LXL04_007628 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007628

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 54754614-54759648 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2622 bp · LXL04_007628|LXL04_007628|OH1004|cDNA

ATGcaacaaatttgttgtttacTAATTTATCTGCTTAAACAACTCCGCCGTCTCTTTCTATCTCACAAGTCACAACAACATTGTAACGTAACGTCGGACAAGATTACATTAACAAAATTCTCAAGAATGTATACATATggttatgtatatatatgtaaagTCCAACAAGAATGCTCTAACAATTTACTCCCTTCTCTAGATCGAGTGGAAGACATGGTTTGGTTTGGATGTTGGattgcactactagtgttcaCGGTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2622 bp · LXL04_007628|LXL04_007628|OH1004|CDS

ATGCAACAAATTTGTTGTTTACTAATTTATCTGCTTAAACAACTCCGCCGTCTCTTTCTATCTCACAAGTCACAACAACATTGTAACGTAACGTCGGACAAGATTACATTAACAAAATTCTCAAGAATGTATACATATGGTTATGTATATATATGTAAAGTCCAACAAGAATGCTCTAACAATTTACTCCCTTCTCTAGATCGAGTGGAAGACATGGTTTGGTTTGGATGTTGGATTGCACTACTAGTGTTCACGGTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

873 aa · LXL04_007628|LXL04_007628|OH1004|PROTEIN

MQQICCLLIYLLKQLRRLFLSHKSQQHCNVTSDKITLTKFSRMYTYGYVYICKVQQECSNNLLPSLDRVEDMVWFGCWIALLVFTVEVGGATVSYDGRSLIIDGQRTILFSGSIHYARSTPDMWPSLIAKAKKGGLDVIQTYVFWNLHEPQPGQYDFSGRNDIISFIKQVQQQGLYVSLRIGPFIEAEWTYGGLPFWLHDVPGIVFRTNNEPFKLHMQNFTTKIVNMMKAENLFASQGGPIILSQIENEYQNVEGSFHDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007628`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007628

位置 Chr02:54754614-54759648 (-)

描述 Similar to BGAL16: Beta-galactosidase 16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77410`	β-半乳糖苷酶 16。	暂无已核实直接文献
`At5g63800`	β-半乳糖苷酶6。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0428100`	β-半乳糖苷酶7。	暂无已核实直接文献
`Os08g0549200`	β-半乳糖苷酶11。	暂无已核实直接文献
`Os01g0580200`	β-半乳糖苷酶 2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007628 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0019388 galactose catabolic process 生物过程

GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004565 beta-galactosidase activity 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77410

ath:AT5G63800

dosa:Os01g0580200

dosa:Os08g0549200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.388

排名 1 · LXL04_007628 · OH-1004

细胞外0.226

排名 2 · LXL04_007628 · OH-1004

细胞质0.180

排名 3 · LXL04_007628 · OH-1004

内质网0.164

排名 4 · LXL04_007628 · OH-1004

细胞膜0.158

排名 5 · LXL04_007628 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01301.26Glyco_hydro_3599-406 aa

PF17834.8GHD430-485 aa

PF13364.13BetaGal_ABD2666-741 aa

PF21467.4BetaGal_gal-bd673-739 aa

PF02140.24SUEL_Lectin795-872 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007628	`PF01301.26`	Glyco_hydro_35	99	406	2.5e-111	373.0
LXL04_007628	`PF17834.8`	GHD	430	485	8.7e-24	83.7
LXL04_007628	`PF13364.13`	BetaGal_ABD2	666	741	5e-07	31.2
LXL04_007628	`PF21467.4`	BetaGal_gal-bd	673	739	1.6e-25	89.7
LXL04_007628	`PF02140.24`	SUEL_Lectin	795	872	1.1e-19	71.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GX69`	拟南芥	Beta-galactosidase 16	59.209%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FFN4`	拟南芥	Beta-galactosidase 6	58.547%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75HQ3`	水稻	Beta-galactosidase 7	51.677%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZJJ0`	水稻	Beta-galactosidase 11	46.287%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8W0A1`	水稻	Beta-galactosidase 2	48.892%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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