LXL04_008699 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008699

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 106415675-106428791 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4869 bp · LXL04_008699|LXL04_008699|OH1004|cDNA

ATGACTGAAGAAACCTTCGACATGAGCACAAGGATAGATGTAGATGTAGATGTAGATGTAGATGTAGATATACCTGATTTTGTATGGGAAAGTACATGGGAGTATTTGTCGGATGGAATTCTATACAATCAACGACAACGTTTGAAGTTTCCAGAATTATCACTTAATGAAGATCAACTTCAAAACTTGACGTTGTTTGAGATCGAGTCATTTTTATTGCGTAACAATTCCACGAAAAACTTTCAAACAACGCCGTACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

4869 bp · LXL04_008699|LXL04_008699|OH1004|CDS

ATGACTGAAGAAACCTTCGACATGAGCACAAGGATAGATGTAGATGTAGATGTAGATGTAGATGTAGATATACCTGATTTTGTATGGGAAAGTACATGGGAGTATTTGTCGGATGGAATTCTATACAATCAACGACAACGTTTGAAGTTTCCAGAATTATCACTTAATGAAGATCAACTTCAAAACTTGACGTTGTTTGAGATCGAGTCATTTTTATTGCGTAACAATTCCACGAAAAACTTTCAAACAACGCCGTACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1622 aa · LXL04_008699|LXL04_008699|OH1004|PROTEIN

MTEETFDMSTRIDVDVDVDVDVDIPDFVWESTWEYLSDGILYNQRQRLKFPELSLNEDQLQNLTLFEIESFLLRNNSTKNFQTTPYPNHEFVASSNNRLISKELSYDTITLQQEAETLITSLTTEQKCVFDDIIKAIQENKGGRFLFMVLVEPTLSATIRSKGQIVLNVASGGVVSLLLTGGRTTHSRFHIPLNLNEYSLCFIKPNNDVSRLLKQTSLIIWDEAPMVHKHAFEALERTIKDVLTCDGVLNSHLPFGDKVI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008699`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008699

位置 Chr02:106415675-106428791 (+)

描述 Similar to HDA5: Histone deacetylase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61060`	负责核心组蛋白（H2A、H2B、H3 和 H4）N 端赖氨酸残基的去乙酰化（可能）。	Regulation of flowering time by the histone deacetylase HDA5 in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12868
`At5g61070`	催化核心组蛋白H2A、H2B、H3和H4的N端赖氨酸残基去乙酰化。	Histone acetylation affects expression of cellular patterning genes in the Arabidopsis root epidermis.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0503143102 HDA18 affects cell fate in Arabidopsis root epidermis via histone acetylation at four kinase genes.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.107045

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008699 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0001932 regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006476 protein deacetylation 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0007026 negative regulation of microtubule depolymerization 生物过程

GO:0007173 epidermal growth factor receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G61060

ath:AT5G61070

mmu:15185

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.658

排名 1 · LXL04_008699 · OH-1004

细胞核0.394

排名 2 · LXL04_008699 · OH-1004

线粒体0.082

排名 3 · LXL04_008699 · OH-1004

细胞膜0.060

排名 4 · LXL04_008699 · OH-1004

内质网0.048

排名 5 · LXL04_008699 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05970.21PIF1122-337 aa

PF21530.4Pif1_2B_dom435-477 aa

PF00850.25Hist_deacetyl623-922 aa

PF00850.25Hist_deacetyl1013-1312 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008699	`PF05970.21`	PIF1	122	337	4.5e-72	243.0
LXL04_008699	`PF21530.4`	Pif1_2B_dom	435	477	1.8e-17	63.5
LXL04_008699	`PF00850.25`	Hist_deacetyl	623	922	3.6e-185	614.9
LXL04_008699	`PF00850.25`	Hist_deacetyl	1013	1312	3.6e-185	614.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RX28`	拟南芥	Histone deacetylase 5	62.009%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LRK8`	拟南芥	Histone deacetylase 18	68.245%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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