LXL04_008933 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008933

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 113112357-113124751 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6360 bp · LXL04_008933|LXL04_008933|OH1004|cDNA

atgCGCAAAAAACGCTCTCTAGGAAGACCCACCGGAGGGGGCACCTCCGGTCACCGGAACACTACCAATCACTTCCCTAGTGGCTGGAACTGGCAAAATCAAAAGGAGGAATATCTTAAGGCGAACAACAACGGTCAAAGCAGATGGAAGTTCACAGAAACTACTTCATTCTTCATTTCAAATTTACCGATCGACTGGGAAGTCCCTCAAATGCCTAGGGTTCTCGAAAAATTAGGCACTCTGATAGACTTGTTCGTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

6360 bp · LXL04_008933|LXL04_008933|OH1004|CDS

ATGCGCAAAAAACGCTCTCTAGGAAGACCCACCGGAGGGGGCACCTCCGGTCACCGGAACACTACCAATCACTTCCCTAGTGGCTGGAACTGGCAAAATCAAAAGGAGGAATATCTTAAGGCGAACAACAACGGTCAAAGCAGATGGAAGTTCACAGAAACTACTTCATTCTTCATTTCAAATTTACCGATCGACTGGGAAGTCCCTCAAATGCCTAGGGTTCTCGAAAAATTAGGCACTCTGATAGACTTGTTCGTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2119 aa · LXL04_008933|LXL04_008933|OH1004|PROTEIN

MRKKRSLGRPTGGGTSGHRNTTNHFPSGWNWQNQKEEYLKANNNGQSRWKFTETTSFFISNLPIDWEVPQMPRVLEKLGTLIDLFVVGWKDKYGNRFGFARYNRVEDTAEMVNKIKRTTMGRNKIYAREAKFERKAKGKIPSSTAKNQHGKGKAGYHPTLNQNKVSPNLSFKDVCKGSQNPIIKTKINDSHNMESIRETFQTFDITNGGNRKEELTSKLVGELIHYKAVSHISTVIAGEGYPDDIIDYLGDFWILLSPRT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008933`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008933

位置 Chr02:113112357-113124751 (+)

描述 Similar to RBK1: Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g16750`	促进细胞在赤霉素（GA）信号通路中的增殖，在RGA下游起作用，并可能通过对两个细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子SIM和SMR1的负向调控实现作用。	暂无已核实直接文献
`At5g10520`	受体样胞质丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RBK1。	暂无已核实直接文献
`At1g10620`	推定富含脯氨酸的类受体蛋白激酶 PERK11。	暂无已核实直接文献
`At3g05140`	类受体胞质丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 RBK2。	暂无已核实直接文献
`At5g38560`	可能参与根生长的负调控。	PERK-KIPK-KCBP signalling negatively regulates root growth in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1093/jxb/eru390

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008933 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051781 positive regulation of cell division 生物过程

GO:0071369 cellular response to ethylene stimulus 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10620

ath:AT2G16750

ath:AT3G05140

ath:AT5G10520

ath:AT5G38560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.516

排名 1 · LXL04_008933 · OH-1004

细胞核0.324

排名 2 · LXL04_008933 · OH-1004

细胞膜0.194

排名 3 · LXL04_008933 · OH-1004

内质网0.041

排名 4 · LXL04_008933 · OH-1004

质体0.036

排名 5 · LXL04_008933 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03372.30Exo_endo_phos572-793 aa

PF14529.13Exo_endo_phos_2673-796 aa

PF00078.33RVT_1990-1164 aa

PF13966.12zf-RVT1444-1520 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr1918-2098 aa

PF00069.32Pkinase1919-2097 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008933	`PF03372.30`	Exo_endo_phos	572	793	1.4e-11	45.2
LXL04_008933	`PF14529.13`	Exo_endo_phos_2	673	796	2.4e-07	31.3
LXL04_008933	`PF00078.33`	RVT_1	990	1164	8.1e-14	52.7
LXL04_008933	`PF13966.12`	zf-RVT	1444	1520	5.3e-15	56.6
LXL04_008933	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1918	2098	2.1e-16	60.8
LXL04_008933	`PF00069.32`	Pkinase	1919	2097	8.6e-22	78.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B5X4Z9`	拟南芥	Protein kinase STUNTED	39.252%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H1D6`	拟南芥	Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK1	42.391%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SGY7`	拟南芥	Putative proline-rich receptor-like protein kinase PERK11	44.149%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8RXC8`	拟南芥	Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK2	44.022%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FFW5`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK8	41.398%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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