LXL04_008960 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008960

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 114118386-114119653 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

951 bp · LXL04_008960|LXL04_008960|OH1004|cDNA

ATGATGCAGGAAGGGGGATCATCATCTTTGACGGCGGCTGGGGAAGGAGGAGGGAGGAGGAAGCCGTCGTGGAGGGAGAAAGAGAATAATCGGAGGAGAGAGCGACGGCGGAGAGCGATTGCTGCCAACATATATAATGGGTTGAGAGCACAGGGGAACTATAATTTGCCTAAACATTGTGATAACAATGAGGTGTTGAAAGCACTTTGTCAAGAAGCTGGTTGGGTTGTTCTTCCTGACGGCACCACCTTTCGCAAGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

951 bp · LXL04_008960|LXL04_008960|OH1004|CDS

ATGATGCAGGAAGGGGGATCATCATCTTTGACGGCGGCTGGGGAAGGAGGAGGGAGGAGGAAGCCGTCGTGGAGGGAGAAAGAGAATAATCGGAGGAGAGAGCGACGGCGGAGAGCGATTGCTGCCAACATATATAATGGGTTGAGAGCACAGGGGAACTATAATTTGCCTAAACATTGTGATAACAATGAGGTGTTGAAAGCACTTTGTCAAGAAGCTGGTTGGGTTGTTCTTCCTGACGGCACCACCTTTCGCAAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

316 aa · LXL04_008960|LXL04_008960|OH1004|PROTEIN

MMQEGGSSSLTAAGEGGGRRKPSWREKENNRRRERRRRAIAANIYNGLRAQGNYNLPKHCDNNEVLKALCQEAGWVVLPDGTTFRKGSKPPLPSIDTGGTSTTTTPCSSQKPSPPSSSFPSPIPSYQCSPSSSSFPSPSSNPFAFLRNTIPSSLPPLRISNSAPVTPPLSSPTSKFPKTNNLNWESFTKQSISSFNLPFFASSAPTSPTRCHRFTPATIPECDESDCSTIDSCQWLRFKNYQPAVTNPNSPTFNLVKPMA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008960`
TK1151 ID	TkA02G476300
OH-1004 ID	LXL04_008960
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.205 / OH-1004 87.975 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008960

位置 Chr02:114118386-114119653 (-)

描述 Similar to BZR1: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75080`	结合基因启动子油菜素甾醇（BR）应答元件（BRRE）5′-CGTG(T/C)G-3′的转录抑制因子。	BR signal influences Arabidopsis ovule and seed number through regulating related genes expression by BZR1.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss070 Histone Demethylases Coordinate the Antagonistic Interaction Between Abscisic Acid and Brassinosteroid Signaling in Arabidopsis .2020 · DOI: 10.3389/fpls.2020.596835
`At1g19350`	油菜素甾醇信号传导的正调节剂。	A new class of transcription factors mediates brassinosteroid-regulated gene expression in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cell.2004.11.044 Modulation of brassinosteroid-regulated gene expression by Jumonji domain-containing proteins ELF6 and REF6 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802254105 Arabidopsis MYB30 is a direct target of BES1 and cooperates with BES1 to regulate brassinosteroid-induced gene expression.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03778.x Arabidopsis IWS1 interacts with transcription factor BES1 and is involved in plant steroid hormone brassinosteroid regulated gene expression.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0909198107 Histone lysine methyltransferase SDG8 is involved in brassinosteroid-regulated gene expression in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/mp/ssu056 Regulation of plant stem cell quiescence by a brassinosteroid signaling module.2014 · DOI: 10.1016/j.devcel.2014.05.020
`At4g36780`	BES1/BZR1同源蛋白2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0580500`	正向调控油菜素甾醇信号转导的蛋白。	Functions of OsBZR1 and 14-3-3 proteins in brassinosteroid signaling in rice.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706386104 DWARF AND LOW-TILLERING, a new member of the GRAS family, plays positive roles in brassinosteroid signaling in rice.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03825.x Dynamics of brassinosteroid response modulated by negative regulator LIC in rice.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002686
`UniProt: B8B7S5`	正向调控油菜素甾醇信号转导的蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008960 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009650 UV protection 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0071367 cellular response to brassinosteroid stimulus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19350

ath:AT1G75080

ath:AT4G36780

dosa:Os07g0580500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.966

排名 1 · LXL04_008960 · OH-1004

细胞质0.121

排名 2 · LXL04_008960 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_008960 · OH-1004

内质网0.015

排名 4 · LXL04_008960 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_008960 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05687.19BES1_N17-146 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008960	`PF05687.19`	BES1_N	17	146	8.6e-61	205.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S307`	拟南芥	Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1	64.062%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LN63`	拟南芥	Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 2	63.091%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94A43`	拟南芥	BES1/BZR1 homolog protein 2	57.237%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XI96`	水稻	Protein BZR1 homolog 1	60.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8B7S5`	水稻	Protein BZR1 homolog 1	60.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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