LXL04_006789 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006789

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 25166894-25175321 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3342 bp · LXL04_006789|LXL04_006789|OH1004|cDNA

ATGGATAACTCACCGGAGAATTGCAACGTGAAGGTCGCGTTGCATATTCGTCCTCTCAGCCGCCAGGAGCGGCAAAACGGCGGCAAAGAATGTTTGGACGTCGTTCCGGGGACGGCTCAGGTGTTAATGGATACACATTCGTTTATATTTGATCATATATATGGAGGAGGAGGTTCTCCATCAGTCAATATGTTTGAAGAGTGTGCAATTCCTCTCTTAGATGCTTTGTTTCAAGGATACAATGGTACAGTTATCGCATA...

CDS

下载 CDS FASTA

3342 bp · LXL04_006789|LXL04_006789|OH1004|CDS

ATGGATAACTCACCGGAGAATTGCAACGTGAAGGTCGCGTTGCATATTCGTCCTCTCAGCCGCCAGGAGCGGCAAAACGGCGGCAAAGAATGTTTGGACGTCGTTCCGGGGACGGCTCAGGTGTTAATGGATACACATTCGTTTATATTTGATCATATATATGGAGGAGGAGGTTCTCCATCAGTCAATATGTTTGAAGAGTGTGCAATTCCTCTCTTAGATGCTTTGTTTCAAGGATACAATGGTACAGTTATCGCATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1113 aa · LXL04_006789|LXL04_006789|OH1004|PROTEIN

MDNSPENCNVKVALHIRPLSRQERQNGGKECLDVVPGTAQVLMDTHSFIFDHIYGGGGSPSVNMFEECAIPLLDALFQGYNGTVIAYGQTGSGKTYTMGTNPKESSHRGLMFQIMQTIFNKIETLKHETEFQLHVSFIEILNEEVRDLLDSAVLDRAESTDGNPDNPVPCKPPVQVRKATDGAVSLSGSTEVCVTTQKEMIGCLEQGCLKRSVASTNMNSQSSRSHAIYTIILEQKDKSKGEENGNDYMGEEYRCAKLHL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006789`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006789

位置 Chr02:25166894-25175321 (-)

描述 Similar to KIN4A: Kinesin-like protein KIN-4A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47820`	驱动蛋白样运动蛋白参与纤维素微纤维定向沉积的控制。	A kinesin-like protein is essential for oriented deposition of cellulose microfibrils and cell wall strength.2002 · DOI: 10.1105/tpc.005801 Single molecule analysis of the Arabidopsis FRA1 kinesin shows that it is a functional motor protein with unusually high processivity.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssr077 Kinesin-4 Functions in Vesicular Transport on Cortical Microtubules and Regulates Cell Wall Mechanics during Cell Elongation in Plants.2015 · DOI: 10.1016/j.molp.2015.01.004
`At3g50240`	类驱动马达蛋白，参与纤维素微纤维定向沉积的控制。	暂无已核实直接文献
`At5g60930`	类驱动马达蛋白，参与纤维素微纤维定向沉积的控制。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0114500`	微管依赖性运动蛋白参与纤维素微纤维定向沉积的控制。	Mutation of rice BC12/GDD1, which encodes a kinesin-like protein that binds to a GA biosynthesis gene promoter, leads to dwarfism with impaired cell elongation.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081901

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006789 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程

GO:0030705 cytoskeleton-dependent intracellular transport 生物过程

GO:0051231 spindle elongation 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005875 microtubule associated complex 细胞组分

GO:0055028 cortical microtubule 细胞组分

GO:0003777 microtubule motor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G50240

ath:AT5G47820

ghi:107917911

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.695

排名 1 · LXL04_006789 · OH-1004

细胞核0.211

排名 2 · LXL04_006789 · OH-1004

细胞膜0.140

排名 3 · LXL04_006789 · OH-1004

高尔基体0.082

排名 4 · LXL04_006789 · OH-1004

线粒体0.052

排名 5 · LXL04_006789 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00225.30Kinesin16-361 aa

PF16796.12Microtub_bd40-149 aa

PF25764.2KIF21A_4th490-669 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006789	`PF00225.30`	Kinesin	16	361	2.4e-101	339.7
LXL04_006789	`PF16796.12`	Microtub_bd	40	149	1.8e-18	67.7
LXL04_006789	`PF25764.2`	KIF21A_4th	490	669	1.3e-27	97.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GS71`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-4A	50.384%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94LW7`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-4B	50.111%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4K0J3`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-4C	43.362%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6YUL8`	水稻	Kinesin-like protein KIN-4A	50.497%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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