LXL04_008599 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008599

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 103805640-103812843 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3180 bp · LXL04_008599|LXL04_008599|OH1004|cDNA

ATGGGCAACTGCACCACCTGTCTAAGACCCGATGATCCGAAACCCAAACACTACCAACCACCTCCAACTCCACAGGGCAAGAAAAAACACAGACCCAACCCATACGCCGAATCGCCGGTACCGATCCGGGTGTTGAACGACTTCGGTCAACTCGCCCACCACCGGACCCGAATTTCCGACAAGTACATACTGGGTCGTGAACTGGGTCGGGGAGAATTTGGAGTCACGTACCTCTGCACCGATAGAGAAACGAAACAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3180 bp · LXL04_008599|LXL04_008599|OH1004|CDS

ATGGGCAACTGCACCACCTGTCTAAGACCCGATGATCCGAAACCCAAACACTACCAACCACCTCCAACTCCACAGGGCAAGAAAAAACACAGACCCAACCCATACGCCGAATCGCCGGTACCGATCCGGGTGTTGAACGACTTCGGTCAACTCGCCCACCACCGGACCCGAATTTCCGACAAGTACATACTGGGTCGTGAACTGGGTCGGGGAGAATTTGGAGTCACGTACCTCTGCACCGATAGAGAAACGAAACAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1059 aa · LXL04_008599|LXL04_008599|OH1004|PROTEIN

MGNCTTCLRPDDPKPKHYQPPPTPQGKKKHRPNPYAESPVPIRVLNDFGQLAHHRTRISDKYILGRELGRGEFGVTYLCTDRETKQAFACKSISKKKLRTAVDVEDVRREVAIMSTLPEHPNIVKLRATYEDHEAVHLVMELCEGGELFDRIVARGHYSERAAAGIAKTVAEVVKMCHENGVIHRDLKPENFLFANKKENSALKAIDFGLSVFFKPGQKFSEIVGSPYYMAPEVLRRNYGPEVDIWSAGVILYILLCGVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008599`
TK1151 ID	TkA03G354520
OH-1004 ID	LXL04_008599
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.361 / OH-1004 28.329 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008599

位置 Chr02:103805640-103812843 (+)

描述 Similar to CPK30: Calcium-dependent protein kinase 30

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74740`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g18890`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	Two genes that encode Ca(2+)-dependent protein kinases are induced by drought and high-salt stresses in Arabidopsis thaliana.1994 · DOI: 10.1007/bf00286684
`At3g51850`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0832300`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os03g0688300`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用（通过相似性）。	A rice calcium-dependent protein kinase OsCPK9 positively regulates drought stress tolerance and spikelet fertility.2014 · DOI: 10.1186/1471-2229-14-133

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008599 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010152 pollen maturation 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:1902584 positive regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18890

ath:AT1G74740

ath:AT3G51850

dosa:Os01g0832300

dosa:Os03g0688300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.591

排名 1 · LXL04_008599 · OH-1004

细胞核0.329

排名 2 · LXL04_008599 · OH-1004

细胞膜0.174

排名 3 · LXL04_008599 · OH-1004

内质网0.087

排名 4 · LXL04_008599 · OH-1004

高尔基体0.054

排名 5 · LXL04_008599 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase63-320 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr64-316 aa

PF06293.21Kdo89-208 aa

PF13499.13EF-hand_7366-427 aa

PF00036.39EF-hand_1368-394 aa

PF13405.13EF-hand_6368-396 aa

PF13202.13EF-hand_5368-390 aa

PF13499.13EF-hand_7438-501 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008599	`PF00069.32`	Pkinase	63	320	1e-79	268.4
LXL04_008599	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	64	316	1.2e-28	100.9
LXL04_008599	`PF06293.21`	Kdo	89	208	7.4e-06	26.3
LXL04_008599	`PF13499.13`	EF-hand_7	366	427	5.5e-28	97.8
LXL04_008599	`PF00036.39`	EF-hand_1	368	394	2.4e-29	99.4
LXL04_008599	`PF13405.13`	EF-hand_6	368	396	7.4e-23	78.8
LXL04_008599	`PF13202.13`	EF-hand_5	368	390	3e-19	68.2
LXL04_008599	`PF13499.13`	EF-hand_7	438	501	5.5e-28	97.8
LXL04_008599	`PF00036.39`	EF-hand_1	440	465	2.4e-29	99.4
LXL04_008599	`PF13405.13`	EF-hand_6	440	465	7.4e-23	78.8
LXL04_008599	`PF13202.13`	EF-hand_5	441	464	3e-19	68.2
LXL04_008599	`PF00036.39`	EF-hand_1	476	502	2.4e-29	99.4
LXL04_008599	`PF13405.13`	EF-hand_6	476	502	7.4e-23	78.8
LXL04_008599	`PF13833.13`	EF-hand_8	476	501	2.6e-12	47.0
LXL04_008599	`PF13202.13`	EF-hand_5	478	500	3e-19	68.2
LXL04_008599	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	633	725	2.2e-15	57.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSF8`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 30	76.460%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M9V8`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 10	77.164%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8W4I7`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 13	71.805%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LPZ7`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 3	73.950%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6AVI8`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 9	70.265%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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