LXL04_007719 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007719

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 57887746-57898553 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3957 bp · LXL04_007719|LXL04_007719|OH1004|cDNA

ATGGATGCAGCAGAAGACGTCTTCAAAGAAAGTTGTACGAGTATGTATGAGCCCTTCTCAGGCCTCAACCAGATGGATTTTGAGTTGCACGGCATATACATGGACCACGAACCAGAGCAAGAGTTCGTGACATCTCTTAACAAGTGCAAGGATTCTTTTCTGAATGTTCTTCTTAGTGAGGATAACTTACGAAATTCAAGCTTAGTTGATGAGTTCAGGGCTCAACaaagtgatgaagaagaggTTGAGGGTGACATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3957 bp · LXL04_007719|LXL04_007719|OH1004|CDS

ATGGATGCAGCAGAAGACGTCTTCAAAGAAAGTTGTACGAGTATGTATGAGCCCTTCTCAGGCCTCAACCAGATGGATTTTGAGTTGCACGGCATATACATGGACCACGAACCAGAGCAAGAGTTCGTGACATCTCTTAACAAGTGCAAGGATTCTTTTCTGAATGTTCTTCTTAGTGAGGATAACTTACGAAATTCAAGCTTAGTTGATGAGTTCAGGGCTCAACAAAGTGATGAAGAAGAGGTTGAGGGTGACATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1318 aa · LXL04_007719|LXL04_007719|OH1004|PROTEIN

MDAAEDVFKESCTSMYEPFSGLNQMDFELHGIYMDHEPEQEFVTSLNKCKDSFLNVLLSEDNLRNSSLVDEFRAQQSDEEEVEGDIKKKYRFHDPNTRWDLMEPKVGDIFESIAQLKFCVQNYAVANGYGLYYEKCDSTRLVVRCGKRNEVKECPYRLYAGWMYNERSLQIKTLEDTHVCARNFKLGAMVTPEWIGRHYISEIANKPKMKVREMITDIQHKFRCVVSVGQVRRAKVWAKELIEGKLTEHYARIWDYSNEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007719`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007719

位置 Chr02:57887746-57898553 (+)

描述 Similar to MAN5: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0663300`	甘露聚糖内切-1,4-β-甘露糖苷酶1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007719 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0016985 mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os01g0663300

sly:544170

sly:544199

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.886

排名 1 · LXL04_007719 · OH-1004

细胞质0.220

排名 2 · LXL04_007719 · OH-1004

线粒体0.031

排名 3 · LXL04_007719 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 4 · LXL04_007719 · OH-1004

内质网0.018

排名 5 · LXL04_007719 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03108.21DBD_Tnp_Mut105-161 aa

PF10551.16MULE304-378 aa

PF26410.1GH5_mannosidase374-513 aa

PF00150.25Cellulase435-520 aa

PF10551.16MULE706-770 aa

PF00872.25Transposase_mut708-771 aa

PF04434.23SWIM922-952 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007719	`PF03108.21`	DBD_Tnp_Mut	105	161	9.6e-09	35.5
LXL04_007719	`PF10551.16`	MULE	304	378	1.4e-19	71.0
LXL04_007719	`PF26410.1`	GH5_mannosidase	374	513	4.7e-28	98.9
LXL04_007719	`PF00150.25`	Cellulase	435	520	1.2e-06	29.0
LXL04_007719	`PF10551.16`	MULE	706	770	1.4e-19	71.0
LXL04_007719	`PF00872.25`	Transposase_mut	708	771	1.1e-09	38.4
LXL04_007719	`PF04434.23`	SWIM	922	952	9.8e-06	25.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0JKM9`	水稻	Mannan endo-1,4-beta-mannosidase 1	58.889%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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