LXL04_009494 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009494

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 127370050-127374690 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1908 bp · LXL04_009494|LXL04_009494|OH1004|cDNA

ATGTCTAGATACTTAAACCGTGGTTATGGTTCCGACAACCATCTTAACTTCCGTAGGGATCCTATAGTCACCTATGATGTTCCTCAACCCAACAATGTCCACTTGGTATATGATGACAACCGCATCATGTTTGAGGAGGAGCGCCCTTTTGTTGGTTACCCTAACCGTGTAGTCTTTGAGGAACATCGTGTTAGTCCTATGCATAAACATTACCGCCATGGTTCAGTAGAGCCACGCAAGCATGTTCACTTTGTTGAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1908 bp · LXL04_009494|LXL04_009494|OH1004|CDS

ATGTCTAGATACTTAAACCGTGGTTATGGTTCCGACAACCATCTTAACTTCCGTAGGGATCCTATAGTCACCTATGATGTTCCTCAACCCAACAATGTCCACTTGGTATATGATGACAACCGCATCATGTTTGAGGAGGAGCGCCCTTTTGTTGGTTACCCTAACCGTGTAGTCTTTGAGGAACATCGTGTTAGTCCTATGCATAAACATTACCGCCATGGTTCAGTAGAGCCACGCAAGCATGTTCACTTTGTTGAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

635 aa · LXL04_009494|LXL04_009494|OH1004|PROTEIN

MSRYLNRGYGSDNHLNFRRDPIVTYDVPQPNNVHLVYDDNRIMFEEERPFVGYPNRVVFEEHRVSPMHKHYRHGSVEPRKHVHFVEHDERVTESVDSFGNRKVHKESVDTIDNFGKEKVYKETIDTEADGFINRKHKNFELNKFGTFNSDFRFGKVPSPRVFTAQNSQSQLFTMEISTPMEISVQNVTNGDAPHDQTGVVPESAVSSSPAPAVAEDKFLISVEVCLKPSSTARIEDVKLAVERMLENRNLSYADGPVDIP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009494`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009494

位置 Chr02:127370050-127374690 (-)

描述 Similar to PCH2: Pachytene checkpoint protein 2 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24710`	在减数分裂过程中的染色体重组中发挥关键作用。	Arabidopsis PCH2 Mediates Meiotic Chromosome Remodeling and Maturation of Crossovers.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005372

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0479000`	在减数分裂过程中的染色体重组中发挥关键作用。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XUN8`	在减数分裂过程中的染色体重组中发挥关键作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009494 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0007094 mitotic spindle assembly checkpoint signaling 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007130 synaptonemal complex assembly 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0007141 male meiosis I 生物过程

GO:0007144 female meiosis I 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0007286 spermatid development 生物过程

GO:0042138 meiotic DNA double-strand break formation 生物过程

GO:0051026 chiasma assembly 生物过程

GO:0051598 meiotic recombination checkpoint signaling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24710

dosa:Os04g0479000

mmu:69716

rno:292206

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.568

排名 1 · LXL04_009494 · OH-1004

细胞核0.358

排名 2 · LXL04_009494 · OH-1004

内质网0.108

排名 3 · LXL04_009494 · OH-1004

细胞膜0.094

排名 4 · LXL04_009494 · OH-1004

线粒体0.091

排名 5 · LXL04_009494 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23563.2TRIP13_N216-305 aa

PF13401.13AAA_22371-464 aa

PF13191.13AAA_16371-487 aa

PF00004.36AAA373-518 aa

PF23242.2AAA_lid_TRIP13_C521-629 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009494	`PF23563.2`	TRIP13_N	216	305	4.7e-28	97.9
LXL04_009494	`PF13401.13`	AAA_22	371	464	1.5e-07	32.5
LXL04_009494	`PF13191.13`	AAA_16	371	487	5.1e-07	31.1
LXL04_009494	`PF00004.36`	AAA	373	518	1.5e-27	97.3
LXL04_009494	`PF23242.2`	AAA_lid_TRIP13_C	521	629	2.1e-38	131.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1F9`	拟南芥	Pachytene checkpoint protein 2 homolog	74.123%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XK25`	水稻	Pachytene checkpoint protein 2 homolog	72.158%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2XUN8`	水稻	Pachytene checkpoint protein 2 homolog	72.158%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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