LXL04_006788 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006788

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 25162921-25165459 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2058 bp · LXL04_006788|LXL04_006788|OH1004|cDNA

ATGTGCGCCCTACCTAAACCCttccaccaccgccaccgccaccgccaccaccaccgccaccgccagCACTATCTATTGTCTTTCATTATCCTCCTCACCGCCACCGCCTCCGCCGTGGACCCGAAACCGGTTGAAGCACTAGTGCCCTCCGACGCCGTCGCGCTACTCAAATTCAAGCTACAAGCTGACATTGGAAACAAGCTCCTCTATGATCTTAACGAGCGGTTCGATTATTGTCAATGGCAAGGAGCGAAATGTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2058 bp · LXL04_006788|LXL04_006788|OH1004|CDS

ATGTGCGCCCTACCTAAACCCTTCCACCACCGCCACCGCCACCGCCACCACCACCGCCACCGCCAGCACTATCTATTGTCTTTCATTATCCTCCTCACCGCCACCGCCTCCGCCGTGGACCCGAAACCGGTTGAAGCACTAGTGCCCTCCGACGCCGTCGCGCTACTCAAATTCAAGCTACAAGCTGACATTGGAAACAAGCTCCTCTATGATCTTAACGAGCGGTTCGATTATTGTCAATGGCAAGGAGCGAAATGTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

685 aa · LXL04_006788|LXL04_006788|OH1004|PROTEIN

MCALPKPFHHRHRHRHHHRHRQHYLLSFIILLTATASAVDPKPVEALVPSDAVALLKFKLQADIGNKLLYDLNERFDYCQWQGAKCVQGRVVRFVLQGCGLSGVFADNTLTRLDQLRVLSLRNNSLSGAIPDLSALTNLKTLFLDHNAFSGKFPLPLVALHRLRSLDLARNNLSGPLPIELNSLDRLTYLRLEWNRFNGSLPPLNITALEVFNVSGNNLTGSVPVTPALSRFDISSYLLNPGLCGKILNKICSSNAPFFD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006788`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006788

位置 Chr02:25162921-25165459 (+)

描述 Similar to At5g67200: Probable inactive receptor kinase At5g67200

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67200`	可能为非活性受体激酶At5g67200。	暂无已核实直接文献
`At1g60630`	非活性富含亮氨酸重复的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g60630。	暂无已核实直接文献
`At1g68400`	可能的富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 At1g68400。	暂无已核实直接文献
`At1g48480`	可能的非活性受体激酶 At1g48480。	暂无已核实直接文献
`At3g17840`	可能不活跃的受体激酶 RLK902。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006788 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48480

ath:AT1G60630

ath:AT1G68400

ath:AT3G17840

ath:AT5G67200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.868

排名 1 · LXL04_006788 · OH-1004

内质网0.078

排名 2 · LXL04_006788 · OH-1004

细胞质0.076

排名 3 · LXL04_006788 · OH-1004

细胞核0.067

排名 4 · LXL04_006788 · OH-1004

溶酶体／液泡0.019

排名 5 · LXL04_006788 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12799.14LRR_4115-147 aa

PF13855.13LRR_8137-197 aa

PF00069.32Pkinase410-609 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr410-662 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006788	`PF12799.14`	LRR_4	115	147	2.7e-11	44.0
LXL04_006788	`PF13855.13`	LRR_8	137	197	3.9e-08	33.6
LXL04_006788	`PF00069.32`	Pkinase	410	609	8.7e-30	104.7
LXL04_006788	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	410	662	3.4e-29	102.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Y06`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At5g67200	57.805%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84MA9`	拟南芥	Inactive leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g60630	44.076%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M9C5`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g68400	38.213%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LP77`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At1g48480	33.590%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVI6`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase RLK902	33.078%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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