LXL04_005756 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005756

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 172751287-172759756 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3786 bp · LXL04_005756|LXL04_005756|OH1004|cDNA

ATGGAGAATTTTACGAGGATGGGAGCTGGAGCTCTTCTGTTTATGCTTATAGCGATTGTACCTATGGCTTTAGGACGTGGACATGATTATGGCCAGGCACTTTCCAAGAGCATTCTGTTCTTTGAAGCTCAGAGATCTGGTTACCTTCCTGGTAATCAAAGAGTGAAATGGAGAGGAAACTCTGGTCTCCTTGACGGAAAAGCCAGTGGGGTGGATCTGGTTGGAGGATACTACGATGCAGGGGATAATGTGAAGTTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3786 bp · LXL04_005756|LXL04_005756|OH1004|CDS

ATGGAGAATTTTACGAGGATGGGAGCTGGAGCTCTTCTGTTTATGCTTATAGCGATTGTACCTATGGCTTTAGGACGTGGACATGATTATGGCCAGGCACTTTCCAAGAGCATTCTGTTCTTTGAAGCTCAGAGATCTGGTTACCTTCCTGGTAATCAAAGAGTGAAATGGAGAGGAAACTCTGGTCTCCTTGACGGAAAAGCCAGTGGGGTGGATCTGGTTGGAGGATACTACGATGCAGGGGATAATGTGAAGTTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1261 aa · LXL04_005756|LXL04_005756|OH1004|PROTEIN

MENFTRMGAGALLFMLIAIVPMALGRGHDYGQALSKSILFFEAQRSGYLPGNQRVKWRGNSGLLDGKASGVDLVGGYYDAGDNVKFGLPMAFTVTMMSWSILEYGSQMSASGELGHAMDAVKWGSDYLIKAHPQPHVLYGEVGDGNTDHYCWQRPEDMTTSRSAYRIDQNNPGSDLAGETASAMAAASIVFRRANPAYSRELLTHAHQLFDFADKYRGKYDSSISVAQKYYRSVSGYADELLWAAAWLYKATNQEYYLNY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005756`
TK1151 ID	TkA01G018950
OH-1004 ID	LXL04_005756
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	86.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.524 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005756

位置 Chr01:172751287-172759756 (-)

描述 Similar to At1g64390: Endoglucanase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64390`	内β-葡聚糖酶6。	暂无已核实直接文献
`At4g11050`	内切葡聚糖酶 19。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0220100`	水解1,4-β-葡聚糖和1,3-1,4-β-葡聚糖的1,4-β-糖苷键。	暂无已核实直接文献
`Os05g0212300`	内切葡聚糖酶 15。	暂无已核实直接文献
`Os01g0219600`	内切葡聚糖酶1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005756 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0030245 cellulose catabolic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0008810 cellulase activity 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64390

ath:AT4G11050

dosa:Os01g0219600

dosa:Os01g0220100

dosa:Os05g0212300

osa:4324641

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.266

排名 1 · LXL04_005756 · OH-1004

细胞外0.184

排名 2 · LXL04_005756 · OH-1004

内质网0.123

排名 3 · LXL04_005756 · OH-1004

细胞质0.107

排名 4 · LXL04_005756 · OH-1004

溶酶体／液泡0.100

排名 5 · LXL04_005756 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00759.26Glyco_hydro_930-489 aa

PF09478.17CBM49546-625 aa

PF23598.2LRR_14762-1053 aa

PF29594.1LRR_SKP2810-949 aa

PF25372.2LRR_FBXL15829-889 aa

PF12799.14LRR_4966-1001 aa

PF12799.14LRR_41013-1052 aa

PF13855.13LRR_81115-1172 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005756	`PF00759.26`	Glyco_hydro_9	30	489	4.8e-167	557.4
LXL04_005756	`PF09478.17`	CBM49	546	625	1.9e-26	92.9
LXL04_005756	`PF23598.2`	LRR_14	762	1053	1.9e-11	44.1
LXL04_005756	`PF29594.1`	LRR_SKP2	810	949	2.2e-16	60.6
LXL04_005756	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	829	889	8.1e-10	38.4
LXL04_005756	`PF12799.14`	LRR_4	966	1001	1.7e-20	73.3
LXL04_005756	`PF12799.14`	LRR_4	1013	1052	1.7e-20	73.3
LXL04_005756	`PF13855.13`	LRR_8	1115	1172	3.7e-15	56.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42059`	拟南芥	Endoglucanase 6	72.969%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8L7I0`	拟南芥	Endoglucanase 19	72.104%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5NAT0`	水稻	Endoglucanase 2	62.047%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6L4I2`	水稻	Endoglucanase 15	61.852%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5NAT8`	水稻	Endoglucanase 1	60.863%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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