGGCTCCGGTGAGATCATGTTGTTCGGAGTCAGAGTGAAGGTTGATCCGATGAGGAAGAGTGTGAGTATGAACGATCTGTCACAGTATGTACAGGTACAACCTGCTACTCATGATTCGTCTAACAATAGTGCTAACCTTGATGGCTCCACCGCGATTGCTGCCGATAACGGTTACGCCTCCGCTGATGATGCTGTCCGCAACCAATCCAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

271 aa · LXL04_009609|LXL04_009609|OH1004|PROTEIN

MMSESQSGCGMNGGDDGSGEIMLFGVRVKVDPMRKSVSMNDLSQYVQVQPATHDSSNNSANLDGSTAIAADNGYASADDAVRNQSNGGRERKRGIPWTEEEHKLFLLGLQKVGKGDWRGISRNFVKTRTPTQVASHAQKYFLRRSNLNRRRRRSSLFDITTESVAAIPVEEQKNHENNNIQPAQEISPLSGFPLMAAFPTTVGPHPSPLPIEDQMEIKSTMTNVNFNQKDENNSLSLSLNLSLSYDNNRMDTSAFQFISP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009609`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009609

位置 Chr02:129645266-129646472 (+)

描述 Similar to Transcription factor MYB1R1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47390`	转录阻遏蛋白。	A novel Arabidopsis MYB-like transcription factor, MYBH, regulates hypocotyl elongation by enhancing auxin accumulation.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert223 Transcriptional control of ROS homeostasis by KUODA1 regulates cell expansion during leaf development.2014 · DOI: 10.1038/ncomms4767 A single-repeat MYB transcription repressor, MYBH, participates in regulation of leaf senescence in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1007/s11103-015-0321-2
`At5g61620`	可能参与体细胞胚胎发生的转录因子。	Stress-related function of bHLH109 in somatic embryo induction in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.jplph.2016.02.012
`At5g08520`	通过结合特定启动子基序5′-(A/T)AACCAT-3′，协调脱落酸（ABA）生物合成及信号相关基因的转录激活因子。	Salt-Related MYB1 Coordinates Abscisic Acid Biosynthesis and Signaling during Salt Stress in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00962

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0561400`	与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录阻遏蛋白。	Three novel MYB proteins with one DNA binding repeat mediate sugar and hormone regulation of alpha-amylase gene expression.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001735 A novel MYBS3-dependent pathway confers cold tolerance in rice.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.153015

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009609 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08520

ath:AT5G47390

ath:AT5G61620

sot:102577613

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.975

排名 1 · LXL04_009609 · OH-1004

细胞质0.088

排名 2 · LXL04_009609 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 3 · LXL04_009609 · OH-1004

内质网0.016

排名 4 · LXL04_009609 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_009609 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding96-141 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009609	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	96	141	2.3e-11	44.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVS0`	拟南芥	Transcription factor KUA1	50.829%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKF9`	拟南芥	Probable transcription factor At5g61620	40.933%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FNN6`	拟南芥	Transcription factor SRM1	55.556%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XC57`	水稻	Transcription factor MYBS3	51.462%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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