LXL04_009589 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009589

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 129280301-129288553 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1920 bp · LXL04_009589|LXL04_009589|OH1004|cDNA

ATGTTGGTCACGGTTGGCACCTCTTTTCGGTCCAAGCCACCACTCCGAGACTTGTTGGTCACGGCTACGTTGGTCACGGTTGACACCCCTCTTTTCGGGTCCAAGCCACCACTCCAAGTGTTGGAACCTCGAAAGGTGGGGAttactctgataccaattgatacGAACTCATCCCATACTAGTGGTTCCGTCGGTCCTGGTGATCTCGTGACTTCGGATGGTGTGAACTTGCTGGCTAGCGGGTTGAGATGTCAGCCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1920 bp · LXL04_009589|LXL04_009589|OH1004|CDS

ATGTTGGTCACGGTTGGCACCTCTTTTCGGTCCAAGCCACCACTCCGAGACTTGTTGGTCACGGCTACGTTGGTCACGGTTGACACCCCTCTTTTCGGGTCCAAGCCACCACTCCAAGTGTTGGAACCTCGAAAGGTGGGGATTACTCTGATACCAATTGATACGAACTCATCCCATACTAGTGGTTCCGTCGGTCCTGGTGATCTCGTGACTTCGGATGGTGTGAACTTGCTGGCTAGCGGGTTGAGATGTCAGCCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

639 aa · LXL04_009589|LXL04_009589|OH1004|PROTEIN

MLVTVGTSFRSKPPLRDLLVTATLVTVDTPLFGSKPPLQVLEPRKVGITLIPIDTNSSHTSGSVGPGDLVTSDGVNLLASGLRCQPAEPDEDGVIILANPPPAKPRFAISFLTFDLSRAHEPTPQIVFFFLRTRSGHLSWSAGHVLPPPILHFAMRSQPKMQKLEGRKRKPAELKCSPAKLLKNGTVTSLTVNDPYPNHPRPTSEECRAVRDDLLAFHGFPKQFLKYREQRLKLLPNADECGSTTSPQPEPAVSSKESVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009589`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009589

位置 Chr02:129280301-129288553 (-)

描述 Similar to At3g47830: Putative DNA glycosylase At3g47830

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47830`	推定 DNA 糖苷酶 At3g47830。	暂无已核实直接文献
`At2g36490`	双功能 DNA 糖基化酶/裂解酶，可切除 5-甲基胞嘧啶 (5-meC) 和 5-羟甲基胞嘧啶 (5-hmeC)，留下一个嘧啶缺失 (AP) 位点，随后由裂解酶活性切割。	ROS1, a repressor of transcriptional gene silencing in Arabidopsis, encodes a DNA glycosylase/lyase.2002 · DOI: 10.1016/s0092-8674(02)01133-9 DEMETER and REPRESSOR OF SILENCING 1 encode 5-methylcytosine DNA glycosylases.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0601109103 ROS1 5-methylcytosine DNA glycosylase is a slow-turnover catalyst that initiates DNA demethylation in a distributive fashion.2009 · DOI: 10.1093/nar/gkp390 Methylation-independent DNA binding modulates specificity of Repressor of Silencing 1 (ROS1) and facilitates demethylation in long substrates.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.124578 DDM1 and ROS1 have a role in UV-B induced- and oxidative DNA damage in A. thaliana.2013 · DOI: 10.3389/fpls.2013.00420 AP endonucleases process 5-methylcytosine excision intermediates during active DNA demethylation in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/nar/gku834 The carboxy-terminal domain of ROS1 is essential for 5-methylcytosine DNA glycosylase activity.2014 · DOI: 10.1016/j.jmb.2014.09.010

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0218032`	双功能DNA糖基化酶/裂解酶，可切除5-甲基胞嘧啶 (5-meC) 和5-羟甲基胞嘧啶 (5-hmeC)，产生一个嘧啶缺位(AP)位点，随后该位点由裂解酶活性切开（可能）。	A null mutation of ROS1a for DNA demethylation in rice is not transmittable to progeny.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05009.x Mutations in the DNA demethylase OsROS1 result in a thickened aleurone and improved nutritional value in rice grains.2018 · DOI: 10.1073/pnas.1806304115
`Os05g0445900`	双功能 DNA 糖基化酶/裂解酶，可切除 5-甲基胞嘧啶 (5-meC) 和 5-羟甲基胞嘧啶 (5-hmeC)，留下一个嘧啶缺失 (AP) 位点，随后由裂解酶活性切割。	A 5-methylcytosine DNA glycosylase/lyase demethylates the retrotransposon Tos17 and promotes its transposition in rice.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1112704108

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009589 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006285 base-excision repair, AP site formation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0141166 chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation pathway 生物过程

GO:0141169 chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, direct 5-methylcytosine excision pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36490

ath:AT3G47830

dosa:Os01g0217900

dosa:Os05g0445900

osa:9271145

sai:Saci_1497

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.742

排名 1 · LXL04_009589 · OH-1004

细胞质0.214

排名 2 · LXL04_009589 · OH-1004

线粒体0.057

排名 3 · LXL04_009589 · OH-1004

质体0.041

排名 4 · LXL04_009589 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 5 · LXL04_009589 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00730.32HhH-GPD264-407 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009589	`PF00730.32`	HhH-GPD	264	407	1.4e-11	45.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JCQ3`	拟南芥	Putative DNA glycosylase At3g47830	59.459%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJQ6`	拟南芥	DNA glycosylase/AP lyase ROS1	30.058%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`C7IW64`	水稻	Protein ROS1A	26.054%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B8YIE8`	水稻	Protein ROS1C	30.636%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情