LXL04_007137 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007137

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 37097375-37099067 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1401 bp · LXL04_007137|LXL04_007137|OH1004|cDNA

GGAGAAGGAGTAGTTCCTAGTTCCTACTCCTAATCGTGAACAGCAGTACAGCACACACAACACAGTAGAAACAATATGAAGTGCCCGTACTGTGCGGCGGCGCAAGGGCGGTGCGTCACCACATCTGCTGGTAGGTTTATCACGGAGTGCATATCCTGCGGCCGAGTCGTGGAAGAACGGCAAACGCAATCCCATCACCTCTTCCACATACGTGCTCAAGACTCTCCTCTCTGCCTAGTTACCTCCGACCTCCCCACACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1326 bp · LXL04_007137|LXL04_007137|OH1004|CDS

ATGAAGTGCCCGTACTGTGCGGCGGCGCAAGGGCGGTGCGTCACCACATCTGCTGGTAGGTTTATCACGGAGTGCATATCCTGCGGCCGAGTCGTGGAAGAACGGCAAACGCAATCCCATCACCTCTTCCACATACGTGCTCAAGACTCTCCTCTCTGCCTAGTTACCTCCGACCTCCCCACACTCCCCCACTCTATCATCGACCGATCCACCACCACCACCGCCGTGCCCATCTCCGAAGAAGAAGAAGACCCCTTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

441 aa · LXL04_007137|LXL04_007137|OH1004|PROTEIN

MKCPYCAAAQGRCVTTSAGRFITECISCGRVVEERQTQSHHLFHIRAQDSPLCLVTSDLPTLPHSIIDRSTTTTAVPISEEEEDPFEPTGFITAFSTWSLEPYPVFAQSSLSFAGHLAELERVLETTSSSSASGPSVVVDNLRAYLQIIDVASILGLDCDISDHAFQLFRDCSSATCLRNRSVEALATAALVQAIREAQEPRTLQEISIAANLPQKEIGKYIKILGEALQLSQPLNSNSISVHMPRFCTLLQLNKSAQEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007137`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007137

位置 Chr02:37097375-37099067 (+)

描述 Similar to PBRP1: Plant-specific TFIIB-related protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36650`	植物特有的TFIIB相关蛋白，可能参与质体与细胞核之间的信号转导。	Transcription factor IIB (TFIIB)-related protein (pBrp), a plant-specific member of the TFIIB-related protein family.2003 · DOI: 10.1128/mcb.23.9.3274-3286.2003 The plant-specific TFIIB-related protein, pBrp, is a general transcription factor for RNA polymerase I.2008 · DOI: 10.1038/emboj.2008.151

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007137 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001174 transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0006473 protein acetylation 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0019083 viral transcription 生物过程

GO:0051123 RNA polymerase II preinitiation complex assembly 生物过程

GO:0051177 meiotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0051225 spindle assembly 生物过程

GO:0051276 chromosome organization 生物过程

GO:0070897 transcription preinitiation complex assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G36650

ddi:DDB_G0290929

mmu:229906

rno:81673

xla:394390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.897

排名 1 · LXL04_007137 · OH-1004

细胞质0.143

排名 2 · LXL04_007137 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_007137 · OH-1004

质体0.024

排名 4 · LXL04_007137 · OH-1004

内质网0.018

排名 5 · LXL04_007137 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00382.25TFIIB144-225 aa

PF00382.25TFIIB242-323 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007137	`PF00382.25`	TFIIB	144	225	2.2e-27	95.6
LXL04_007137	`PF00382.25`	TFIIB	242	323	2.2e-27	95.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23215`	拟南芥	Plant-specific TFIIB-related protein 1	81.769%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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