LXL04_008247 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008247

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 94767208-94789796 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

16227 bp · LXL04_008247|LXL04_008247|OH1004|cDNA

ATGGCGATTGATGGGAGTTTTTGTGTTCAATATGAGCTGGAAAGGTTTCTTTACCGGTGTCCCAAGCTCATGGCTGCTCCCCAGTTAGATAATCTAGTCAAGAAGGGGAAAGAATTGACAGAGGAAGAGTTGATTGTAGGAGTAGCTGAGTTACTTTTACATCCGCGCTATACAATCCCATTAGTGGGATGCTTTCGCCCAATTGCACGGAAAATTGTTGACCGAGTTGTTGCTTTGCTACATTTGGTGCCTGATTTGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

16227 bp · LXL04_008247|LXL04_008247|OH1004|CDS

ATGGCGATTGATGGGAGTTTTTGTGTTCAATATGAGCTGGAAAGGTTTCTTTACCGGTGTCCCAAGCTCATGGCTGCTCCCCAGTTAGATAATCTAGTCAAGAAGGGGAAAGAATTGACAGAGGAAGAGTTGATTGTAGGAGTAGCTGAGTTACTTTTACATCCGCGCTATACAATCCCATTAGTGGGATGCTTTCGCCCAATTGCACGGAAAATTGTTGACCGAGTTGTTGCTTTGCTACATTTGGTGCCTGATTTGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

5408 aa · LXL04_008247|LXL04_008247|OH1004|PROTEIN

MAIDGSFCVQYELERFLYRCPKLMAAPQLDNLVKKGKELTEEELIVGVAELLLHPRYTIPLVGCFRPIARKIVDRVVALLHLVPDLTSNSNDSMLEFDEGRLFKETETLDYEQDISVINLYARYGRGLALHELSCLAFSRTLDMLPYLSGSVRDYFKFAPPPFKRIMEKESMTQSLLQSGTQLLDAVRVSYRLLLAEPEVFARLWDWSCYMDLIHEITGINGADTELFMDIRWCTVQTLTMVLGMSDKFIRKSKTSDMVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008247`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008247

位置 Chr02:94767208-94789796 (-)

描述 Similar to MDN1: Midasin

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g67120`	核内分子伴侣，参与前60S核糖体亚基的成熟和核出口。	The MIDASIN and NOTCHLESS genes are essential for female gametophyte development in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1007/s12298-010-0005-y The Mutation of Glu at Amino Acid 3838 of AtMDN1 Provokes Pleiotropic Developmental Phenotypes in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/srep36446

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008247 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0048638 regulation of developmental growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G67120

ddi:DDB_G0295765

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.481

排名 1 · LXL04_008247 · OH-1004

细胞核0.331

排名 2 · LXL04_008247 · OH-1004

线粒体0.190

排名 3 · LXL04_008247 · OH-1004

细胞膜0.063

排名 4 · LXL04_008247 · OH-1004

高尔基体0.058

排名 5 · LXL04_008247 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07728.21AAA_5353-472 aa

PF07724.21AAA_2354-456 aa

PF17867.8AAA_lid_7502-606 aa

PF13191.13AAA_16656-698 aa

PF12775.14AAA_7665-706 aa

PF07728.21AAA_5671-717 aa

PF07728.21AAA_5819-906 aa

PF17865.8AAA_lid_5919-1021 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008247	`PF07728.21`	AAA_5	353	472	1.6e-117	388.5
LXL04_008247	`PF07724.21`	AAA_2	354	456	1.4e-17	65.0
LXL04_008247	`PF17867.8`	AAA_lid_7	502	606	8.2e-58	194.0
LXL04_008247	`PF13191.13`	AAA_16	656	698	5.3e-27	96.1
LXL04_008247	`PF12775.14`	AAA_7	665	706	4.5e-28	98.7
LXL04_008247	`PF07728.21`	AAA_5	671	717	1.6e-117	388.5
LXL04_008247	`PF07728.21`	AAA_5	819	906	1.6e-117	388.5
LXL04_008247	`PF17865.8`	AAA_lid_5	919	1021	9.2e-29	100.5
LXL04_008247	`PF07728.21`	AAA_5	1072	1208	1.6e-117	388.5
LXL04_008247	`PF07726.18`	AAA_3	1073	1209	3.5e-33	115.0
LXL04_008247	`PF07724.21`	AAA_2	1073	1163	1.4e-17	65.0
LXL04_008247	`PF17867.8`	AAA_lid_7	1220	1316	8.2e-58	194.0
LXL04_008247	`PF07728.21`	AAA_5	1374	1419	1.6e-117	388.5
LXL04_008247	`PF07728.21`	AAA_5	1510	1597	1.6e-117	388.5
LXL04_008247	`PF21108.4`	MDN1_4th	1673	1709	4.6e-08	33.6
LXL04_008247	`PF07728.21`	AAA_5	1820	1959	1.6e-117	388.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A1P8AUY4`	拟南芥	Midasin	46.117%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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