RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_009138
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 118528374-118530297 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1314 bp · LXL04_009138|LXL04_009138|OH1004|cDNA

ATGGCCGATGATGCCGCAAGTACCAGCACCATTACTGGTAGAATGAACACCTCCATAACCGACATGTCACATGACCATCTCTTCTCCATCCTTCTGCTCCTGCCTCTGGAATCCATCCTGTCGTTTGCCATGACTTGTAAGAAAGCTACTCGCTTAACTCACTCCCACACTCTCTGGAAATCCATCTGCACCAGGGATTGGGGTCACTCCACCATCGATGCCTTCGTCAATTCTTCCTCCAATCCTCTTTCTGTCGACTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1314 bp · LXL04_009138|LXL04_009138|OH1004|CDS

ATGGCCGATGATGCCGCAAGTACCAGCACCATTACTGGTAGAATGAACACCTCCATAACCGACATGTCACATGACCATCTCTTCTCCATCCTTCTGCTCCTGCCTCTGGAATCCATCCTGTCGTTTGCCATGACTTGTAAGAAAGCTACTCGCTTAACTCACTCCCACACTCTCTGGAAATCCATCTGCACCAGGGATTGGGGTCACTCCACCATCGATGCCTTCGTCAATTCTTCCTCCAATCCTCTTTCTGTCGACTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

437 aa · LXL04_009138|LXL04_009138|OH1004|PROTEIN

MADDAASTSTITGRMNTSITDMSHDHLFSILLLLPLESILSFAMTCKKATRLTHSHTLWKSICTRDWGHSTIDAFVNSSSNPLSVDWKRLYQRLRNLDRVSCYKLTDSETSPGSRASHSLNYFSGCLVLFGGGSEGGRHLDDTWVAYIGNNFRRMVSWQRVISEGPSGRFGHSCIVIGNSLVLFGGINDTGIRQNDTWMAQLDTTTTTLSWRLLDVGPVTPPTRGAHACCLIDSRRMLIHGGIGLFGTRLGDTWVLHLSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_009138
TK1151 IDTkA03G400930
OH-1004 IDLXL04_009138
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_009138
位置Chr02:118528374-118530297 (+)
描述Similar to At1g51550: F-box/kelch-repeat protein At1g51550
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g51550 F-盒/kelch 重复蛋白 At1g51550。 暂无已核实直接文献
At5g57360 E3 泛素连接酶复合物的组成部分，在蓝光依赖性昼夜节律周期中发挥核心作用。
LKP1 (LOV kelch protein 1): a factor involved in the regulation of flowering time in arabidopsis.2000 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2000.00850.x
An Arabidopsis circadian clock component interacts with both CRY1 and phyB.2001 · DOI: 10.1038/35068589
LOV KELCH PROTEIN2 and ZEITLUPE repress Arabidopsis photoperiodic flowering under non-inductive conditions, dependent on FLAVIN-BINDING KELCH REPEAT F-BOX1.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04618.x
At2g18915 E3 泛素连接酶复合物的组成部分，在蓝光依赖性昼夜节律周期中发挥核心作用。
A role for LKP2 in the circadian clock of Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010332
LOV KELCH PROTEIN2 and ZEITLUPE repress Arabidopsis photoperiodic flowering under non-inductive conditions, dependent on FLAVIN-BINDING KELCH REPEAT F-BOX1.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04618.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0150800 E3 泛素连接酶复合物的组成部分，在蓝光依赖性昼夜节律周期中发挥核心作用。 暂无已核实直接文献
Os06g0694000 E3 泛素连接酶复合物的组成部分，在蓝光依赖性昼夜节律周期中发挥核心作用。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程
GO:0043153 entrainment of circadian clock by photoperiod 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G51550
ath:AT2G18915
ath:AT5G57360
dosa:Os06g0694000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.582
排名 1 · LXL04_009138 · OH-1004
细胞核0.366
排名 2 · LXL04_009138 · OH-1004
过氧化物酶体0.112
排名 3 · LXL04_009138 · OH-1004
线粒体0.084
排名 4 · LXL04_009138 · OH-1004
溶酶体／液泡0.056
排名 5 · LXL04_009138 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC796-260 aa
PF13415.13Beta-prop_FBX42101-261 aa
PF13418.13Beta-prop_TYW4112-190 aa
PF13854.13Kelch_HCF115-297 aa
PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1158-243 aa
PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7205-323 aa
PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1237-412 aa
PF13415.13Beta-prop_FBX42266-372 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_009138PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7962601.6e-57195.1
LXL04_009138PF13415.13Beta-prop_FBX421012612.6e-47161.8
LXL04_009138PF13418.13Beta-prop_TYW41121903.4e-2177.0
LXL04_009138PF13854.13Kelch_HCF1152974e-2176.4
LXL04_009138PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR11582431.1e-29104.3
LXL04_009138PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC72053231.6e-57195.1
LXL04_009138PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR12374121.1e-29104.3
LXL04_009138PF13415.13Beta-prop_FBX422663722.6e-47161.8
LXL04_009138PF13418.13Beta-prop_TYW42764123.4e-2177.0
LXL04_009138PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC73334131.6e-57195.1
LXL04_009138PF13854.13Kelch_HCF3394144e-2176.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C8K7拟南芥F-box/kelch-repeat protein At1g5155053.483%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q94BT6拟南芥Adagio protein 130.127%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8W420拟南芥Adagio protein 230.500%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q67UX0水稻Putative adagio-like protein 230.203%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q5Z8K3水稻Adagio-like protein 129.873%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看