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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_005277
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 159558791-159561358 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2568 bp · LXL04_005277|LXL04_005277|OH1004|cDNA

ATGAAGGCTCGCTTCCCTCCTTCACTGATTTCCCCATTTCTTGCTCGATCTCCTTCAATAAAAGCACCTCTTTCATCGTTCTTCTCCATCTCCGAAAACAATCCGTCGCCGGAACACGAAATTCCGAACTCAAACTCCCAATCTTCTAAAAAACCCAATCACCCAAGCTCACTGAATCTGAAAACCGAAAAACCATTCTCACAAGATCCAAATTTGACTCAAACTCATGTCACAGAAGTTCTACTTTCTCACAGAAACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2568 bp · LXL04_005277|LXL04_005277|OH1004|CDS

ATGAAGGCTCGCTTCCCTCCTTCACTGATTTCCCCATTTCTTGCTCGATCTCCTTCAATAAAAGCACCTCTTTCATCGTTCTTCTCCATCTCCGAAAACAATCCGTCGCCGGAACACGAAATTCCGAACTCAAACTCCCAATCTTCTAAAAAACCCAATCACCCAAGCTCACTGAATCTGAAAACCGAAAAACCATTCTCACAAGATCCAAATTTGACTCAAACTCATGTCACAGAAGTTCTACTTTCTCACAGAAACGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

855 aa · LXL04_005277|LXL04_005277|OH1004|PROTEIN

MKARFPPSLISPFLARSPSIKAPLSSFFSISENNPSPEHEIPNSNSQSSKKPNHPSSLNLKTEKPFSQDPNLTQTHVTEVLLSHRNDPNVALTHFKWAKRKGIIQENDTSDPLLVLIHILTFSEKHHGTAKKFINECVTKFSNPDPGELVSQFVTTAERCQFDDKSKSRAVNFLLCSFVRASRFEDAVTCFRKMVEKNITPCVPYVHVLLNAMVRNNLITEARATFDHILKNQIPYDCAVIRVMIHGCLKESKFEEAAQY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_005277
TK1151 IDTkA01G070570
OH-1004 IDLXL04_005277
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 17.825 / OH-1004 13.801
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_005277
位置Chr01:159558791-159561358 (-)
描述Similar to At3g54980: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g54980, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g54980 含五聚肽重复的蛋白 At3g54980，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g39230 参与侧生器官发育和边界划分。 暂无已核实直接文献
At5g61990 含五重复肽序列蛋白 At5g61990，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g59900 推测的五肽重复蛋白（pentatricopeptide repeat-containing protein）At5g59900。 暂无已核实直接文献
At1g63130 含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63130。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005277 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G39230
ath:AT3G54980
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.821
排名 1 · LXL04_005277 · OH-1004
质体0.099
排名 2 · LXL04_005277 · OH-1004
细胞核0.056
排名 3 · LXL04_005277 · OH-1004
细胞质0.041
排名 4 · LXL04_005277 · OH-1004
细胞膜0.012
排名 5 · LXL04_005277 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276.3TPR_24174-261 aa
PF29070.1MSC6_N175-261 aa
PF17177.11PPR_long242-407 aa
PF13041.13PPR_2243-285 aa
PF13812.13PPR_3263-320 aa
PF23276.3TPR_24266-366 aa
PF13041.13PPR_2280-320 aa
PF13041.13PPR_2306-354 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_005277PF23276.3TPR_241742611.9e-44151.5
LXL04_005277PF29070.1MSC6_N1752618.7e-34117.9
LXL04_005277PF17177.11PPR_long2424077.2e-42143.9
LXL04_005277PF13041.13PPR_22432852.5e-178578.9
LXL04_005277PF13812.13PPR_32633203.8e-87287.0
LXL04_005277PF23276.3TPR_242663661.9e-44151.5
LXL04_005277PF13041.13PPR_22803202.5e-178578.9
LXL04_005277PF13041.13PPR_23063542.5e-178578.9
LXL04_005277PF13812.13PPR_33293883.8e-87287.0
LXL04_005277PF12854.14PPR_13373685.4e-135439.5
LXL04_005277PF13041.13PPR_23423892.5e-178578.9
LXL04_005277PF01535.27PPR3443747e-126402.8
LXL04_005277PF12854.14PPR_13724055.4e-135439.5
LXL04_005277PF01535.27PPR3794097e-126402.8
LXL04_005277PF17177.11PPR_long3825277.2e-42143.9
LXL04_005277PF13041.13PPR_23844202.5e-178578.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SV46拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g54980, mitochondrial43.932%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O80958拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g39230, mitochondrial40.867%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FIT7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61990, mitochondrial28.000%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FJE6拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5990025.613%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9CAN0拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63130, mitochondrial32.325%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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