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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_008651
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 105196522-105198894 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2373 bp · LXL04_008651|LXL04_008651|OH1004|cDNA

ATGCTCCATGGAAGACGAAAAACAACATCACCTAACAAACCCCTTTTCCGATATCCACTTATTCGAAGCAAAACCACAATCATCAAACCCAGTACTTCCAAATCAAAACTCGGTACCTTCCTCGTCGTCGCTTCCATCGTAAAATCCCTATCTGAGCCGGGAGGTACTCGTAACTTTAACAATGGAGAATCAAGCTTGGTTTCACTCTCCGAACCACTCGTTCTTCAAATCCTTAGAAGGAGCTCTCTCGATGCATCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2373 bp · LXL04_008651|LXL04_008651|OH1004|CDS

ATGCTCCATGGAAGACGAAAAACAACATCACCTAACAAACCCCTTTTCCGATATCCACTTATTCGAAGCAAAACCACAATCATCAAACCCAGTACTTCCAAATCAAAACTCGGTACCTTCCTCGTCGTCGCTTCCATCGTAAAATCCCTATCTGAGCCGGGAGGTACTCGTAACTTTAACAATGGAGAATCAAGCTTGGTTTCACTCTCCGAACCACTCGTTCTTCAAATCCTTAGAAGGAGCTCTCTCGATGCATCGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

790 aa · LXL04_008651|LXL04_008651|OH1004|PROTEIN

MLHGRRKTTSPNKPLFRYPLIRSKTTIIKPSTSKSKLGTFLVVASIVKSLSEPGGTRNFNNGESSLVSLSEPLVLQILRRSSLDASKKIDFFKWCSLRHNYKQSAGTYSQMLQTLCINPVVHKNDIFDFLASMNREGVVLESSTFKFILDSFIKSGNFDYALEIMDHAENILDKLNPDVYNSVLIALIRSNHLNMALFTFFKLLDSITDNNKTSIDAATCNELLVALKRAGMRAEFRNAFDKVREKKNFPIDVRGYNVCI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_008651
TK1151 IDTkA03G349330
OH-1004 IDLXL04_008651
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_008651
位置Chr02:105196522-105198894 (+)
描述Similar to At4g01570: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01570
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g01570 含五螺旋重复（pentatricopeptide repeat, PPR）的蛋白 At4g01570。 暂无已核实直接文献
At3g53700 可能参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献
At4g28010 含五重复肽序列的蛋白At4g28010。 暂无已核实直接文献
At3g04760 含五次肽重复序列的蛋白At3g04760，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At1g64580 含五螺旋肽重复的蛋白 At1g64580。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008651 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程
GO:0090617 mitochondrial mRNA 5'-end processing 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G53700
ath:AT4G01570
ath:AT4G28010
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.764
排名 1 · LXL04_008651 · OH-1004
质体0.132
排名 2 · LXL04_008651 · OH-1004
细胞核0.074
排名 3 · LXL04_008651 · OH-1004
细胞质0.031
排名 4 · LXL04_008651 · OH-1004
细胞膜0.012
排名 5 · LXL04_008651 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N238-333 aa
PF13812.13PPR_3246-298 aa
PF13041.13PPR_2252-292 aa
PF01535.27PPR256-283 aa
PF12854.14PPR_1286-314 aa
PF13812.13PPR_3286-334 aa
PF13041.13PPR_2287-336 aa
PF01535.27PPR291-319 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_008651PF29070.1MSC6_N2383337.6e-2485.2
LXL04_008651PF13812.13PPR_32462983.8e-52174.9
LXL04_008651PF13041.13PPR_22522921.6e-93307.4
LXL04_008651PF01535.27PPR2562831.3e-71232.7
LXL04_008651PF12854.14PPR_12863143.9e-70232.0
LXL04_008651PF13812.13PPR_32863343.8e-52174.9
LXL04_008651PF13041.13PPR_22873361.6e-93307.4
LXL04_008651PF01535.27PPR2913191.3e-71232.7
LXL04_008651PF23276.3TPR_242913841.1e-30107.0
LXL04_008651PF12854.14PPR_13193513.9e-70232.0
LXL04_008651PF01535.27PPR3253551.3e-71232.7
LXL04_008651PF17177.11PPR_long3264807.5e-2071.9
LXL04_008651PF13041.13PPR_23293591.6e-93307.4
LXL04_008651PF13812.13PPR_33454023.8e-52174.9
LXL04_008651PF12854.14PPR_13533863.9e-70232.0
LXL04_008651PF13041.13PPR_23574061.6e-93307.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VZE4拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0157055.226%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LFF1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic23.382%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SUD8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2801028.598%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SR00拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g04760, chloroplastic25.586%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q0WKZ3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g6458029.859%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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