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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_007572
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 52793277-52798538 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1782 bp · LXL04_007572|LXL04_007572|OH1004|cDNA

ATGCAGACAAGAAATGTCGGTCGTCGGTTGTGTATACAAGAAATGCAGATAAGGAAAGTAGAAATCAAACCTGTCAAAGGGGTACCGGAAGTGGTCGCCGGTCGTCGGTCGTCGAAGGAAAATAGCGAGACAGAAACGTGGTCGCCGGTCGTCGTTCGTCGGAGGAAAGCAGCGACAGAGACAGAGAAGTGGTCGCCGGACGTCGGAGGAACGCAGCGAGACAGAAACGTGGAGTGGAGTTCGTCGCCGATTGCCTTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1782 bp · LXL04_007572|LXL04_007572|OH1004|CDS

ATGCAGACAAGAAATGTCGGTCGTCGGTTGTGTATACAAGAAATGCAGATAAGGAAAGTAGAAATCAAACCTGTCAAAGGGGTACCGGAAGTGGTCGCCGGTCGTCGGTCGTCGAAGGAAAATAGCGAGACAGAAACGTGGTCGCCGGTCGTCGTTCGTCGGAGGAAAGCAGCGACAGAGACAGAGAAGTGGTCGCCGGACGTCGGAGGAACGCAGCGAGACAGAAACGTGGAGTGGAGTTCGTCGCCGATTGCCTTCGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

593 aa · LXL04_007572|LXL04_007572|OH1004|PROTEIN

MQTRNVGRRLCIQEMQIRKVEIKPVKGVPEVVAGRRSSKENSETETWSPVVVRRRKAATETEKWSPDVGGTQRDRNVEWSSSPIAFASEWSSSPIAFASDCKTILAQKDDLQRTELRSNMQNLAKSSGGITKALQAFRLMKPTVYDYNSLVNCYLKSENVCLHDLSALYTEMNTLGLYPNASTFNTFLKGLNLLGESKNALWVTTEMCNYAFTPSFTSLSNLLKKCSDSMDLEEAITVLDLMMRLFKEASNCLNKMATDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_007572
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_007572
位置Chr02:52793277-52798538 (-)
描述Similar to At1g64100: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64100
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g64100 含五聚肽重复结构的蛋白 At1g64100。 暂无已核实直接文献
At1g62910 含五百四十肽重复的蛋白 At1g62910。 暂无已核实直接文献
At3g53700 可能参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献
At1g12775 含五肽重复的蛋白 At1g12775，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g63330 含五重复肽蛋白 At1g63330。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007572 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0090617 mitochondrial mRNA 5'-end processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G62910
ath:AT1G64100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.643
排名 1 · LXL04_007572 · OH-1004
质体0.169
排名 2 · LXL04_007572 · OH-1004
细胞核0.099
排名 3 · LXL04_007572 · OH-1004
细胞质0.072
排名 4 · LXL04_007572 · OH-1004
细胞膜0.024
排名 5 · LXL04_007572 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N101-290 aa
PF13041.13PPR_2142-191 aa
PF12854.14PPR_1263-293 aa
PF13041.13PPR_2264-312 aa
PF13812.13PPR_3265-311 aa
PF01535.27PPR268-297 aa
PF23276.3TPR_24269-328 aa
PF12854.14PPR_1295-324 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_007572PF29070.1MSC6_N1012909e-1658.7
LXL04_007572PF13041.13PPR_21421914.2e-56187.6
LXL04_007572PF12854.14PPR_12632932.8e-41139.6
LXL04_007572PF13041.13PPR_22643124.2e-56187.6
LXL04_007572PF13812.13PPR_32653118.7e-31106.5
LXL04_007572PF01535.27PPR2682979.9e-38126.5
LXL04_007572PF23276.3TPR_242693284.3e-2279.2
LXL04_007572PF12854.14PPR_12953242.8e-41139.6
LXL04_007572PF13041.13PPR_22993424.2e-56187.6
LXL04_007572PF29070.1MSC6_N3034299e-1658.7
LXL04_007572PF13041.13PPR_23694164.2e-56187.6
LXL04_007572PF13812.13PPR_33834158.7e-31106.5
LXL04_007572PF12854.14PPR_13994292.8e-41139.6
LXL04_007572PF01535.27PPR4064329.9e-38126.5
LXL04_007572PF13041.13PPR_24344744.2e-56187.6
LXL04_007572PF23276.3TPR_244415194.3e-2279.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SH60拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g6410027.130%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LQ16拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g6291027.778%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LFF1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic25.442%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LPX2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12775, mitochondrial26.835%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9C8T7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g6333027.778%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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