LXL04_005164 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005164

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 156842022-156846632 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2196 bp · LXL04_005164|LXL04_005164|OH1004|cDNA

ATGTCCCACAACCACCACCCAACCGTAGCTTTCAAAATAAATGCAGGGCCACTTCCGCCCCACCCCAGCCCACAAATGGAGATAGAAGTGAGTAGctttggtggtggtggtggtggtagcCACAGTGGCAGTAGAATGGCGGAACATGGCGGCAGTAATGAGGGAGGTGGTGGTGGAATAAGTATGGGTCCGAGTCCGAGCATGAAGGAAAGGGCAAGTTATCTGGTGTGGCAAGATCTGAGAGTAATGCTCCCAAACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2196 bp · LXL04_005164|LXL04_005164|OH1004|CDS

ATGTCCCACAACCACCACCCAACCGTAGCTTTCAAAATAAATGCAGGGCCACTTCCGCCCCACCCCAGCCCACAAATGGAGATAGAAGTGAGTAGCTTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGCCACAGTGGCAGTAGAATGGCGGAACATGGCGGCAGTAATGAGGGAGGTGGTGGTGGAATAAGTATGGGTCCGAGTCCGAGCATGAAGGAAAGGGCAAGTTATCTGGTGTGGCAAGATCTGAGAGTAATGCTCCCAAACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

731 aa · LXL04_005164|LXL04_005164|OH1004|PROTEIN

MSHNHHPTVAFKINAGPLPPHPSPQMEIEVSSFGGGGGGSHSGSRMAEHGGSNEGGGGGISMGPSPSMKERASYLVWQDLRVMLPNSGDGPTKRLLHGLNGFAEPGRIMAIMGPSGSGKSTLLDALAGRLSKNVVMAGDILLNGEKKKLTYGAVAYVTQEDILMGTLTVRETITYSAHLRLPPTLTKEEVQDTIEGTILEMGLEDCADRLIGNWHLRGISGGEKKRLSIALEILVRPRLMFLDEPTSGLDSASAFFVVQA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005164`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005164

位置 Chr01:156842022-156846632 (-)

描述 Similar to ABCG15: ABC transporter G family member 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g21090`	ABC转运蛋白G家族成员15。	暂无已核实直接文献
`At1g51500`	参与角质层蜡从表皮细胞向角质层的分泌，特别是醛、醇和酸的运输。	Cuticular waxes on eceriferum mutants of Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1016/s0031-9422(00)00513-6 Plant cuticular lipid export requires an ABC transporter.2004 · DOI: 10.1126/science.1102331 Wax and cutin mutants of Arabidopsis: Quantitative characterization of the cuticular transport barrier in relation to chemical composition.2016 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2016.03.002 The effects of surface structure mutations in Arabidopsis thaliana on the polarization of reflections from virus-infected leaves.2017 · DOI: 10.1371/journal.pone.0174014
`At1g51460`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 13。	暂无已核实直接文献
`At1g17840`	通过控制角质层和可能的蜡质向细胞外基质的运输，为角质层、根木栓质和花粉皮的发育所必需。	Characterization of Arabidopsis ABCG11/WBC11, an ATP binding cassette (ABC) transporter that is required for cuticular lipid secretion.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03252.x The Arabidopsis DESPERADO/AtWBC11 transporter is required for cutin and wax secretion.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.105676 Cytological and biochemical analysis of COF1, an Arabidopsis mutant of an ABC transporter gene.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm139 An ABC transporter gene of Arabidopsis thaliana, AtWBC11, is involved in cuticle development and prevention of organ fusion.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm152 The Arabidopsis DSO/ABCG11 transporter affects cutin metabolism in reproductive organs and suberin in roots.2010 · DOI: 10.1093/mp/ssp103 ABCG9, ABCG11 and ABCG14 ABC transporters are required for vascular development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12334 Expression analysis of transporter genes for screening candidate monolignol transporters using Arabidopsis thaliana cell suspensions during tracheary element differentiation.2018 · DOI: 10.1007/s10265-017-0979-4

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005164 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0010222 stem vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0015908 fatty acid transport 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17840

ath:AT1G51460

ath:AT1G51500

ath:AT3G21090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.784

排名 1 · LXL04_005164 · OH-1004

内质网0.097

排名 2 · LXL04_005164 · OH-1004

细胞质0.095

排名 3 · LXL04_005164 · OH-1004

溶酶体／液泡0.065

排名 4 · LXL04_005164 · OH-1004

高尔基体0.046

排名 5 · LXL04_005164 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran97-247 aa

PF13555.13AAA_29106-127 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7276-330 aa

PF01061.30ABC2_membrane411-619 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005164	`PF00005.34`	ABC_tran	97	247	5.9e-25	89.2
LXL04_005164	`PF13555.13`	AAA_29	106	127	4.9e-06	26.9
LXL04_005164	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	276	330	4e-10	39.9
LXL04_005164	`PF01061.30`	ABC2_membrane	411	619	6.8e-38	131.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWI9`	拟南芥	ABC transporter G family member 15	68.222%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C8K2`	拟南芥	ABC transporter G family member 12	68.249%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C8J8`	拟南芥	ABC transporter G family member 13	58.605%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RXN0`	拟南芥	ABC transporter G family member 11	54.681%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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