LXL04_006051 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006051

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 1093231-1093659 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

429 bp · LXL04_006051|LXL04_006051|OH1004|cDNA

ATGGACAAAGAACAGCAATACAGACGTGTATTCAGACATCTAGACAAGAATGGTGACGGGAAGATATCAGCATCTGAGCTTCAAATTTGCATCGGGAAGATAGGTGAAGAGTTGTCAATGGAGGAGGCGGAGATTGTGGCTGAGTTAATTGACTCAGATGGCGATGGTTTATTGAGCTTTGAGGATTTGGTTAGTGTGGTGGAAAGTgcaaatgaagaagaaaaggtgAATGATTTGAAGATGGCGTTTAGAATGTATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

429 bp · LXL04_006051|LXL04_006051|OH1004|CDS

ATGGACAAAGAACAGCAATACAGACGTGTATTCAGACATCTAGACAAGAATGGTGACGGGAAGATATCAGCATCTGAGCTTCAAATTTGCATCGGGAAGATAGGTGAAGAGTTGTCAATGGAGGAGGCGGAGATTGTGGCTGAGTTAATTGACTCAGATGGCGATGGTTTATTGAGCTTTGAGGATTTGGTTAGTGTGGTGGAAAGTGCAAATGAAGAAGAAAAGGTGAATGATTTGAAGATGGCGTTTAGAATGTATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

142 aa · LXL04_006051|LXL04_006051|OH1004|PROTEIN

MDKEQQYRRVFRHLDKNGDGKISASELQICIGKIGEELSMEEAEIVAELIDSDGDGLLSFEDLVSVVESANEEEKVNDLKMAFRMYEEVEGCGCITPKSLRRMLSKLGESRTVEECKLMIAKFDLDDNGILDFYEFQDMMLT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006051`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006051

位置 Chr02:1093231-1093659 (-)

描述 Similar to CML41: Probable calcium-binding protein CML41

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50770`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g76650`	潜在的钙感受器，能够体外结合钙。	Developmental and stimulus-induced expression patterns of Arabidopsis calmodulin-like genes CML37, CML38 and CML39.2007 · DOI: 10.1007/s11103-007-9189-0
`At1g76640`	潜在的钙感受器，能够体外结合钙。	Developmental and stimulus-induced expression patterns of Arabidopsis calmodulin-like genes CML37, CML38 and CML39.2007 · DOI: 10.1007/s11103-007-9189-0

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0955500`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os01g0955100`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006051 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0033198 response to ATP 生物过程

GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:1900459 positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005102 signaling receptor binding 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76640

ath:AT1G76650

ath:AT3G50770

dosa:Os01g0955100

osa:107277351

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.644

排名 1 · LXL04_006051 · OH-1004

细胞核0.370

排名 2 · LXL04_006051 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 3 · LXL04_006051 · OH-1004

内质网0.065

排名 4 · LXL04_006051 · OH-1004

质体0.042

排名 5 · LXL04_006051 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499.13EF-hand_75-66 aa

PF13405.13EF-hand_67-34 aa

PF00036.39EF-hand_18-31 aa

PF13202.13EF-hand_510-28 aa

PF21008.4AIF-173-141 aa

PF13499.13EF-hand_777-140 aa

PF13833.13EF-hand_893-140 aa

PF00036.39EF-hand_1115-140 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006051	`PF13499.13`	EF-hand_7	5	66	1.1e-25	90.5
LXL04_006051	`PF13405.13`	EF-hand_6	7	34	4.7e-21	73.2
LXL04_006051	`PF00036.39`	EF-hand_1	8	31	1.6e-19	68.6
LXL04_006051	`PF13202.13`	EF-hand_5	10	28	8.5e-13	47.9
LXL04_006051	`PF21008.4`	AIF-1	73	141	2.8e-07	31.6
LXL04_006051	`PF13499.13`	EF-hand_7	77	140	1.1e-25	90.5
LXL04_006051	`PF13833.13`	EF-hand_8	93	140	2e-16	60.2
LXL04_006051	`PF00036.39`	EF-hand_1	115	140	1.6e-19	68.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L3R2`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML41	48.592%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SRE6`	拟南芥	Calcium-binding protein CML38	49.640%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SRE7`	拟南芥	Calcium-binding protein CML39	45.775%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RYJ8`	水稻	Putative calcium-binding protein CML19	50.360%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RYK0`	水稻	Probable calcium-binding protein CML31	47.059%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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