LXL04_005710 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005710

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 171360156-171362944 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1440 bp · LXL04_005710|LXL04_005710|OH1004|cDNA

ATGCCGTCAATCGGCGGCGTTAGATCGTCACCTGAGAAACGGCGGCTGAGATCTAATTCAGATTTGATGGATGATACAGTTATCAGTACTCCATCCAAGCCATGCTCCCCGCTGAAAACCAAATCTCCTCGTCGTTGTTGCGATGACAGTCCCAACAGAAGGCGAACAAATGTGAATGAAACAGTTGCTATTGATAATATACCTAAAATGAGGAAATCCCCAAAGAAAAAACCGATCTGGAATCCAACAGATTCGGAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1440 bp · LXL04_005710|LXL04_005710|OH1004|CDS

ATGCCGTCAATCGGCGGCGTTAGATCGTCACCTGAGAAACGGCGGCTGAGATCTAATTCAGATTTGATGGATGATACAGTTATCAGTACTCCATCCAAGCCATGCTCCCCGCTGAAAACCAAATCTCCTCGTCGTTGTTGCGATGACAGTCCCAACAGAAGGCGAACAAATGTGAATGAAACAGTTGCTATTGATAATATACCTAAAATGAGGAAATCCCCAAAGAAAAAACCGATCTGGAATCCAACAGATTCGGAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

479 aa · LXL04_005710|LXL04_005710|OH1004|PROTEIN

MPSIGGVRSSPEKRRLRSNSDLMDDTVISTPSKPCSPLKTKSPRRCCDDSPNRRRTNVNETVAIDNIPKMRKSPKKKPIWNPTDSEQLSAVKEALHVSTAPSMPVCREVEQKRIVEFCRQCVEQDKAGSLYVCGCPGTGKSLSMENVNKSLAVWAKETGGELPQVLTINCTSLSTTSEIFNKILENSQPHKKVNNRSTPLRQIQQLYSQKQQSTGTKMMLVIADELDYLITKDRVVLHDLFMLTTLPFSKLILIGIANAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005710`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005710

位置 Chr01:171360156-171362944 (+)

描述 Similar to CDC6B: Cell division control protein 6 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07270`	可能参与DNA复制的起始。	暂无已核实直接文献
`At2g29680`	可能参与DNA复制的起始。	Expression and stability of Arabidopsis CDC6 are associated with endoreplication.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010329

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0856000`	可能参与DNA复制的起始。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005710 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0000079 regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0007089 traversing start control point of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0008156 negative regulation of DNA replication 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0030071 regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

GO:0032467 positive regulation of cytokinesis 生物过程

GO:0033314 mitotic DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0045737 positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0048146 positive regulation of fibroblast proliferation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07270

ath:AT2G29680

dosa:Os01g0856000

hsa:990

mmu:23834

osa:4324832

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.887

排名 1 · LXL04_005710 · OH-1004

细胞质0.157

排名 2 · LXL04_005710 · OH-1004

线粒体0.036

排名 3 · LXL04_005710 · OH-1004

细胞膜0.020

排名 4 · LXL04_005710 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_005710 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13401.13AAA_22126-245 aa

PF22606.3Cdc6-ORC-like_ATPase_lid285-342 aa

PF09079.18WHD_Cdc6375-466 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005710	`PF13401.13`	AAA_22	126	245	2.1e-13	51.4
LXL04_005710	`PF22606.3`	Cdc6-ORC-like_ATPase_lid	285	342	2.2e-10	41.0
LXL04_005710	`PF09079.18`	WHD_Cdc6	375	466	1.9e-22	79.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W032`	拟南芥	DNA replication factor CDC6B	58.403%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O82387`	拟南芥	DNA replication factor CDC6	54.864%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5N897`	水稻	DNA replication factor CDC6	51.383%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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