LXL04_005515 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005515

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 166380448-166382419 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

999 bp · LXL04_005515|LXL04_005515|OH1004|cDNA

ATGGAGACTATTCATGATCTTGTAGAGGAGGCTAAAACAGCTTTCATCGACGATAACTTTCTGCTCGCCGTAAATTGCTACACTCAAGCGATCAATCTCAGCCCTCAAAACGCTGATCTCTACGCCGAGCGGGCTCAATCTCACATCAAGCTTAACAACTTTACCGAAGCTCTTGATGATCTCGATAGAGCAATTGAACTGGATAGATCGATGGCAAAGGCCTACCTTCGCAAAGGGACTGCATGTATGAAGCTTGAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

999 bp · LXL04_005515|LXL04_005515|OH1004|CDS

ATGGAGACTATTCATGATCTTGTAGAGGAGGCTAAAACAGCTTTCATCGACGATAACTTTCTGCTCGCCGTAAATTGCTACACTCAAGCGATCAATCTCAGCCCTCAAAACGCTGATCTCTACGCCGAGCGGGCTCAATCTCACATCAAGCTTAACAACTTTACCGAAGCTCTTGATGATCTCGATAGAGCAATTGAACTGGATAGATCGATGGCAAAGGCCTACCTTCGCAAAGGGACTGCATGTATGAAGCTTGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

332 aa · LXL04_005515|LXL04_005515|OH1004|PROTEIN

METIHDLVEEAKTAFIDDNFLLAVNCYTQAINLSPQNADLYAERAQSHIKLNNFTEALDDLDRAIELDRSMAKAYLRKGTACMKLEKYHTAMEALLVGSSLSQNDTRFAKLIKECNNHIPCQESNTMLKIEEIEVNKPKYRHAFYQKPNEVVVTIFAKGIPAENVEITYGEQIVSVNINTPGEPSYHFQQRLYKKIVPDKCKHQVLKTKIEIRLVKAEVLNWKSLEYPQETGVLHQEIRPLYPSSRQRVADWDKLEAQVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005515`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005515

位置 Chr01:166380448-166382419 (-)

描述 Similar to SGT1B: Protein SGT1 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11260`	参与植物先天免疫。	Regulatory role of SGT1 in early R gene-mediated plant defenses.2002 · DOI: 10.1126/science.1067747 Arabidopsis SGT1b is required for defense signaling conferred by several downy mildew resistance genes.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001123 Arabidopsis SGT1b is required for SCF(TIR1)-mediated auxin response.2003 · DOI: 10.1105/tpc.010884 Antagonistic control of disease resistance protein stability in the plant immune system.2005 · DOI: 10.1126/science.1109977 Role of SGT1 in resistance protein accumulation in plant immunity.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601084 Interaction between SGT1 and cytosolic/nuclear HSC70 chaperones regulates Arabidopsis immune responses.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051896 Enhanced defense responses in Arabidopsis induced by the cell wall protein fractions from Pythium oligandrum require SGT1, RAR1, NPR1 and JAR1.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp044 SGT1 contributes to coronatine signaling and Pseudomonas syringae pv. tomato disease symptom development in tomato and Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03470.x
`At4g23570`	在 R 基因介导的抗性中发挥作用，但参与 RPP5 介导的抗性的程度低于 SGT1B。	Role of SGT1 in resistance protein accumulation in plant immunity.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601084

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0624500`	可能参与水稻对白叶枯病的基础抗性。	OsRAR1 and OsSGT1 physically interact and function in rice basal disease resistance.2008 · DOI: 10.1094/mpmi-21-3-0294

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005515 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007051 spindle organization 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0014841 skeletal muscle satellite cell proliferation 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G11260

ath:AT4G23570

dosa:Os01g0624500

mmu:67955

zma:103636097

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.734

排名 1 · LXL04_005515 · OH-1004

细胞核0.378

排名 2 · LXL04_005515 · OH-1004

线粒体0.073

排名 3 · LXL04_005515 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 4 · LXL04_005515 · OH-1004

高尔基体0.046

排名 5 · LXL04_005515 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13371.13TPR_918-70 aa

PF13414.13TPR_1123-49 aa

PF12895.14ANAPC334-95 aa

PF00515.35TPR_138-70 aa

PF07719.24TPR_238-69 aa

PF13432.13TPR_1644-95 aa

PF04969.23CS141-216 aa

PF05002.21SGS251-330 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005515	`PF13371.13`	TPR_9	18	70	4.8e-06	27.2
LXL04_005515	`PF13414.13`	TPR_11	23	49	8.8e-11	42.0
LXL04_005515	`PF12895.14`	ANAPC3	34	95	9.2e-06	26.6
LXL04_005515	`PF00515.35`	TPR_1	38	70	1.4e-12	47.6
LXL04_005515	`PF07719.24`	TPR_2	38	69	6.1e-11	42.3
LXL04_005515	`PF13432.13`	TPR_16	44	95	5e-09	37.2
LXL04_005515	`PF04969.23`	CS	141	216	5.7e-12	47.1
LXL04_005515	`PF05002.21`	SGS	251	330	2.1e-32	111.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SUT5`	拟南芥	Protein SGT1 homolog B	52.793%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SUR9`	拟南芥	Protein SGT1 homolog A	56.135%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JL44`	水稻	Protein SGT1 homolog	55.249%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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