LXL04_008487 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008487

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 101015669-101021201 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3234 bp · LXL04_008487|LXL04_008487|OH1004|cDNA

atgtacGGGTACCGGATCTCAGATTTTAggatttggaaccggaaccggtcTGATCAGATCCCAGATTTTAggatttggaaccggaaccggttggaccagttccagttccggaaCCGCCGGTTCCCACCAGATCCAGATCCAGATCCAGAGAGTTTGGAGGAAATTTATCTAGGGTTTGCGAAAGGCCACTCAGTCAAAGAGCATTTCATCATCTGTTTTCTTTTTCGCACATACAAGCAAGTAGAGATGCCAACTTACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3234 bp · LXL04_008487|LXL04_008487|OH1004|CDS

ATGTACGGGTACCGGATCTCAGATTTTAGGATTTGGAACCGGAACCGGTCTGATCAGATCCCAGATTTTAGGATTTGGAACCGGAACCGGTTGGACCAGTTCCAGTTCCGGAACCGCCGGTTCCCACCAGATCCAGATCCAGATCCAGAGAGTTTGGAGGAAATTTATCTAGGGTTTGCGAAAGGCCACTCAGTCAAAGAGCATTTCATCATCTGTTTTCTTTTTCGCACATACAAGCAAGTAGAGATGCCAACTTACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1077 aa · LXL04_008487|LXL04_008487|OH1004|PROTEIN

MYGYRISDFRIWNRNRSDQIPDFRIWNRNRLDQFQFRNRRFPPDPDPDPESLEEIYLGFAKGHSVKEHFIICFLFRTYKQVEMPTYKIRGINVEFPFEAYDCQLVYMEKVIQSLQDRSNALLESPTGTGKTLCLLCATLAWRKSLGPFSKGKNAIRSQDTGGKHSETPSSQSDSSRLPTIIYTSRTHSQIRQVVQELKRTVYRPKMVVLGSREQLCIHPDVSLLYGKAQTNACHFLCQKRTKKYCAHFPRVTEFVKSNPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008487`
TK1151 ID	TkA03G366950
OH-1004 ID	LXL04_008487
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.386 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008487

位置 Chr02:101015669-101021201 (-)

描述 Similar to RTEL1: Regulator of telomere elongation helicase 1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79950`	一种可能的 ATP 依赖性 DNA 解旋酶，参与 DNA 复制、DNA 修复和基因组稳定性的维持。	The Arabidopsis thaliana homolog of the helicase RTEL1 plays multiple roles in preserving genome stability.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.132472 Deficiency of the Arabidopsis helicase RTEL1 triggers a SOG1-dependent replication checkpoint in response to DNA cross-links.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.134312 The RTR Complex Partner RMI2 and the DNA Helicase RTEL1 Are Both Independently Involved in Preserving the Stability of 45S rDNA Repeats in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006394

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0592900`	一种可能的 ATP 依赖性 DNA 解旋酶，参与 DNA 复制、DNA 修复和基因组稳定性的维持。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008487 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000725 recombinational repair 生物过程

GO:0000732 DNA strand displacement 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010569 regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0032206 positive regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79950

dosa:Os01g0592900

mmu:269400

rno:362288

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.704

排名 1 · LXL04_008487 · OH-1004

细胞质0.288

排名 2 · LXL04_008487 · OH-1004

线粒体0.062

排名 3 · LXL04_008487 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 4 · LXL04_008487 · OH-1004

内质网0.033

排名 5 · LXL04_008487 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD108-203 aa

PF06733.22DEAD_2182-343 aa

PF23109.2ARCH_RTEL1348-510 aa

PF13307.13Helicase_C_2595-788 aa

PF23116.3HHD_RTEL1930-1070 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008487	`PF00270.36`	DEAD	108	203	5e-06	27.1
LXL04_008487	`PF06733.22`	DEAD_2	182	343	4.4e-52	176.9
LXL04_008487	`PF23109.2`	ARCH_RTEL1	348	510	2e-42	146.0
LXL04_008487	`PF13307.13`	Helicase_C_2	595	788	7.1e-47	160.3
LXL04_008487	`PF23116.3`	HHD_RTEL1	930	1070	5.4e-12	47.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HQE2`	拟南芥	Regulator of telomere elongation helicase 1 homolog	52.970%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A0A0P0V4R0`	水稻	Regulator of telomere elongation helicase 1 homolog	53.876%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情