LXL04_005796 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005796

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 173541069-173542185 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

447 bp · LXL04_005796|LXL04_005796|OH1004|cDNA

ATGGCTTCGAAGCGGATCTTGAAAGAACTCAAGGATCTTCAGAAAGATCCTCCTACCTCTTGCAGCGCAGGCCCAGTGGCAGAAGACATGTTTCACTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCTCCTGACAGTCCTTATGCTGGTGGAGTCTTTCTAGTCACCATTCATTTCCCTCCAGATTATCCATTCAAGCCACCAAAGGTAGCTTTCAGGACAAAGGTCTTCCACCCAAACATCAACAGCAATGGTAGCATCTGTCTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

447 bp · LXL04_005796|LXL04_005796|OH1004|CDS

ATGGCTTCGAAGCGGATCTTGAAAGAACTCAAGGATCTTCAGAAAGATCCTCCTACCTCTTGCAGCGCAGGCCCAGTGGCAGAAGACATGTTTCACTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCTCCTGACAGTCCTTATGCTGGTGGAGTCTTTCTAGTCACCATTCATTTCCCTCCAGATTATCCATTCAAGCCACCAAAGGTAGCTTTCAGGACAAAGGTCTTCCACCCAAACATCAACAGCAATGGTAGCATCTGTCTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

148 aa · LXL04_005796|LXL04_005796|OH1004|PROTEIN

MASKRILKELKDLQKDPPTSCSAGPVAEDMFHWQATIMGPPDSPYAGGVFLVTIHFPPDYPFKPPKVAFRTKVFHPNINSNGSICLDILKEQWSPALTISKVLLSICSLLTDPNPDDPLVPEIAHMYKTDRNKYETTARSWTQKYAMG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005796`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005796

位置 Chr01:173541069-173542185 (-)

描述 Similar to UBC10: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g53300`	接受 E1 复合物中的泛素并催化其与其他蛋白质的共价连接。	暂无已核实直接文献
`At4g27960`	从E1复合物接受类泛素蛋白SUMO/SMT3并催化其共价附加到其他蛋白上。	暂无已核实直接文献
`At1g64230`	接受 E1 复合物中的泛素并催化其与其他蛋白质的共价连接。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0261100`	E2 结合酶与 E3 泛素蛋白连接酶 EL5 结合以介导靶蛋白的泛素化。	EL5, a rice N-acetylchitooligosaccharide elicitor-responsive RING-H2 finger protein, is a ubiquitin ligase which functions in vitro in co-operation with an elicitor-responsive ubiquitin-conjugating enzyme, OsUBC5b.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01299.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005796 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0031625 ubiquitin protein ligase binding 分子功能

GO:0061631 ubiquitin conjugating enzyme activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64230

ath:AT4G27960

ath:AT5G53300

dosa:Os02g0261100

sly:100301932

sly:101249087

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.593

排名 1 · LXL04_005796 · OH-1004

细胞核0.549

排名 2 · LXL04_005796 · OH-1004

细胞膜0.096

排名 3 · LXL04_005796 · OH-1004

线粒体0.083

排名 4 · LXL04_005796 · OH-1004

内质网0.072

排名 5 · LXL04_005796 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00179.32UQ_con5-141 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005796	`PF00179.32`	UQ_con	5	141	3.7e-55	186.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P35133`	拟南芥	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 10	97.297%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P35132`	拟南芥	SUMO-conjugating enzyme UBC9	96.622%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94F47`	拟南芥	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 28	96.622%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S919`	水稻	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 5B	95.946%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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