LXL04_006804 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006804

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 25900810-25904846 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2292 bp · LXL04_006804|LXL04_006804|OH1004|cDNA

ATGGAACACAAGTCATGGCTATGGAAGAAAAAGTCAATCGAGAAGACCATGTACGCAACCGACACACCCAACAGAGGGAATGAAGACGAGTTGCAGGGAATTCTAGCTTATGAAGCTGAACTCGAAAGAAACCTAAACATTTCAAACGAAAAGCTTTCATCCGCACTTGCAGAAATCAAAGCGAAAGACGACATCGCAAAGAAACAAACAAACATCGCACGTGAAGCCATTCAAGgaTGGGAGAAGGCGGAATCGGAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2292 bp · LXL04_006804|LXL04_006804|OH1004|CDS

ATGGAACACAAGTCATGGCTATGGAAGAAAAAGTCAATCGAGAAGACCATGTACGCAACCGACACACCCAACAGAGGGAATGAAGACGAGTTGCAGGGAATTCTAGCTTATGAAGCTGAACTCGAAAGAAACCTAAACATTTCAAACGAAAAGCTTTCATCCGCACTTGCAGAAATCAAAGCGAAAGACGACATCGCAAAGAAACAAACAAACATCGCACGTGAAGCCATTCAAGGATGGGAGAAGGCGGAATCGGAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

763 aa · LXL04_006804|LXL04_006804|OH1004|PROTEIN

MEHKSWLWKKKSIEKTMYATDTPNRGNEDELQGILAYEAELERNLNISNEKLSSALAEIKAKDDIAKKQTNIAREAIQGWEKAESEVLSLKQELEKSTQQTISSEERLYGVDSALKECMQQLRFVREEQEKRIHDAVIKTSREYEKSLIAIEEKLSESNKKNSKLISENTHLTKSLLSKEKVIDELHAAMSRLHSELSSVTTRLESSQRDNASLSYEVRVMEKELEIRNEERDFNRRTADVAHKQHLASVKKIAHLETEA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006804`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006804

位置 Chr02:25900810-25904846 (+)

描述 Similar to FPP7: Filament-like plant protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g23360`	纤维状植物蛋白7。	暂无已核实直接文献
`At1g19835`	类丝状植物蛋白 4。	暂无已核实直接文献
`At1g47900`	丝状植物蛋白 6。	暂无已核实直接文献
`At4g36120`	纤维状植物蛋白5。	暂无已核实直接文献
`At3g05270`	与COG2和FPP2/VETH2形成复合物，在木质部细胞次生细胞壁沉积过程中，通过招募EXO70A1，将胞吐复合体（exocyst）组分招募至皮层微管，确保正确的次生细胞壁（SCW）沉积模式。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006804 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0046785 microtubule polymerization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19835

ath:AT1G47900

ath:AT2G23360

ath:AT4G36120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.486

排名 1 · LXL04_006804 · OH-1004

细胞核0.282

排名 2 · LXL04_006804 · OH-1004

细胞膜0.279

排名 3 · LXL04_006804 · OH-1004

内质网0.059

排名 4 · LXL04_006804 · OH-1004

质体0.056

排名 5 · LXL04_006804 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05911.17FPP62-344 aa

PF05911.17FPP340-389 aa

PF05911.17FPP384-492 aa

PF05911.17FPP489-655 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006804	`PF05911.17`	FPP	62	344	4.9e-149	498.9
LXL04_006804	`PF05911.17`	FPP	340	389	4.9e-149	498.9
LXL04_006804	`PF05911.17`	FPP	384	492	4.9e-149	498.9
LXL04_006804	`PF05911.17`	FPP	489	655	4.9e-149	498.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SLN1`	拟南芥	Filament-like plant protein 7	42.534%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WSY2`	拟南芥	Filament-like plant protein 4	36.267%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C698`	拟南芥	Filament-like plant protein 6	36.991%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O65649`	拟南芥	Filament-like plant protein 5	32.494%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9MA92`	拟南芥	Filament-like plant protein 3	31.017%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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