LXL04_006568 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006568

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 13550573-13552169 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

840 bp · LXL04_006568|LXL04_006568|OH1004|cDNA

ATGAACGTAAGTCAGTTCGACGGCGCCGCCGCCTTCTCAGGCGGTGGTTTCATGCCTTCTCAGACCACTCAGACTACGGACTCTGCTCCCGCTGCGTTTTCCAAGAAAACGGATACACATACGCTGATTCCTTTGACTGTGAAGCAAATAAACAATGCGTTACTGTCGAACGATGATAAAGTGAACTTTCTCATCGATGGCGTTGACGTAAACAATGTTAAGTTGATTGGGACGATAACGAACAAAGCTGAGAGGGTTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

840 bp · LXL04_006568|LXL04_006568|OH1004|CDS

ATGAACGTAAGTCAGTTCGACGGCGCCGCCGCCTTCTCAGGCGGTGGTTTCATGCCTTCTCAGACCACTCAGACTACGGACTCTGCTCCCGCTGCGTTTTCCAAGAAAACGGATACACATACGCTGATTCCTTTGACTGTGAAGCAAATAAACAATGCGTTACTGTCGAACGATGATAAAGTGAACTTTCTCATCGATGGCGTTGACGTAAACAATGTTAAGTTGATTGGGACGATAACGAACAAAGCTGAGAGGGTTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

279 aa · LXL04_006568|LXL04_006568|OH1004|PROTEIN

MNVSQFDGAAAFSGGGFMPSQTTQTTDSAPAAFSKKTDTHTLIPLTVKQINNALLSNDDKVNFLIDGVDVNNVKLIGTITNKAERVTDVSFAIDDGTGRIDCNRWMNEPIDTKEMDALAEGTYVRVHGQLKGFQGKKQLVVFGIKPVVDFDEITHHFVECIYVHSYNTKLLKQQASTSNGNQYQVPPSSINAQAYQTAPPNQFAGQYVADGLTGVDKLVLNYLQQPASLAREGGIHQDELAQQLKIPKETIMMAIEGLVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006568`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006568

位置 Chr02:13550573-13552169 (+)

描述 Similar to RPA2B: Replication protein A 32 kDa subunit B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02920`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At2g24490`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物的组成部分。	ROR1/RPA2A, a putative replication protein A2, functions in epigenetic gene silencing and in regulation of meristem development in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.037507

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0633400`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献
`Os02g0829100`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献
`Os06g0693300`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006568 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005662 DNA replication factor A complex 细胞组分

GO:0035861 site of double-strand break 细胞组分

GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能

GO:0042162 telomeric DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24490

ath:AT3G02920

dosa:Os02g0633400

dosa:Os02g0829100

dosa:Os06g0693300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.956

排名 1 · LXL04_006568 · OH-1004

细胞质0.237

排名 2 · LXL04_006568 · OH-1004

线粒体0.016

排名 3 · LXL04_006568 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 4 · LXL04_006568 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_006568 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01336.32tRNA_anti-codon73-146 aa

PF08784.18RPA_C171-270 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006568	`PF01336.32`	tRNA_anti-codon	73	146	4e-08	33.8
LXL04_006568	`PF08784.18`	RPA_C	171	270	1.5e-15	58.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LFJ8`	拟南芥	Replication protein A 32 kDa subunit B	47.687%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZQ19`	拟南芥	Replication protein A 32 kDa subunit A	42.647%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6H7J5`	水稻	Replication protein A 32 kDa subunit B	42.294%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6K9U2`	水稻	Replication protein A 32 kDa subunit A	37.457%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5Z8L1`	水稻	Replication protein A 32 kDa subunit C	33.962%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情