LXL04_005843 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005843

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 174410470-174424237 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

9090 bp · LXL04_005843|LXL04_005843|OH1004|cDNA

ATGGGTCGGATTTCGATTTTGATTTACACTATCTTCTATGTTTCAATAGCAAATTCTATTCAGCTTGATAATACCAAAACCTTCATAGTCAGGATTCAAAACGACTTGAAACCATCTGTTTTCACCGATGTAGAACATTGGTATAAGGCAACTCTTGGAAGCTTGAATTCAAGAAAGTCGGATTACAACAAATTCAACACCATCGAAGATAACCAAGACTTTCTTCATGTCTACAAGACTGTTTTCCATGGCTTTTCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

9090 bp · LXL04_005843|LXL04_005843|OH1004|CDS

ATGGGTCGGATTTCGATTTTGATTTACACTATCTTCTATGTTTCAATAGCAAATTCTATTCAGCTTGATAATACCAAAACCTTCATAGTCAGGATTCAAAACGACTTGAAACCATCTGTTTTCACCGATGTAGAACATTGGTATAAGGCAACTCTTGGAAGCTTGAATTCAAGAAAGTCGGATTACAACAAATTCAACACCATCGAAGATAACCAAGACTTTCTTCATGTCTACAAGACTGTTTTCCATGGCTTTTCAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3029 aa · LXL04_005843|LXL04_005843|OH1004|PROTEIN

MGRISILIYTIFYVSIANSIQLDNTKTFIVRIQNDLKPSVFTDVEHWYKATLGSLNSRKSDYNKFNTIEDNQDFLHVYKTVFHGFSTRLSPQEAQELETHPSVMAVLPDETLKLHTTRSIQFLGLDSNEPNTLLKESDYGSNAIIGILDTGISPESSSFHDQDLGPIPSDWKGECMEGEHFTKNLCNKKIIGARYFTAGYDASIGETNGSTQIKSSRDTDGHGTHTASTAAGRVVSNASLFGYAQGVAVGVAPKARIAVY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005843`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_005843`
位置	Chr01:174410470-174424237 (-)
描述	Similar to SBT: Subtilisin-like protease
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005843` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程 GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程 GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程 GO:0005615 extracellular space 细胞组分 GO:0048046 apoplast 细胞组分 GO:0004252 serine-type endopeptidase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.244

排名 1 · LXL04_005843 · OH-1004

细胞外0.205

排名 2 · LXL04_005843 · OH-1004

内质网0.190

排名 3 · LXL04_005843 · OH-1004

细胞质0.177

排名 4 · LXL04_005843 · OH-1004

细胞膜0.110

排名 5 · LXL04_005843 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05922.22Inhibitor_I927-115 aa

PF00082.28Peptidase_S8140-594 aa

PF02225.28PA392-473 aa

PF17766.8fn3_6673-763 aa

PF14244.13Retrotran_gag_3755-786 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2765-939 aa

PF22936.2Pol_BBD1227-1300 aa

PF13976.12gag_pre-integrs1332-1397 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005843	`PF05922.22`	Inhibitor_I9	27	115	3.1e-28	99.0
LXL04_005843	`PF00082.28`	Peptidase_S8	140	594	4.4e-96	322.3
LXL04_005843	`PF02225.28`	PA	392	473	7.3e-23	81.2
LXL04_005843	`PF17766.8`	fn3_6	673	763	1.5e-40	138.1
LXL04_005843	`PF14244.13`	Retrotran_gag_3	755	786	5.8e-12	45.9
LXL04_005843	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	765	939	1.4e-11	45.1
LXL04_005843	`PF22936.2`	Pol_BBD	1227	1300	5.9e-20	72.1
LXL04_005843	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	1332	1397	5.5e-13	49.2
LXL04_005843	`PF00665.33`	rve	1411	1508	7.3e-10	39.7
LXL04_005843	`PF25597.2`	SH3_retrovirus	1582	1644	1.8e-19	70.0
LXL04_005843	`PF07727.20`	RVT_2	1795	1886	1.3e-36	127.2
LXL04_005843	`PF07727.20`	RVT_2	1911	1979	1.3e-36	127.2
LXL04_005843	`PF05922.22`	Inhibitor_I9	2238	2319	3.1e-28	99.0
LXL04_005843	`PF00082.28`	Peptidase_S8	2342	2770	4.4e-96	322.3
LXL04_005843	`PF02225.28`	PA	2563	2649	7.3e-23	81.2
LXL04_005843	`PF17766.8`	fn3_6	2843	2933	1.5e-40	138.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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