RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_005256
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 159048185-159053624 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2667 bp · LXL04_005256|LXL04_005256|OH1004|cDNA

atgTCTCAGACTCACTGGGAAGCTGATAAAATGTTAGACGTTTATATACACGACTACTTAGTAAAGAGAGATTTAAAAGCTTCCGCCCAAGCTTTTCAAGCAGAGGGAAAAGTCTCATCTGACCCTGTTGCTATTGATGCACCTGGCGGCTTTCTATTCGAATGGTGGTCCGTGTTTTGGGACATCTTTATTGCAAGGACCAATGAGAAACACTCGGAAGTTGCAGCCTCTTACATTGAGACACAGTTAATCAAAGCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2667 bp · LXL04_005256|LXL04_005256|OH1004|CDS

ATGTCTCAGACTCACTGGGAAGCTGATAAAATGTTAGACGTTTATATACACGACTACTTAGTAAAGAGAGATTTAAAAGCTTCCGCCCAAGCTTTTCAAGCAGAGGGAAAAGTCTCATCTGACCCTGTTGCTATTGATGCACCTGGCGGCTTTCTATTCGAATGGTGGTCCGTGTTTTGGGACATCTTTATTGCAAGGACCAATGAGAAACACTCGGAAGTTGCAGCCTCTTACATTGAGACACAGTTAATCAAAGCAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

888 aa · LXL04_005256|LXL04_005256|OH1004|PROTEIN

MSQTHWEADKMLDVYIHDYLVKRDLKASAQAFQAEGKVSSDPVAIDAPGGFLFEWWSVFWDIFIARTNEKHSEVAASYIETQLIKAREQQQQQQQQQPQQPPHPQQQQQQQQQQQQQMQMQQLMLQRQAQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRRDGAHLLNGASNRLVGNEPLMRQNPGVNAIATKMYEDKLKVPLPRDSLDDAAMKRYSENVGQLLDPNQASILKSAAAASGQPSGQVLHGTAGSMSPQVQGRNQQLPGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_005256
TK1151 IDTkA01G071950
OH-1004 IDLXL04_005256
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_005256
位置Chr01:159048185-159053624 (-)
描述Similar to LUG: Transcriptional corepressor LEUNIG
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g32551 花分生组织发育早期阶段 C 类花同源异型基因 AGAMOUS 的 SEU-LUG 转录辅阻遏物的转录阻遏子亚基。
The rotunda2 mutants identify a role for the LEUNIG gene in vegetative leaf morphogenesis.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh165
At2g32700 可能作为转录共抑制复合体的亚基，抑制非生物胁迫相关基因的表达。
The Arabidopsis transcription factor LUH/MUM1 is required for extrusion of seed coat mucilage.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.172023

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005256 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001666 response to hypoxia 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006974 DNA damage response 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009620 response to fungus 生物过程
GO:0009624 response to nematode 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ana:alr3466
ath:AT2G32700
ath:AT4G32551
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.919
排名 1 · LXL04_005256 · OH-1004
细胞质0.186
排名 2 · LXL04_005256 · OH-1004
细胞膜0.022
排名 3 · LXL04_005256 · OH-1004
线粒体0.017
排名 4 · LXL04_005256 · OH-1004
内质网0.010
排名 5 · LXL04_005256 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08513.18LisH10-36 aa
PF30097.1LisH_SSDP12-66 aa
PF25174.2Beta-prop_THOC3591-660 aa
PF25391.2WD40_Gbeta594-737 aa
PF24807.2WD40_CDC20-Fz597-664 aa
PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd597-803 aa
PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1597-681 aa
PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st598-661 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_005256PF08513.18LisH10361.2e-0628.9
LXL04_005256PF30097.1LisH_SSDP12661.9e-2486.5
LXL04_005256PF25174.2Beta-prop_THOC35916601.2e-43149.8
LXL04_005256PF25391.2WD40_Gbeta5947377.7e-2175.2
LXL04_005256PF24807.2WD40_CDC20-Fz5976645.2e-36125.2
LXL04_005256PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd5978036.9e-1865.4
LXL04_005256PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR15976811.2e-1558.1
LXL04_005256PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st5986618.9e-44150.6
LXL04_005256PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd5986352.7e-2073.3
LXL04_005256PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd6028022.6e-2693.3
LXL04_005256PF00400.39WD406036352.4e-39132.8
LXL04_005256PF25175.2Beta-prop_WDR56067392.3e-51175.6
LXL04_005256PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st6067235.5e-41141.0
LXL04_005256PF23414.2Beta-prop_EML_26067272.7e-2486.7
LXL04_005256PF24814.2WD40_Prp196078811.4e-39136.6
LXL04_005256PF24817.2WD40_WDHD1_1st6076813.7e-36125.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FUY2拟南芥Transcriptional corepressor LEUNIG72.178%Swiss-Prot强数据库同源证据
O48847拟南芥Transcriptional corepressor LEUNIG_HOMOLOG57.377%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看