LXL04_005341 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005341

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 160977767-160978455 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

576 bp · LXL04_005341|LXL04_005341|OH1004|cDNA

ATGGCTAGAACTCAACAGCGGTACCGCGGCGTCCGGCAAAGGCATTGGGGCTCTTGGGTTTCCGAAATCCGTCATCCTTTACTAAAGACGAGAATTTGGCTAGGGACATTTGAGACGGCGGAGGACGCCGCCCGAGCGTACGACGAGGCGGCGAGGCTCATGTGCGGGCCACGAGCAAGAACCAACTTCCCATACAACCCAAGTTTATCACAATCTTCTTCCTCGAAGCTGCTCTCTGCTACTTTAACAGCAAAACTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

576 bp · LXL04_005341|LXL04_005341|OH1004|CDS

ATGGCTAGAACTCAACAGCGGTACCGCGGCGTCCGGCAAAGGCATTGGGGCTCTTGGGTTTCCGAAATCCGTCATCCTTTACTAAAGACGAGAATTTGGCTAGGGACATTTGAGACGGCGGAGGACGCCGCCCGAGCGTACGACGAGGCGGCGAGGCTCATGTGCGGGCCACGAGCAAGAACCAACTTCCCATACAACCCAAGTTTATCACAATCTTCTTCCTCGAAGCTGCTCTCTGCTACTTTAACAGCAAAACTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

191 aa · LXL04_005341|LXL04_005341|OH1004|PROTEIN

MARTQQRYRGVRQRHWGSWVSEIRHPLLKTRIWLGTFETAEDAARAYDEAARLMCGPRARTNFPYNPSLSQSSSSKLLSATLTAKLHRCYMASLQMSKPSIQQQQQLLNQKRMGSTQVGESSPETKPTVVMQHEQPAEEHTGDLQFHSQHHQHQQQQQFFATLEDHHIEQMIEELLHYGSIELCSTGQSQK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005341`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005341

位置 Chr01:160977767-160978455 (+)

描述 Similar to ERF003: Ethylene-responsive transcription factor ERF003

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g25190`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At5g25390`	通过诱导参与蜡生物合成的酶的表达促进角质层形成。	暂无已核实直接文献
`At1g15360`	通过诱导参与蜡生物合成的酶的表达促进角质层形成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005341 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0010166 wax metabolic process 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1902584 positive regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:1904278 positive regulation of wax biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15360

ath:AT5G25190

ath:AT5G25390

zma:100282301

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.939

排名 1 · LXL04_005341 · OH-1004

细胞质0.131

排名 2 · LXL04_005341 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 3 · LXL04_005341 · OH-1004

内质网0.021

排名 4 · LXL04_005341 · OH-1004

质体0.015

排名 5 · LXL04_005341 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847.27AP27-56 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005341	`PF00847.27`	AP2	7	56	1.4e-12	48.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AW5`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor ERF003	63.158%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3E958`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor SHINE 3	42.246%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XI33`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor WIN1	80.328%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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