LXL04_008618 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008618

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 104403590-104405053 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

978 bp · LXL04_008618|LXL04_008618|OH1004|cDNA

ATGGCAGCTCGGAGCTTTCTCTACGGCGGCAATTCTGGTGGTGGAGCCGGCGGTTTTAACTCTGTTCTGCTAACAAACAAGAGGgcgatttcttcttcttcttctaaaCCTCTTGATTCCTTCTTCGTTTCTGGATCATCTCATTCTTTTGCAGGTTCTAGATCAATGGTTAGCTTTGAGGACGGAGGAAACGGATCAGGAAGGAGCTTTTTTCAGCCGTTCGATCAGGAAGACAATGGCGATGATGAATACGACGACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

978 bp · LXL04_008618|LXL04_008618|OH1004|CDS

ATGGCAGCTCGGAGCTTTCTCTACGGCGGCAATTCTGGTGGTGGAGCCGGCGGTTTTAACTCTGTTCTGCTAACAAACAAGAGGGCGATTTCTTCTTCTTCTTCTAAACCTCTTGATTCCTTCTTCGTTTCTGGATCATCTCATTCTTTTGCAGGTTCTAGATCAATGGTTAGCTTTGAGGACGGAGGAAACGGATCAGGAAGGAGCTTTTTTCAGCCGTTCGATCAGGAAGACAATGGCGATGATGAATACGACGACTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

325 aa · LXL04_008618|LXL04_008618|OH1004|PROTEIN

MAARSFLYGGNSGGGAGGFNSVLLTNKRAISSSSSKPLDSFFVSGSSHSFAGSRSMVSFEDGGNGSGRSFFQPFDQEDNGDDEYDDYLQQPEKKRRLKSDQVQFLEKSFETDNKLEPDRKIQLAKDLGLQPRQIAIWFQNRRARWKTKQLEKDYDVLQESFNELKSKYDNLLQEKEKLKSEVHDLSDKLLLQEMEKGTSDSSSTKSPSEPLQQEQAADCLNDEDHISKTSIVDVNSDLTGSSSPRYADLLERGNSSYLFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008618`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008618

位置 Chr02:104403590-104405053 (+)

描述 Similar to HAT5: Homeobox-leucine zipper protein HAT5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g01470`	可能参与叶发育的转录激活子。	Ectopic expression of the Arabidopsis transcriptional activator Athb-1 alters leaf cell fate in tobacco.1995 · DOI: 10.1105/tpc.7.11.1773
`At1g69780`	可能作为蔗糖信号通路作用的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0729700`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2X980`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os08g0481400`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008618 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048826 cotyledon morphogenesis 生物过程

GO:0080022 primary root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69780

ath:AT3G01470

dosa:Os02g0729700

dosa:Os08g0481400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976

排名 1 · LXL04_008618 · OH-1004

细胞质0.088

排名 2 · LXL04_008618 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_008618 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_008618 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_008618 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00046.36Homeodomain93-146 aa

PF02183.24HALZ148-189 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008618	`PF00046.36`	Homeodomain	93	146	5.8e-17	62.0
LXL04_008618	`PF02183.24`	HALZ	148	189	5.4e-14	52.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q02283`	拟南芥	Homeobox-leucine zipper protein HAT5	47.541%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LC03`	拟南芥	Homeobox-leucine zipper protein ATHB-13	46.552%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6YWR4`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein HOX16	49.057%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2X980`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein HOX16	49.057%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6Z248`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein HOX20	61.224%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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