LXL04_006712 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006712

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 22724619-22726479 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1137 bp · LXL04_006712|LXL04_006712|OH1004|cDNA

ATGGGAAGCAGCTACGACGAAAGCCCAATGGTTGTCAAACAGGATGAACCAGTGCCTCCTCCGTTACCGGCTCCATCATCGACGACAACCGTACTGACACGACGGCCGGCGTGTAGACGGAGAATCTGCTGTGTCACCGCGGCCACGACGGAGATATGGGATAGTTTATTCGATGATGCTTATAGAGCAGATGTTTCGATTCATACAACTAGTAACGACGTCATCTACGCACATTCTAGCATCCTCGGACTGGCGTCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1137 bp · LXL04_006712|LXL04_006712|OH1004|CDS

ATGGGAAGCAGCTACGACGAAAGCCCAATGGTTGTCAAACAGGATGAACCAGTGCCTCCTCCGTTACCGGCTCCATCATCGACGACAACCGTACTGACACGACGGCCGGCGTGTAGACGGAGAATCTGCTGTGTCACCGCGGCCACGACGGAGATATGGGATAGTTTATTCGATGATGCTTATAGAGCAGATGTTTCGATTCATACAACTAGTAACGACGTCATCTACGCACATTCTAGCATCCTCGGACTGGCGTCGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

378 aa · LXL04_006712|LXL04_006712|OH1004|PROTEIN

MGSSYDESPMVVKQDEPVPPPLPAPSSTTTVLTRRPACRRRICCVTAATTEIWDSLFDDAYRADVSIHTTSNDVIYAHSSILGLASPVFRTMFKRMGKNKKQFKQFAVPIRGVPTEAVRVFVRFLYSSCYEENQMEEHILSLLVLSHSFVVPRLKRECESQLEHKFLNVDNAVDVFQLALLCDAPRLSIICHRLIIKNLKAVSLSDGWKSMKESHPILEKELLATVADEANREKEKEKKKKERKVYSDLYEAMEALVHIC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006712`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006712

位置 Chr02:22724619-22726479 (+)

描述 Similar to BT4: BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67480`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At4g37610`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g05690`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At5g63160`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At3g48360`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006712 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05690

ath:AT3G48360

ath:AT4G37610

ath:AT5G63160

ath:AT5G67480

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.504

排名 1 · LXL04_006712 · OH-1004

细胞质0.441

排名 2 · LXL04_006712 · OH-1004

细胞膜0.099

排名 3 · LXL04_006712 · OH-1004

内质网0.042

排名 4 · LXL04_006712 · OH-1004

溶酶体／液泡0.028

排名 5 · LXL04_006712 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00651.38BTB62-165 aa

PF02135.22zf-TAZ251-335 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006712	`PF00651.38`	BTB	62	165	2.6e-13	50.8
LXL04_006712	`PF02135.22`	zf-TAZ	251	335	2.1e-11	44.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJX5`	拟南芥	BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 4	56.510%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6EJ98`	拟南芥	BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 5	57.143%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SYL0`	拟南芥	BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 3	46.459%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FMK7`	拟南芥	BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 1	41.456%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94BN0`	拟南芥	BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 2	40.190%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情