LXL04_008306 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008306

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 96231814-96234553 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1968 bp · LXL04_008306|LXL04_008306|OH1004|cDNA

ATGAGTAAAGAAAGGTGCATGGAAAAACACGAGGACTCAAAAATCGTTGAAACAGTCGTAGTTGCCGTTAAAGCATCAAGGGAAATTCCAAAGTCAGCTTTGGTTTGGGCTTTGACTCATGTAGTCCAACCAGGGCATTGCATTACACTACTTGTTGTCATCCCTTCTGGTAAAAGATTATGGGGTCTTCCGAGATTTACTGGAGATTGTGCTAGTCGTCATTGGAGATCTTATTTAGGAAAAAGTGATATCGCGGATTc...

CDS

下载 CDS FASTA

1968 bp · LXL04_008306|LXL04_008306|OH1004|CDS

ATGAGTAAAGAAAGGTGCATGGAAAAACACGAGGACTCAAAAATCGTTGAAACAGTCGTAGTTGCCGTTAAAGCATCAAGGGAAATTCCAAAGTCAGCTTTGGTTTGGGCTTTGACTCATGTAGTCCAACCAGGGCATTGCATTACACTACTTGTTGTCATCCCTTCTGGTAAAAGATTATGGGGTCTTCCGAGATTTACTGGAGATTGTGCTAGTCGTCATTGGAGATCTTATTTAGGAAAAAGTGATATCGCGGATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

655 aa · LXL04_008306|LXL04_008306|OH1004|PROTEIN

MSKERCMEKHEDSKIVETVVVAVKASREIPKSALVWALTHVVQPGHCITLLVVIPSGKRLWGLPRFTGDCASRHWRSYLGKSDIADSCSQMILQLHNMYDPNKINVKIKTVSGLPYGAVALEAKQIHATWVILDKKLKHEQKRCMEELQCNIVTIKKSRPKIIRLNLIGSPKNEPQITNQSSKKLQKDTKYSPQFSPEALSLTEPSTSISSSDPGASPFFIPLKSNHELAESSSDSESENLSSSFSRRFQPWMIDILTST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008306`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008306

位置 Chr02:96231814-96234553 (-)

描述 Similar to SELMODRAFT_444075: Inactive protein kinase SELMODRAFT_444075

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26150`	可能参与根生长的负调控。	暂无已核实直接文献
`At1g23540`	在枝条分枝过程中调节生长素相关的 MAX（更多侧枝生长）途径。	Over-expression of the IGI1 leading to altered shoot-branching development related to MAX pathway in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9645-0
`At1g70460`	负向调控根毛伸长。	暂无已核实直接文献
`At5g38560`	可能参与根生长的负调控。	PERK-KIPK-KCBP signalling negatively regulates root growth in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1093/jxb/eru390

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008306 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0032502 developmental process 生物过程

GO:1990641 response to iron ion starvation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0019901 protein kinase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23540

ath:AT1G26150

ath:AT1G70460

ath:AT5G38560

smo:SELMODRAFT_444075

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.577

排名 1 · LXL04_008306 · OH-1004

细胞质0.303

排名 2 · LXL04_008306 · OH-1004

细胞核0.302

排名 3 · LXL04_008306 · OH-1004

内质网0.039

排名 4 · LXL04_008306 · OH-1004

高尔基体0.029

排名 5 · LXL04_008306 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase327-593 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr328-595 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008306	`PF00069.32`	Pkinase	327	593	4.3e-41	141.8
LXL04_008306	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	328	595	3e-43	148.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C660`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK10	47.443%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUE0`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK12	49.258%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CAL8`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK13	48.864%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FFW5`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK8	45.098%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情