LXL04_007324 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007324

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 44330739-44331806 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1068 bp · LXL04_007324|LXL04_007324|OH1004|cDNA

ATGGAATGCTCAATTTTGAAGCTGATAATTGAGAAGGGGCCAAGAGCAGGTGAAAGTCTGGAATATCCATCTGGATCCGTCGTCAAAATTGGTCGGTTAGTGCGTGGCAATACACTCGGAATCAAAGACGCCGGTATCTCCTCCAAACACATTTCCATCGAATTCGATAATGAAGTGAGCAAATGGAATCTCACTGATCTCGATTCTTCAAACGGTACACTTTTGAACGGGACACTGCTAAAGCCTAACGTTCCTTCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · LXL04_007324|LXL04_007324|OH1004|CDS

ATGGAATGCTCAATTTTGAAGCTGATAATTGAGAAGGGGCCAAGAGCAGGTGAAAGTCTGGAATATCCATCTGGATCCGTCGTCAAAATTGGTCGGTTAGTGCGTGGCAATACACTCGGAATCAAAGACGCCGGTATCTCCTCCAAACACATTTCCATCGAATTCGATAATGAAGTGAGCAAATGGAATCTCACTGATCTCGATTCTTCAAACGGTACACTTTTGAACGGGACACTGCTAAAGCCTAACGTTCCTTCCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · LXL04_007324|LXL04_007324|OH1004|PROTEIN

MECSILKLIIEKGPRAGESLEYPSGSVVKIGRLVRGNTLGIKDAGISSKHISIEFDNEVSKWNLTDLDSSNGTLLNGTLLKPNVPSTLEDGDCIKIGELTSIIVKIELQSTIPPERYPRRQGKSGPPAAAVESTRSGLGLGLDGDLGENAVEEPVQKRVLRPRGKKVADTNPDFPIERKVTRGRPKKLQVQPSKDPDLDKGEPADIVVPVDGRRTRRGRKALPVEPLEDLHVLVDAASENIVQNSGVKEKLNANNESAQD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007324`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007324

位置 Chr02:44330739-44331806 (-)

描述 Similar to At4g14490: FHA domain-containing protein At4g14490

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14490`	含FHA结构域的蛋白 At4g14490。	暂无已核实直接文献
`At5g19280`	使 Ser/Thr 受体样激酶 RLK5 去磷酸化。	The Arabidopsis kinase-associated protein phosphatase controls internalization of the somatic embryogenesis receptor kinase 1.2002 · DOI: 10.1101/gad.220402 The Arabidopsis SERK1 protein interacts with the AAA-ATPase AtCDC48, the 14-3-3 protein GF14lambda and the PP2C phosphatase KAPP.2005 · DOI: 10.1007/s00425-004-1447-7 The Arabidopsis kinase-associated protein phosphatase regulates adaptation to Na+ stress.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.109009 A possible role for kinase-associated protein phosphatase in the Arabidopsis CLAVATA1 signaling pathway.1997 · DOI: 10.1073/pnas.94.19.10467 Control of meristem development by CLAVATA1 receptor kinase and kinase-associated protein phosphatase interactions 1998 · DOI: 10.1104/pp.117.4.1217

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007324 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001938 positive regulation of endothelial cell proliferation 生物过程

GO:0007155 cell adhesion 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0032133 chromosome passenger complex 细胞组分

GO:0048471 perinuclear region of cytoplasm 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G14490

ath:AT5G19280

hsa:55109

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.954

排名 1 · LXL04_007324 · OH-1004

细胞质0.110

排名 2 · LXL04_007324 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 3 · LXL04_007324 · OH-1004

内质网0.015

排名 4 · LXL04_007324 · OH-1004

线粒体0.010

排名 5 · LXL04_007324 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16697.11Yop-YscD_cpl12-105 aa

PF00498.32FHA28-97 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007324	`PF16697.11`	Yop-YscD_cpl	12	105	1.2e-08	35.9
LXL04_007324	`PF00498.32`	FHA	28	97	5.4e-14	53.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23305`	拟南芥	FHA domain-containing protein At4g14490	30.250%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P46014`	拟南芥	Protein phosphatase 2C 70	31.429%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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