LXL04_006690 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006690

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 22329358-22334110 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2979 bp · LXL04_006690|LXL04_006690|OH1004|cDNA

atgtggacaagttcggaacgtttttacccaaatgtggacaagttcggaacgtttttacccaaatGTGGACAAGACGGCTCCGGATATTCGAAACCGCTACCTCTTCTTTTTCCGGTAGTGGTTGGGAACATCGCCGGAGACGCGCCGCCACCTTTAATACTGCGGCTGTTTCTGAGCTTCCGGCTGCATGAGTTTGAGAGGGAAATCGGCGGTGGGTCACGAGCCCGAGCTGGACTAAGGCCCAAGAAAAAAGGAAGGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2979 bp · LXL04_006690|LXL04_006690|OH1004|CDS

ATGTGGACAAGTTCGGAACGTTTTTACCCAAATGTGGACAAGTTCGGAACGTTTTTACCCAAATGTGGACAAGACGGCTCCGGATATTCGAAACCGCTACCTCTTCTTTTTCCGGTAGTGGTTGGGAACATCGCCGGAGACGCGCCGCCACCTTTAATACTGCGGCTGTTTCTGAGCTTCCGGCTGCATGAGTTTGAGAGGGAAATCGGCGGTGGGTCACGAGCCCGAGCTGGACTAAGGCCCAAGAAAAAAGGAAGGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

992 aa · LXL04_006690|LXL04_006690|OH1004|PROTEIN

MWTSSERFYPNVDKFGTFLPKCGQDGSGYSKPLPLLFPVVVGNIAGDAPPPLILRLFLSFRLHEFEREIGGGSRARAGLRPKKKGRLVTHRRFPSQTHAAASSETAAVSKVAARLRRCSHPLPEKEEVAVSNIQSRLVHIWPYKIFPSSLFRDELNFALMESLSLRVPPRPPLPSQHPDVEPIKHNLLKNGVIPTPKIIHTLRKKQLQKINRRRPPPNQTPEEEQIQDEEANFQTLKAEFKTFNRAIVKATKSKQDMDIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006690`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006690

位置 Chr02:22329358-22334110 (-)

描述 Similar to DG1: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g67570, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67570`	参与以SIGF依赖的方式调控早期叶绿体发育和叶绿体基因表达。	暂无已核实直接文献
`At1g30610`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At5g02860`	含五肽重复的蛋白 At5g02860。	暂无已核实直接文献
`At2g18940`	含五肽重复序列蛋白 At2g18940，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006690 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0042793 plastid transcription 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30610

ath:AT5G02860

ath:AT5G67570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.766

排名 1 · LXL04_006690 · OH-1004

线粒体0.114

排名 2 · LXL04_006690 · OH-1004

细胞核0.097

排名 3 · LXL04_006690 · OH-1004

细胞质0.026

排名 4 · LXL04_006690 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 5 · LXL04_006690 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long417-586 aa

PF13812.13PPR_3501-549 aa

PF13041.13PPR_2503-543 aa

PF13041.13PPR_2542-587 aa

PF13812.13PPR_3547-587 aa

PF01535.27PPR577-606 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006690	`PF17177.11`	PPR_long	417	586	2e-09	37.9
LXL04_006690	`PF13812.13`	PPR_3	501	549	7.7e-22	77.9
LXL04_006690	`PF13041.13`	PPR_2	503	543	1.6e-26	92.9
LXL04_006690	`PF13041.13`	PPR_2	542	587	1.6e-26	92.9
LXL04_006690	`PF13812.13`	PPR_3	547	587	7.7e-22	77.9
LXL04_006690	`PF01535.27`	PPR	577	606	1.1e-24	85.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJW6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g67570, chloroplastic	53.953%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SA76`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g30610, chloroplastic	38.185%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LYZ9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860	22.863%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O64624`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g18940, chloroplastic	22.833%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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