LXL04_006567 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006567

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 13536498-13538760 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

960 bp · LXL04_006567|LXL04_006567|OH1004|cDNA

ATGGAGGCGAAGCTACTCAAAGTCCCCTTTTCCCCTGCCATCTCCGCCACTTCTTTATCTAAATCCTGTAGACCAATTACTCCATTTCGTCCTCCAATGTGGAAAAACTGGAGCTTGCAGTTGCAGACACCCAATTTAGGGGTTTCGAAGAATGGCATTCAATCCGTTCAAGCATCCGCGACTTCATCTGGATCGAAAAACGAGACACGAATTGACGAAAGTGAGATCTATACTCTCGATGGTATAAGAAGCTCGTTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

960 bp · LXL04_006567|LXL04_006567|OH1004|CDS

ATGGAGGCGAAGCTACTCAAAGTCCCCTTTTCCCCTGCCATCTCCGCCACTTCTTTATCTAAATCCTGTAGACCAATTACTCCATTTCGTCCTCCAATGTGGAAAAACTGGAGCTTGCAGTTGCAGACACCCAATTTAGGGGTTTCGAAGAATGGCATTCAATCCGTTCAAGCATCCGCGACTTCATCTGGATCGAAAAACGAGACACGAATTGACGAAAGTGAGATCTATACTCTCGATGGTATAAGAAGCTCGTTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

319 aa · LXL04_006567|LXL04_006567|OH1004|PROTEIN

MEAKLLKVPFSPAISATSLSKSCRPITPFRPPMWKNWSLQLQTPNLGVSKNGIQSVQASATSSGSKNETRIDESEIYTLDGIRSSLIRQEDSIIFSLVERAQFCYNEDTYDPNAFFMDGFQGSLVEFMVKETEKIYSQVGRYKSPDEHPFFPNDLPDPMLPPLQYPQVLHSCANGININHKIWDIYFKDLLPRLVKEGNDGNCGSAATCDSTCLQALSKRIHYGKFVAEAKFRASPSDYEAAIKSQDKKKLMDLLTYPEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006567`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006567

位置 Chr02:13536498-13538760 (+)

描述 Similar to CM1: Chorismate mutase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g29200`	可能在叶绿体生物合成中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g69370`	可能在叶绿体生物合成中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g10870`	菜品互变酶 2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006567 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000162 L-tryptophan biosynthetic process 生物过程

GO:0008652 amino acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009073 aromatic amino acid family biosynthetic process 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046417 chorismate metabolic process 生物过程

GO:1901747 prephenate(2-) biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69370

ath:AT3G29200

ath:AT5G10870

zma:100272431

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.957

排名 1 · LXL04_006567 · OH-1004

线粒体0.069

排名 2 · LXL04_006567 · OH-1004

细胞质0.026

排名 3 · LXL04_006567 · OH-1004

细胞核0.021

排名 4 · LXL04_006567 · OH-1004

细胞膜0.015

排名 5 · LXL04_006567 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01817.27CM_2206-310 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006567	`PF01817.27`	CM_2	206	310	1e-11	45.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P42738`	拟南芥	Chorismate mutase 1, chloroplastic	64.238%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C544`	拟南芥	Chorismate mutase 3, chloroplastic	60.856%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S7H4`	拟南芥	Chorismate mutase 2	54.762%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情