LXL04_007490 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007490

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 50445611-50448902 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1509 bp · LXL04_007490|LXL04_007490|OH1004|cDNA

ATGGGCGGCGGAGGAGGTGCTGGAGGTGTCCGTGGAATTCTGCTGGACAGCTCTGTAATCTTGGACTCCACCTCAAACGACAATGAAACTGCATCAATTCGCTCCGGAGCTGACTATTTACTTGGCAAGCTTCGACATTCCAACATTCCGACGGGAATATGTTATGAAGTAGGTCTCCCAGAACCAAAGGTGAAGCTTCTTGAGAAGCTGATTAGTGAATACTCATTTGAGGGATTCATCTACAATCAATCTTCTATAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1509 bp · LXL04_007490|LXL04_007490|OH1004|CDS

ATGGGCGGCGGAGGAGGTGCTGGAGGTGTCCGTGGAATTCTGCTGGACAGCTCTGTAATCTTGGACTCCACCTCAAACGACAATGAAACTGCATCAATTCGCTCCGGAGCTGACTATTTACTTGGCAAGCTTCGACATTCCAACATTCCGACGGGAATATGTTATGAAGTAGGTCTCCCAGAACCAAAGGTGAAGCTTCTTGAGAAGCTGATTAGTGAATACTCATTTGAGGGATTCATCTACAATCAATCTTCTATAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

502 aa · LXL04_007490|LXL04_007490|OH1004|PROTEIN

MGGGGGAGGVRGILLDSSVILDSTSNDNETASIRSGADYLLGKLRHSNIPTGICYEVGLPEPKVKLLEKLISEYSFEGFIYNQSSIDDTVNDVSKAWGKNGGSILHVVLNNYEGLFSNVTNSGWMNVVVNVDGDGLSKNPNGICIEKLEELPMIISELNKKSNEDNVVVGYIMKPSREADFAKRGAFPLNPTKNGLIFLPLTFNLPILPQLKKVDIVIHKATDEISSIERSNSFNSSSKIIYTTGMLELQRCIGELPDCC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007490`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007490

位置 Chr02:50445611-50448902 (+)

描述 Similar to ITPK4: Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g43980`	激酶，可以磷酸化肌醇多磷酸盐 Ins(1,3,4)P3 形成 InsP4。	Arabidopsis thaliana inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase 4 (AtITPK4) is an outlier to a family of ATP-grasp fold proteins from Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1016/j.febslet.2007.07.046

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0518700`	激酶，可以磷酸化各种肌醇多磷酸盐如 Ins(3,4,5,6)P4 或 Ins(1,3,4)P3，并参与发育中种子的植酸生物合成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8BDK0`	激酶，可以磷酸化各种肌醇多磷酸盐如 Ins(3,4,5,6)P4 或 Ins(1,3,4)P3，并参与发育中种子的植酸生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007490 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010264 myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0032957 inositol trisphosphate metabolic process 生物过程

GO:0070266 necroptotic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0000825 inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0016853 isomerase activity 分子功能

GO:0047325 inositol-3,4,5,6-tetrakisphosphate 1-kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G43980

dosa:Os09g0518700

dre:406290

mmu:217837

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.573

排名 1 · LXL04_007490 · OH-1004

细胞核0.412

排名 2 · LXL04_007490 · OH-1004

细胞膜0.082

排名 3 · LXL04_007490 · OH-1004

内质网0.061

排名 4 · LXL04_007490 · OH-1004

溶酶体／液泡0.049

排名 5 · LXL04_007490 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28688.1HAD_ITPK4_N8-161 aa

PF05770.17Ins134_P3_kin294-481 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007490	`PF28688.1`	HAD_ITPK4_N	8	161	1.1e-55	188.6
LXL04_007490	`PF05770.17`	Ins134_P3_kin	294	481	7.9e-27	94.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80568`	拟南芥	Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase 4	51.515%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0J0B2`	水稻	Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase 6	48.394%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B8BDK0`	水稻	Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase 6	47.887%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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