基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_006023
当前版本: OH-1004
染色体: Chr02
坐标: 511838-518474
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA3147 bp · LXL04_006023|LXL04_006023|OH1004|cDNA
ATGCCGCGCCGGCGAGACGAGTATGAAGAAGACGTGGACGAGGATCAGGATGACGCGATTGACGACGACGACGATGAGGATTATGGCAGTAGCCGTGGAGGCGGTGGAGGAAGCGACCGTAAGAGGAGGAGATCTGATTTTATTGATGATGTTGCcgaggaagatgaagatgaagaggaGGAGTACGACGAATATGATGAAGATtatggtggcggcggtggtgcgcGTCGTCGAGGAGGGAAAGCATCAAAAAAAGCATC...
CDS
下载 CDS FASTA3147 bp · LXL04_006023|LXL04_006023|OH1004|CDS
ATGCCGCGCCGGCGAGACGAGTATGAAGAAGACGTGGACGAGGATCAGGATGACGCGATTGACGACGACGACGATGAGGATTATGGCAGTAGCCGTGGAGGCGGTGGAGGAAGCGACCGTAAGAGGAGGAGATCTGATTTTATTGATGATGTTGCCGAGGAAGATGAAGATGAAGAGGAGGAGTACGACGAATATGATGAAGATTATGGTGGCGGCGGTGGTGCGCGTCGTCGAGGAGGGAAAGCATCAAAAAAAGCATC...
1048 aa · LXL04_006023|LXL04_006023|OH1004|PROTEIN
MPRRRDEYEEDVDEDQDDAIDDDDDEDYGSSRGGGGGSDRKRRRSDFIDDVAEEDEDEEEEYDEYDEDYGGGGGARRRGGKASKKASGAGFFELEADVDTDAEEDEEEDGEDDFIVNERVDPHEEEDARRMHHRPLLSREDEQEDVEALERIIQERFARNRTEYDDDDATEVEQQALLPSVRDPKLWMVKCAIGHEREVAVCLMQKCIDRSSELQIRSAIALDHLKNYIYIEADKEAHVKEACKGMRNIYTGSKILLVPI...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_006023 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA03G001870 |
| OH-1004 ID | LXL04_006023 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Strict |
| 蛋白一致性 (%) | 99.900 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_006023 |
|---|---|
| 位置 | Chr02:511838-518474 (+) |
| 描述 | Similar to At4g08350: Putative transcription elongation factor SPT5 homolog 1 |
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 | |
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · |
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006412 translation 生物过程 GO:0016239 positive regulation of macroautophagy 生物过程 GO:0032784 regulation of DNA-templated transcription elongation 生物过程 GO:0032785 negative regulation of DNA-templated transcription, elongation 生物过程 GO:0032786 positive regulation of DNA-templated transcription, elongation 生物过程 GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0034243 regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0160239 transcription pausing by RNA polymerase II 生物过程 |
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G34210 ath:AT4G08350 gga:426493 hsa:6829 mmu:20924 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.964
细胞质0.123
细胞膜0.014
线粒体0.011
内质网0.009
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF11942.14Spt5_N91-179 aaPF03439.19Spt5-NGN185-267 aaPF23042.3KOW1_SPT5276-402 aaPF23284.3KOW2_Spt5430-479 aaPF23037.2KOWx_SPT5538-589 aaPF23291.2KOW4_SPT5596-650 aaPF00467.36KOW606-629 aaPF23290.2KOW5_SPT5710-753 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_006023 | PF11942.14 | Spt5_N | 91 | 179 | 6.5e-12 | 47.0 |
| LXL04_006023 | PF03439.19 | Spt5-NGN | 185 | 267 | 4.9e-27 | 94.4 |
| LXL04_006023 | PF23042.3 | KOW1_SPT5 | 276 | 402 | 2.3e-33 | 116.2 |
| LXL04_006023 | PF23284.3 | KOW2_Spt5 | 430 | 479 | 6.6e-25 | 87.4 |
| LXL04_006023 | PF23037.2 | KOWx_SPT5 | 538 | 589 | 9.2e-18 | 64.3 |
| LXL04_006023 | PF23291.2 | KOW4_SPT5 | 596 | 650 | 3.4e-27 | 94.8 |
| LXL04_006023 | PF00467.36 | KOW | 606 | 629 | 8e-21 | 73.7 |
| LXL04_006023 | PF23290.2 | KOW5_SPT5 | 710 | 753 | 2e-16 | 59.9 |
| LXL04_006023 | PF23038.2 | KOW6_SPT51-2 | 940 | 990 | 3.3e-26 | 91.3 |
| LXL04_006023 | PF23287.2 | KOW7_SPT5 | 992 | 1043 | 7.3e-24 | 84.1 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。