LXL04_006692 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006692

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 22340834-22342580 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

555 bp · LXL04_006692|LXL04_006692|OH1004|cDNA

ATGGGtatatgggaagttttcctcAATTGGCTGCGAAGCCTATTCTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCTCTAATCGGGCTCCAAAATGCTGGCAAAACTTCACTCGTTAATGTTGTTGCTACTGGTGGATATAGCGAGGACATGATCCCTACAGTGGGATTTAATATGAGAAAAGTAACAAAAGGGAATGTGACAATAAAGCTGTGGGATCTTGGAGGTCAACCAAGATTTCGCAGCATGTGGGAAAGATACTGTCGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

555 bp · LXL04_006692|LXL04_006692|OH1004|CDS

ATGGGTATATGGGAAGTTTTCCTCAATTGGCTGCGAAGCCTATTCTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCTCTAATCGGGCTCCAAAATGCTGGCAAAACTTCACTCGTTAATGTTGTTGCTACTGGTGGATATAGCGAGGACATGATCCCTACAGTGGGATTTAATATGAGAAAAGTAACAAAAGGGAATGTGACAATAAAGCTGTGGGATCTTGGAGGTCAACCAAGATTTCGCAGCATGTGGGAAAGATACTGTCGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

184 aa · LXL04_006692|LXL04_006692|OH1004|PROTEIN

MGIWEVFLNWLRSLFFKQEMELSLIGLQNAGKTSLVNVVATGGYSEDMIPTVGFNMRKVTKGNVTIKLWDLGGQPRFRSMWERYCRAVSAIVYVVDAADQDNLSISKGELHDLLSKPALTGIPLLVLGNKIDKSGALSKQALTDQMDLKGIADREVCCFMISCKNSTNIDQVIDWLVKHSKSKT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006692`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006692

位置 Chr02:22340834-22342580 (-)

描述 Similar to ARL8A: ADP-ribosylation factor-like protein 8a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49870`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g67560`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g37680`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g49860`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006692 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49860

ath:AT3G49870

ath:AT5G37680

ath:AT5G67560

gga:421175

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.418

排名 1 · LXL04_006692 · OH-1004

高尔基体0.329

排名 2 · LXL04_006692 · OH-1004

内质网0.195

排名 3 · LXL04_006692 · OH-1004

溶酶体／液泡0.182

排名 4 · LXL04_006692 · OH-1004

细胞膜0.174

排名 5 · LXL04_006692 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf9-178 aa

PF08477.20Roc22-132 aa

PF09439.17SRPRB22-146 aa

PF00071.29Ras23-179 aa

PF01926.30MMR_HSR123-130 aa

PF04670.19Gtr1_RagA24-142 aa

PF00503.27G-alpha49-106 aa

PF00009.34GTP_EFTU56-180 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006692	`PF00025.28`	Arf	9	178	1.1e-45	156.0
LXL04_006692	`PF08477.20`	Roc	22	132	9.5e-16	58.8
LXL04_006692	`PF09439.17`	SRPRB	22	146	5.4e-07	29.9
LXL04_006692	`PF00071.29`	Ras	23	179	2.9e-17	63.4
LXL04_006692	`PF01926.30`	MMR_HSR1	23	130	4.8e-07	30.6
LXL04_006692	`PF04670.19`	Gtr1_RagA	24	142	3.9e-09	37.0
LXL04_006692	`PF00503.27`	G-alpha	49	106	5.3e-06	26.5
LXL04_006692	`PF00009.34`	GTP_EFTU	56	180	1e-05	25.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VY57`	拟南芥	ADP-ribosylation factor-like protein 8a	90.710%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93Y31`	拟南芥	ADP-ribosylation factor-like protein 8b	89.560%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W4C8`	拟南芥	ADP-ribosylation factor-like protein 8c	78.804%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4IZ82`	拟南芥	ADP-ribosylation factor-like protein 8d	78.916%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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