LXL04_008373 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008373

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 97516600-97521285 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3090 bp · LXL04_008373|LXL04_008373|OH1004|cDNA

ATGGCTGATTCAACTCCGATTAACTTCGTTAAGCACATCGAAACGTACGTCGACTCGTCGTCGTCTAAATCCCCAGCTCACCAGGATGCAAGTTTAGATGCGATTGCAAAGCTCTTGATGAACGACATGATAACTCTGGAGTCACTGGTAAGAGAAATGGGGATGTATTTAACTACTACAGACAACATCATTCGTGCTAGAGGTATCCTTCTTCTTGCAGAGTTGTTGACACGTCTCTCATCAAAGTCTTTAGAGAATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3090 bp · LXL04_008373|LXL04_008373|OH1004|CDS

ATGGCTGATTCAACTCCGATTAACTTCGTTAAGCACATCGAAACGTACGTCGACTCGTCGTCGTCTAAATCCCCAGCTCACCAGGATGCAAGTTTAGATGCGATTGCAAAGCTCTTGATGAACGACATGATAACTCTGGAGTCACTGGTAAGAGAAATGGGGATGTATTTAACTACTACAGACAACATCATTCGTGCTAGAGGTATCCTTCTTCTTGCAGAGTTGTTGACACGTCTCTCATCAAAGTCTTTAGAGAATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1029 aa · LXL04_008373|LXL04_008373|OH1004|PROTEIN

MADSTPINFVKHIETYVDSSSSKSPAHQDASLDAIAKLLMNDMITLESLVREMGMYLTTTDNIIRARGILLLAELLTRLSSKSLENATIHSLIGFFAERLSDWRALRGALVGCLALMKRKGDISKSDATAVAQSFMQNLQVQSLGQHDRKLCFEILECLIDCYPDTVMTMEDDFVYVICEAIDGEKDPQCLLLTFHLVEIVAHLYPDSSNSLASYAEDLFNILGSYFPIHFTHPKGEDDVKREELSRALMLAFASTPLFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008373`
TK1151 ID	TkA03G380260
OH-1004 ID	LXL04_008373
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008373

位置 Chr02:97516600-97521285 (-)

描述 Similar to MMS19: MMS19 nucleotide excision repair protein homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48120`	可能选择特定的目标脱辅基蛋白，将胞质铁硫蛋白组装途径产生的 Fe-S 簇转移到该脱辅基蛋白上。	The DUF59 family gene AE7 acts in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway to maintain nuclear genome integrity in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.102608

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008373 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0071817 MMXD complex 细胞组分

GO:0097361 cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex 细胞组分

GO:0003713 transcription coactivator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G48120

bta:533499

ddi:DDB_G0288217

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.567

排名 1 · LXL04_008373 · OH-1004

细胞核0.524

排名 2 · LXL04_008373 · OH-1004

高尔基体0.055

排名 3 · LXL04_008373 · OH-1004

内质网0.050

排名 4 · LXL04_008373 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 5 · LXL04_008373 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14500.12MMS19_N50-314 aa

PF12460.15MMS19_C658-978 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008373	`PF14500.12`	MMS19_N	50	314	9e-80	268.7
LXL04_008373	`PF12460.15`	MMS19_C	658	978	1.2e-34	120.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WVF8`	拟南芥	MMS19 nucleotide excision repair protein homolog	41.938%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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