LXL04_007627 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007627

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 54652838-54656784 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1383 bp · LXL04_007627|LXL04_007627|OH1004|cDNA

ATGGACCACCGTATCATCTTCTTTCTCTCCCTTTCCACTCTCTCTGTCGCACCCTTTTCCGGAAACAACCATGGCTTCTCGTACTTGGAGTCTGTTAGTTTCCAAAACAGTGATATCGAGACCTTGAGAAACACAACATCGTTTGTTTTCCCTCCACAAAGACTACTACAAACGTTTTCCAAATCATGCAAGATTTGGTCGGAGGCTTGCTCAGAGGAGGTTTTGTTGATGGCGAAGCGGCCGGAGAACGTACGGTGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1383 bp · LXL04_007627|LXL04_007627|OH1004|CDS

ATGGACCACCGTATCATCTTCTTTCTCTCCCTTTCCACTCTCTCTGTCGCACCCTTTTCCGGAAACAACCATGGCTTCTCGTACTTGGAGTCTGTTAGTTTCCAAAACAGTGATATCGAGACCTTGAGAAACACAACATCGTTTGTTTTCCCTCCACAAAGACTACTACAAACGTTTTCCAAATCATGCAAGATTTGGTCGGAGGCTTGCTCAGAGGAGGTTTTGTTGATGGCGAAGCGGCCGGAGAACGTACGGTGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

460 aa · LXL04_007627|LXL04_007627|OH1004|PROTEIN

MDHRIIFFLSLSTLSVAPFSGNNHGFSYLESVSFQNSDIETLRNTTSFVFPPQRLLQTFSKSCKIWSEACSEEVLLMAKRPENVRWLKSLRRRIHENPELAFQEFETSRLIRNELRKMEISYRFPLAITGIRATIGTGDAPFVALRADMDALPIQEAVEWEHKSKVAGKMHACGHDAHVTMLLGAARILKSREHLLKGTVVLIFQPAEEAGNGAKKMMADGALENVEAIFAAHVSHQHETGVIGSRPGPLLAGCGFFKVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007627`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007627

位置 Chr02:54652838-54656784 (+)

描述 Similar to ILL6: IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g44350`	水解植物生长调节剂吲哚-3-乙酸的某些氨基酸缀合物。	The amidohydrolases IAR3 and ILL6 contribute to jasmonoyl-isoleucine hormone turnover and generate 12-hydroxyjasmonic acid upon wounding in Arabidopsis leaves.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.499228

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0691400`	水解植物生长调节剂吲哚-3-乙酸 (IAA) 的某些氨基酸缀合物。	暂无已核实直接文献
`Os01g0560000`	水解植物生长调节剂吲哚-3-乙酸 (IAA) 的某些氨基酸缀合物。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q84XG9`	水解植物生长调节剂吲哚-3-乙酸 (IAA) 的某些氨基酸缀合物。	暂无已核实直接文献
`Os01g0706900`	水解植物生长调节剂吲哚-3-乙酸 (IAA) 的某些氨基酸缀合物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007627 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009694 jasmonic acid metabolic process 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009850 auxin metabolic process 生物过程

GO:0010112 regulation of systemic acquired resistance 生物过程

GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010179 IAA-Ala conjugate hydrolase activity 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:1990206 jasmonyl-Ile conjugate hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G44350

dosa:Os01g0560000

dosa:Os01g0706900

dosa:Os06g0691400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.340

排名 1 · LXL04_007627 · OH-1004

过氧化物酶体0.292

排名 2 · LXL04_007627 · OH-1004

线粒体0.191

排名 3 · LXL04_007627 · OH-1004

细胞核0.146

排名 4 · LXL04_007627 · OH-1004

质体0.095

排名 5 · LXL04_007627 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01546.34Peptidase_M20144-452 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007627	`PF01546.34`	Peptidase_M20	144	452	3.8e-46	158.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYX0`	拟南芥	IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 6	69.500%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5Z678`	水稻	IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 6	67.089%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S9S4`	水稻	IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 1	57.252%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84XG9`	水稻	IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 1	56.997%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5N8F2`	水稻	IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 2	56.456%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情