LXL04_006522 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006522

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 12765270-12766315 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

939 bp · LXL04_006522|LXL04_006522|OH1004|cDNA

ATGGCGAGTACTCGAGATTCAAGCTATTCAAGGGATTTGTTGCAGAGATTTACATGCGGCGGAGGAGGGAATCGTAATCCGGTGAAACCAAAAGAGGAAGCTCATGGACCACCGGGAAACGTAGAGCTGAGTTTAGGGTTGTCGTTAAACGGTAATTTTGGGGTGGAACCAGAAAGAACGGCGGTTAATGACGGGAATATCGATAGAAAGCTATTTCGTGCTTCTTCGGTGAACGATTTCGTGAAGTTTTCGGTGGATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · LXL04_006522|LXL04_006522|OH1004|CDS

ATGGCGAGTACTCGAGATTCAAGCTATTCAAGGGATTTGTTGCAGAGATTTACATGCGGCGGAGGAGGGAATCGTAATCCGGTGAAACCAAAAGAGGAAGCTCATGGACCACCGGGAAACGTAGAGCTGAGTTTAGGGTTGTCGTTAAACGGTAATTTTGGGGTGGAACCAGAAAGAACGGCGGTTAATGACGGGAATATCGATAGAAAGCTATTTCGTGCTTCTTCGGTGAACGATTTCGTGAAGTTTTCGGTGGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · LXL04_006522|LXL04_006522|OH1004|PROTEIN

MASTRDSSYSRDLLQRFTCGGGGNRNPVKPKEEAHGPPGNVELSLGLSLNGNFGVEPERTAVNDGNIDRKLFRASSVNDFVKFSVDVELSLYSPLTRTCSLPVETEAEWRKKKELQSLRRSEAKRKRVEKLKNVRVVKTKTVEDWDRNRSNSVKDGQLSEVGLKQSPPSSSTPSSPSPALQFTSQGSIGSQGSGGSSGVSDLDSQPFQGTNTKSQSQGRSESNKVDRTPKSNPRDGAWPDVQSMPCVSTKVEGSDGKKIQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006522`
TK1151 ID	TkA03G045070
OH-1004 ID	LXL04_006522
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006522

位置 Chr02:12765270-12766315 (+)

描述 Similar to AFP2: Ninja-family protein AFP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13740`	通过泛素介导的 ABI5/DPBF1 蛋白水解作用，在发芽过程中充当脱落酸反应的负调节剂。	A small plant-specific protein family of ABI five binding proteins (AFPs) regulates stress response in germinating Arabidopsis seeds and seedlings.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9344-2
`At1g69260`	在萌发过程中通过对 ABI5/DPBF1 的泛素介导蛋白水解，作为脱落酸（ABA）反应的负调控因子。	暂无已核实直接文献
`At3g29575`	作为脱落酸（ABA）反应和胁迫反应的负调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006522 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13740

ath:AT1G69260

ath:AT3G29575

zma:100283969

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.970

排名 1 · LXL04_006522 · OH-1004

细胞质0.095

排名 2 · LXL04_006522 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 3 · LXL04_006522 · OH-1004

内质网0.019

排名 4 · LXL04_006522 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_006522 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07897.17EAR41-78 aa

PF16136.11NLS_NINJA_AFP95-131 aa

PF16135.11TDBD273-305 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006522	`PF07897.17`	EAR	41	78	2.9e-08	33.9
LXL04_006522	`PF16136.11`	NLS_NINJA_AFP	95	131	8.3e-17	61.3
LXL04_006522	`PF16135.11`	TDBD	273	305	9.1e-08	32.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LMX5`	拟南芥	Ninja-family protein AFP2	40.244%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LQ98`	拟南芥	Ninja-family protein AFP1	33.721%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94F39`	拟南芥	Ninja-family protein AFP3	39.483%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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