LXL04_008176 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008176

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 91014684-91019289 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1404 bp · LXL04_008176|LXL04_008176|OH1004|cDNA

ATGCAATCCGGCAATGATGGTGGGTCTGATCAGCAACCACAAACGCAGAAGAATCAGCCAACGGTGCCGCCGCCGACGACGACAGGAGCAGCGGCGGGGATGGGGGCGGGTCTAGGGCAGCAGCAATGGGTGGCGATGCAGTACCCCGCGGCGGCGATGTTAATGCAGCATCCGATGATGGCACCGTCTCCGGCTAATTATCAAGTGGCGCCACACTATATGCCGTACCACCCGCACCACCTCCAGCATCAGCCGCATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1404 bp · LXL04_008176|LXL04_008176|OH1004|CDS

ATGCAATCCGGCAATGATGGTGGGTCTGATCAGCAACCACAAACGCAGAAGAATCAGCCAACGGTGCCGCCGCCGACGACGACAGGAGCAGCGGCGGGGATGGGGGCGGGTCTAGGGCAGCAGCAATGGGTGGCGATGCAGTACCCCGCGGCGGCGATGTTAATGCAGCATCCGATGATGGCACCGTCTCCGGCTAATTATCAAGTGGCGCCACACTATATGCCGTACCACCCGCACCACCTCCAGCATCAGCCGCATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

467 aa · LXL04_008176|LXL04_008176|OH1004|PROTEIN

MQSGNDGGSDQQPQTQKNQPTVPPPTTTGAAAGMGAGLGQQQWVAMQYPAAAMLMQHPMMAPSPANYQVAPHYMPYHPHHLQHQPHPPVAQQPQQGSGGGENKAIWVGDLHNWMDEDYLRSCFASTGEVSSIKVVRNKQTGFSEGYGFVEFISHAAAEKVLQNYGGILMPNTDQPFRLNWATFSMGEKRSNNGSDVSIFVGDLAADVTDTLLHETFANKYPSVKAAKVVIDINTGRSKGYGFVRFGDDNERTQAMTEMNG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008176`
TK1151 ID	TkA02G434740
OH-1004 ID	LXL04_008176
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.767 / OH-1004 91.649 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008176

位置 Chr02:91014684-91019289 (+)

描述 Similar to RBP47C: Polyadenylate-binding protein RBP47C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g47490`	异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。	暂无已核实直接文献
`At1g47500`	异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。	暂无已核实直接文献
`At1g49600`	异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。	暂无已核实直接文献
`At3g19130`	异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008176 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0034063 stress granule assembly 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008143 poly(A) binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G47490

ath:AT1G47500

ath:AT1G49600

ath:AT3G19130

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.692

排名 1 · LXL04_008176 · OH-1004

细胞质0.458

排名 2 · LXL04_008176 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 3 · LXL04_008176 · OH-1004

内质网0.027

排名 4 · LXL04_008176 · OH-1004

溶酶体／液泡0.023

排名 5 · LXL04_008176 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_1105-171 aa

PF00076.29RRM_1198-267 aa

PF00076.29RRM_1300-363 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008176	`PF00076.29`	RRM_1	105	171	6.5e-52	174.0
LXL04_008176	`PF00076.29`	RRM_1	198	267	6.5e-52	174.0
LXL04_008176	`PF00076.29`	RRM_1	300	363	6.5e-52	174.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SX79`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein RBP47C	65.404%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SX80`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein RBP47C'	68.219%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4I3B3`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein RBP47A	61.035%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WW84`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein RBP47B	60.270%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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