LXL04_005989 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005989

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 176696355-176698050 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

726 bp · LXL04_005989|LXL04_005989|OH1004|cDNA

ATGAGTACAGGAGAGCTTCTCAACGTCGAGCCTTTAGAGCTCAAATTTCCATTTGAATTGAAGAAACAGATCTCTTGCTCGCTTCTGTTATTGAATAAAACCGATAACCATGTAGCTTTCAAGGTGAAGACAACAAATCCAAAGAAGTATTGCGTTCGGCCTAATACTGGAGTAGTTATGCCTCGATCAACATGTGACGTAATAGTAACAATGCAGGCACAGAAGGAAGCTCCTCCAGACATGGTCTGCAAGGACAAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

726 bp · LXL04_005989|LXL04_005989|OH1004|CDS

ATGAGTACAGGAGAGCTTCTCAACGTCGAGCCTTTAGAGCTCAAATTTCCATTTGAATTGAAGAAACAGATCTCTTGCTCGCTTCTGTTATTGAATAAAACCGATAACCATGTAGCTTTCAAGGTGAAGACAACAAATCCAAAGAAGTATTGCGTTCGGCCTAATACTGGAGTAGTTATGCCTCGATCAACATGTGACGTAATAGTAACAATGCAGGCACAGAAGGAAGCTCCTCCAGACATGGTCTGCAAGGACAAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

241 aa · LXL04_005989|LXL04_005989|OH1004|PROTEIN

MSTGELLNVEPLELKFPFELKKQISCSLLLLNKTDNHVAFKVKTTNPKKYCVRPNTGVVMPRSTCDVIVTMQAQKEAPPDMVCKDKFLLQSVVATPGAAAKDITPEMFSKQSGRVVEECKLKVIYLPPPQPPSPVLEEPDEGAPSPKVSFTDNRTTNISSTSEVSRQYADSHDNSAQVRSLISKLTDEKNAAVQQSKKIRQEMELLTRGGNNKSQGGGGASIIIVIIIALIGLVTGYLLNN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005989`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005989

位置 Chr01:176696355-176698050 (-)

描述 Similar to PVA11: Vesicle-associated protein 1-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g60600`	是膜-细胞骨架适配器复合物的一部分，该复合物在内质网和质膜之间形成桥梁。	暂无已核实直接文献
`At2g45140`	囊泡相关蛋白，与氧甾醇结合蛋白 ORP3A 结合并允许其靶向 ER。	The targeting of the oxysterol-binding protein ORP3a to the endoplasmic reticulum relies on the plant VAP33 homolog PVA12.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03815.x
`At4g00170`	可能在囊泡运输中起作用。	暂无已核实直接文献
`At5g47180`	可能在囊泡运输中起作用。	暂无已核实直接文献
`At2g23830`	可能在囊泡运输中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005989 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0061817 endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering 生物过程

GO:0090158 endoplasmic reticulum membrane organization 生物过程

GO:0000326 protein storage vacuole 细胞组分

GO:0005776 autophagosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0032586 protein storage vacuole membrane 细胞组分

GO:0043495 protein-membrane adaptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G23830

ath:AT2G45140

ath:AT3G60600

ath:AT4G00170

ath:AT5G47180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.582

排名 1 · LXL04_005989 · OH-1004

高尔基体0.276

排名 2 · LXL04_005989 · OH-1004

细胞膜0.135

排名 3 · LXL04_005989 · OH-1004

细胞质0.135

排名 4 · LXL04_005989 · OH-1004

细胞核0.120

排名 5 · LXL04_005989 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00635.33Motile_Sperm7-111 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005989	`PF00635.33`	Motile_Sperm	7	111	2.5e-30	105.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZ95`	拟南芥	Vesicle-associated protein 1-1	61.187%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SHC8`	拟南芥	Vesicle-associated protein 1-2	59.259%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84WW5`	拟南芥	Vesicle-associated protein 1-3	53.942%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LVU1`	拟南芥	Vesicle-associated protein 2-1	41.102%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82213`	拟南芥	Vesicle-associated protein 3-1	66.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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